64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0011 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0011  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 464 aa  965    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1206  twin-arginine translocation pathway signal  63.49 
 
 		 446 aa  596  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3119  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  59.81 
 
 		 442 aa  530  1e-149  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.657036  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3227  extracellular solute-binding protein family 1  59.81 
 
 		 442 aa  519  1e-146  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3313  extracellular solute-binding protein family 1  59.81 
 
 		 442 aa  519  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.778026  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1661  extracellular solute-binding protein  59.31 
 
 		 443 aa  520  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.407934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4328  extracellular solute-binding protein  27.58 
 
 		 434 aa  118  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0170975 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5337  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.401132  normal  0.122337 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5713  extracellular solute-binding protein family 1  26.78 
 
 		 434 aa  103  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2546  twin-arginine translocation pathway signal  26.79 
 
 		 461 aa  101  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0502  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 		 437 aa  100  7e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2892  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 		 436 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.528841  normal  0.189719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1258  twin-arginine translocation pathway signal  24.88 
 
 		 442 aa  95.9  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3322  twin-arginine translocation pathway signal  26.35 
 
 		 441 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0531  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 		 437 aa  94  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3960  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 		 441 aa  94  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0822  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 		 436 aa  90.5  6e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2097  twin-arginine translocation pathway signal  26.11 
 
 		 441 aa  90.1  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.380982  hitchhiker  0.00612544 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2910  twin-arginine translocation pathway signal  26.01 
 
 		 490 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0986419  normal  0.0603659 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3646  twin-arginine translocation pathway signal  25.71 
 
 		 441 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17089  normal  0.182494 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1413  extracellular solute-binding protein family 1  23.33 
 
 		 436 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4117  ABC transporter substrate-binding protein, periplasmic component  23.71 
 
 		 446 aa  82.4  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.16072  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3554  putative ABC transporter periplasmic-binding protein  23.74 
 
 		 440 aa  82  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  23.7 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  33.04 
 
 		 438 aa  59.7  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4038  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 405 aa  56.2  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.2 
 
 		 366 aa  55.8  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  25.54 
 
 		 411 aa  55.8  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  30.25 
 
 		 411 aa  54.7  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 411 aa  53.9  0.000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 		 411 aa  53.9  0.000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  21.18 
 
 		 450 aa  51.2  0.00004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  26.96 
 
 		 437 aa  50.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  33.91 
 
 		 420 aa  49.7  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  24.1 
 
 		 444 aa  49.3  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  29.03 
 
 		 425 aa  49.3  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 423 aa  48.9  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 436 aa  48.5  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  25.82 
 
 		 410 aa  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 		 437 aa  48.5  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 		 425 aa  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 410 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2244  extracellular solute-binding protein family 1  23.02 
 
 		 455 aa  47.8  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.846858 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 		 414 aa  47.4  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  24.21 
 
 		 433 aa  47  0.0007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  26.62 
 
 		 410 aa  46.2  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  34.74 
 
 		 411 aa  46.2  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  31.46 
 
 		 424 aa  46.6  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  25.35 
 
 		 401 aa  46.6  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.89 
 
 		 419 aa  45.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.16 
 
 		 438 aa  45.8  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 		 457 aa  45.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 399 aa  45.1  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0255  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 		 438 aa  45.8  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0069  twin-arginine translocation pathway signal  31.31 
 
 		 432 aa  45.1  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3386  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 		 440 aa  44.3  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 443 aa  44.3  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 		 445 aa  44.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  23.5 
 
 		 425 aa  44.3  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.6 
 
 		 410 aa  43.9  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 419 aa  43.9  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  25.53 
 
 		 446 aa  43.9  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3701  extracellular solute-binding protein  26.09 
 
 		 447 aa  43.5  0.008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.0000000375637  normal  0.401469 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  22.4 
 
 		 421 aa  43.5  0.009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>