More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_3046 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 332 aa  657    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.19 
 
 		 321 aa  378  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  62.31 
 
 		 376 aa  365  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  55.31 
 
 		 345 aa  308  9e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  54.29 
 
 		 336 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  52.07 
 
 		 343 aa  300  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  51.78 
 
 		 343 aa  299  5e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  54.25 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.53 
 
 		 335 aa  289  4e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  54.06 
 
 		 337 aa  289  6e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 		 347 aa  287  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  50.78 
 
 		 334 aa  288  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.16 
 
 		 334 aa  288  1e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53 
 
 		 343 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.06 
 
 		 343 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  51.9 
 
 		 349 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  52.61 
 
 		 346 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  55.25 
 
 		 334 aa  281  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  51.96 
 
 		 482 aa  280  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  51.74 
 
 		 349 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.59 
 
 		 349 aa  278  1e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  52.46 
 
 		 351 aa  274  2.0000000000000002e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  48.05 
 
 		 341 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  50.61 
 
 		 377 aa  272  5.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  47.02 
 
 		 336 aa  272  5.000000000000001e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 337 aa  270  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  48.94 
 
 		 341 aa  270  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  49.7 
 
 		 342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.99 
 
 		 322 aa  269  5e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.82 
 
 		 310 aa  269  5.9999999999999995e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  51.62 
 
 		 332 aa  265  5e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  52.1 
 
 		 342 aa  265  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.4 
 
 		 319 aa  264  2e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  45.72 
 
 		 313 aa  263  4e-69  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.04 
 
 		 332 aa  262  6.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 341 aa  261  8e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  47.73 
 
 		 343 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  50.97 
 
 		 326 aa  260  2e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  48.4 
 
 		 306 aa  261  2e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.46 
 
 		 347 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  47.76 
 
 		 306 aa  259  7e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  42.9 
 
 		 305 aa  258  1e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.97 
 
 		 303 aa  256  3e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.48 
 
 		 326 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.8 
 
 		 323 aa  254  1.0000000000000001e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  48.47 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  46.44 
 
 		 302 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  51.83 
 
 		 322 aa  250  2e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  50.16 
 
 		 426 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  45.27 
 
 		 300 aa  250  2e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  46.82 
 
 		 334 aa  248  7e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.78 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.62 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  47.77 
 
 		 320 aa  248  1e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  49.54 
 
 		 391 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.18 
 
 		 302 aa  245  9e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  47.96 
 
 		 324 aa  245  9e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.18 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.18 
 
 		 302 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  46.18 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  49.53 
 
 		 334 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.18 
 
 		 302 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  49.52 
 
 		 326 aa  242  6e-63  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  45.83 
 
 		 302 aa  242  6e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  45.97 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  47.52 
 
 		 315 aa  240  2e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.49 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  54.39 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.85 
 
 		 296 aa  239  5.999999999999999e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  54.81 
 
 		 319 aa  239  6.999999999999999e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  45.18 
 
 		 400 aa  238  9e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.76 
 
 		 348 aa  238  9e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.74 
 
 		 296 aa  238  1e-61  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.14 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  45.51 
 
 		 348 aa  237  2e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.78 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  45.64 
 
 		 302 aa  237  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.82 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  46.82 
 
 		 319 aa  235  6e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  45.54 
 
 		 355 aa  235  7e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  43.14 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  43.23 
 
 		 306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.05 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  43.14 
 
 		 311 aa  233  3e-60  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  46.47 
 
 		 351 aa  232  5e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  43.97 
 
 		 305 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 389 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.08 
 
 		 312 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.37 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 389 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 395 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2168  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 389 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  44.37 
 
 		 389 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.73 
 
 		 391 aa  230  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  44.21 
 
 		 407 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  44.65 
 
 		 405 aa  230  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>