More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0148 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
297 aa  595  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.43 
 
 
280 aa  193  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  36.64 
 
 
298 aa  193  3e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  39.57 
 
 
273 aa  191  1e-47  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  40.99 
 
 
288 aa  191  2e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  1.41391e-11 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 
289 aa  188  1e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  36.21 
 
 
286 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  40.77 
 
 
295 aa  187  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  35.17 
 
 
286 aa  185  1e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  37.06 
 
 
288 aa  183  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  39.21 
 
 
298 aa  182  4e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  39.59 
 
 
287 aa  182  5e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
280 aa  182  5e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  37.11 
 
 
286 aa  182  7e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 
284 aa  180  2e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  34.93 
 
 
285 aa  179  3e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 
293 aa  179  5e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  38.98 
 
 
295 aa  179  6e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  40.94 
 
 
283 aa  179  6e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 
289 aa  175  8e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.81 
 
 
301 aa  175  9e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 
294 aa  174  1e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 
289 aa  174  1e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 
277 aa  174  1e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 
289 aa  174  1e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 
288 aa  174  2e-42  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  38.89 
 
 
288 aa  174  2e-42  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.74 
 
 
277 aa  173  4e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  35.4 
 
 
279 aa  172  6e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 
277 aa  172  6e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 
278 aa  172  7e-42  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
311 aa  171  9e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 
277 aa  171  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  39.01 
 
 
283 aa  171  1e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 
277 aa  171  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 
301 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 
277 aa  170  3e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.98 
 
 
277 aa  169  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  39.6 
 
 
298 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 
311 aa  169  6e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  39.31 
 
 
297 aa  169  7e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.46 
 
 
290 aa  168  8e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
280 aa  168  9e-41  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 
277 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
277 aa  167  2e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  42.65 
 
 
279 aa  167  3e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 
277 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 
308 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 
277 aa  166  6e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 
296 aa  166  6e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  45.49 
 
 
274 aa  165  8e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.71 
 
 
291 aa  165  8e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  36.64 
 
 
286 aa  165  1e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
286 aa  164  2e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 
279 aa  162  7e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 
283 aa  162  8e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 
282 aa  160  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 
271 aa  160  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
300 aa  159  4e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  39.79 
 
 
315 aa  159  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 
290 aa  159  6e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 
283 aa  159  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 
275 aa  159  8e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.38 
 
 
271 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  34.67 
 
 
322 aa  157  2e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  44.95 
 
 
295 aa  157  3e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  42.26 
 
 
276 aa  156  4e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 
292 aa  156  4e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 
279 aa  156  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 
288 aa  155  6e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  39.36 
 
 
286 aa  155  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 
277 aa  154  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  39.38 
 
 
308 aa  154  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 
289 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 
286 aa  155  1e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 
289 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  43.01 
 
 
283 aa  152  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  40.37 
 
 
271 aa  152  5e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  39.19 
 
 
279 aa  152  9e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 
269 aa  150  2e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.79 
 
 
285 aa  150  2e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  41.89 
 
 
286 aa  149  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.71 
 
 
283 aa  149  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 
284 aa  149  5e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
305 aa  149  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.83 
 
 
279 aa  148  1e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
286 aa  148  1e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 
277 aa  148  1e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  32.52 
 
 
286 aa  147  2e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  5.76763e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  40.93 
 
 
289 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 
276 aa  146  4e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  32.53 
 
 
289 aa  146  4e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  39.41 
 
 
270 aa  146  4e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  34.83 
 
 
288 aa  146  4e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.83 
 
 
288 aa  146  4e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
298 aa  146  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 
298 aa  146  5e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  34.83 
 
 
288 aa  146  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  34.83 
 
 
288 aa  146  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  34.83 
 
 
288 aa  146  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>