More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1175 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  71.13 
 
 
673 aa  930  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  73.39 
 
 
658 aa  957  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  72.32 
 
 
658 aa  931  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  55.34 
 
 
661 aa  698  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  56.24 
 
 
661 aa  662  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  56.32 
 
 
664 aa  693  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  51.38 
 
 
656 aa  667  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  56.13 
 
 
667 aa  696  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  73.09 
 
 
658 aa  946  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  55.83 
 
 
667 aa  694  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  55.98 
 
 
667 aa  694  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  50.92 
 
 
667 aa  661  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  52.58 
 
 
637 aa  685  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  74.05 
 
 
660 aa  974  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  74.46 
 
 
668 aa  979  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  55.17 
 
 
661 aa  693  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  73.24 
 
 
658 aa  941  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  9.08403e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  72.32 
 
 
658 aa  932  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  72.32 
 
 
658 aa  931  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  73.89 
 
 
661 aa  945  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  56.13 
 
 
667 aa  696  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  73.39 
 
 
658 aa  947  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  72.17 
 
 
658 aa  927  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  100 
 
 
658 aa  1323  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  54.31 
 
 
660 aa  684  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  55.64 
 
 
657 aa  701  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  51.07 
 
 
685 aa  633  1e-180  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  52.48 
 
 
659 aa  629  1e-179  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  52.48 
 
 
659 aa  629  1e-179  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  50.38 
 
 
682 aa  631  1e-179  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01511  putative high-affinity choline transport protein  50.31 
 
 
676 aa  628  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  47.3 
 
 
646 aa  620  1e-176  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  47.72 
 
 
687 aa  615  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  47.17 
 
 
682 aa  600  1e-170  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  45.08 
 
 
644 aa  599  1e-170  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0240  choline/carnitine/betaine transporter  47.49 
 
 
662 aa  587  1e-166  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.167365  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  47.63 
 
 
682 aa  585  1e-166  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  47.54 
 
 
676 aa  577  1e-163  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  47.69 
 
 
716 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  47.69 
 
 
716 aa  570  1e-161  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  47.69 
 
 
676 aa  568  1e-160  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  47.69 
 
 
676 aa  568  1e-160  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  47.53 
 
 
676 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  47.69 
 
 
676 aa  568  1e-160  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  47.53 
 
 
676 aa  567  1e-160  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  46.01 
 
 
698 aa  565  1e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  47.15 
 
 
691 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  47.58 
 
 
676 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  43.6 
 
 
666 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  42.73 
 
 
664 aa  558  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  42.64 
 
 
664 aa  557  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  43.14 
 
 
671 aa  552  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  46.45 
 
 
676 aa  553  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  46.45 
 
 
673 aa  553  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  42.99 
 
 
653 aa  551  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4210  choline/carnitine/betaine transport  46.91 
 
 
676 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157306  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4156  choline/carnitine/betaine transporter  46.91 
 
 
676 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.87836  normal  0.0109397 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2645  choline transport protein BetT  43.35 
 
 
684 aa  540  1e-152  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00290709  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0734  choline/carnitine/betaine transporter  65.12 
 
 
426 aa  527  1e-148  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.797641  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  42.56 
 
 
724 aa  517  1e-145  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0253  choline/carnitine/betaine transporter  42.42 
 
 
667 aa  517  1e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.984352  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0244  choline/carnitine/betaine transporter  42.27 
 
 
667 aa  516  1e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.300044  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4983  choline/carnitine/betaine transporter  42.62 
 
 
665 aa  518  1e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.684113  normal  0.911624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0229  choline/carnitine/betaine transporter  42.31 
 
 
653 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00896074 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3308  choline/carnitine/betaine transporter  45.9 
 
 
698 aa  513  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.634741 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  39.52 
 
 
681 aa  514  1e-144  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  41.79 
 
 
695 aa  508  1e-142  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  39.08 
 
 
681 aa  508  1e-142  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  40.36 
 
 
677 aa  508  1e-142  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0223  choline transport protein BetT  41.49 
 
 
686 aa  506  1e-142  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  40.45 
 
 
667 aa  508  1e-142  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  40.15 
 
 
667 aa  506  1e-142  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  40.15 
 
 
667 aa  505  1e-142  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2914  choline transport protein BetT  40.39 
 
 
682 aa  503  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.929761  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  40.73 
 
 
677 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  40.73 
 
 
677 aa  503  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  40.73 
 
 
677 aa  503  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  40.73 
 
 
677 aa  503  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  40.12 
 
 
679 aa  504  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  40.73 
 
 
677 aa  503  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  40.73 
 
 
677 aa  503  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  40.73 
 
 
677 aa  503  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  40.73 
 
 
677 aa  503  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  40.45 
 
 
667 aa  505  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  41.34 
 
 
724 aa  504  1e-141  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2828  choline transport protein BetT  40.39 
 
 
682 aa  502  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2603  choline transport protein BetT  42.9 
 
 
685 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.158704 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4280  choline/carnitine/betaine transporter  40.9 
 
 
720 aa  501  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.692689  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2299  choline/carnitine/betaine transporter  41.18 
 
 
659 aa  499  1e-140  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.944514  normal  0.189875 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  40.88 
 
 
665 aa  493  1e-138  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  46.58 
 
 
551 aa  486  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  51.44 
 
 
545 aa  481  1e-134  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  38.81 
 
 
711 aa  467  1e-130  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  52.53 
 
 
541 aa  460  1e-128  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  44.91 
 
 
534 aa  458  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1709  choline/carnitine/betaine transporter  40.57 
 
 
697 aa  456  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.227681  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  48.32 
 
 
538 aa  456  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  47.5 
 
 
606 aa  458  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  48.05 
 
 
542 aa  449  1e-125  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  1.08541e-06 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  52.91 
 
 
520 aa  446  1e-124  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>