More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4589 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  689    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  79.28 
 
 		 337 aa  558  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  47.65 
 
 		 320 aa  310  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0974  helix-turn-helix domain-containing protein  52.1 
 
 		 314 aa  309  5e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  40.06 
 
 		 326 aa  239  4e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 332 aa  234  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 341 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  40.97 
 
 		 327 aa  233  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 285 aa  220  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  37.12 
 
 		 331 aa  219  7e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 343 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 		 344 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 338 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 330 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 330 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  33.03 
 
 		 360 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  36.16 
 
 		 336 aa  176  6e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  35.02 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  33.72 
 
 		 329 aa  172  5e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  32.01 
 
 		 361 aa  172  7.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  35.98 
 
 		 325 aa  169  8e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  34.02 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  33.73 
 
 		 345 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  31.1 
 
 		 351 aa  165  8e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  37.39 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 306 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.2 
 
 		 326 aa  164  3e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 		 332 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  36.18 
 
 		 334 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 334 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.08 
 
 		 325 aa  160  3e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  37.24 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  35.56 
 
 		 330 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 335 aa  159  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  37.27 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  36 
 
 		 331 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  37.61 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  32 
 
 		 321 aa  156  6e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  34.27 
 
 		 334 aa  155  9e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 336 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.81 
 
 		 324 aa  155  1e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  31.08 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  28.61 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4426  transcriptional activator FtrA  38.33 
 
 		 331 aa  152  5e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 326 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.47 
 
 		 327 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2641  transcriptional activator FtrA  38.43 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  31.78 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 335 aa  149  8e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 342 aa  149  9e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2740  transcriptional activator FtrA  35.84 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.187912 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 348 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  34.08 
 
 		 326 aa  147  3e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4403  transcriptional activator FtrA  38.53 
 
 		 333 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.32 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6432  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  35.43 
 
 		 331 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2955  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.012422  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 387 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5890  transcriptional activator FtrA  37.95 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2875  ThiJ/PfpI domain-containing protein  34.38 
 
 		 330 aa  144  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.276432  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3699  transcriptional activator FtrA  35.69 
 
 		 324 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.507684  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.08 
 
 		 293 aa  142  6e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  30.03 
 
 		 338 aa  142  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4725  AraC family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 332 aa  142  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2062  transcriptional activator FtrA  36.28 
 
 		 329 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 322 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 338 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0778  transcriptional activator FtrA  34.5 
 
 		 324 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.221913  normal  0.0400061 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  31.7 
 
 		 339 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4864  transcriptional activator FtrA  36.56 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.427794  hitchhiker  0.000178687 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3453  transcriptional activator FtrA  34.51 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.171159  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2659  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 333 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4913  transcriptional activator FtrA  34.51 
 
 		 320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.860168  normal  0.680733 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  34.5 
 
 		 331 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4737  transcriptional activator FtrA  36.94 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2087  transcriptional activator FtrA  38.12 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.31788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4348  transcriptional activator FtrA  36.12 
 
 		 324 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000580095 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2723  transcriptional regulator, AraC family  28.18 
 
 		 331 aa  139  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.844059  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3587  transcriptional activator FtrA  36.25 
 
 		 329 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.116485  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1234  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 344 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5373  transcriptional activator FtrA  34.12 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.379602  normal  0.0775766 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 344 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6166  transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 362 aa  138  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0220245  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>