More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3025 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3025  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3029  two component transcriptional regulator  71.61 
 
 		 238 aa  329  4e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2155  two component transcriptional regulator  63.07 
 
 		 261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.102637  normal  0.128892 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3439  two component transcriptional regulator  64.35 
 
 		 239 aa  268  7e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1961  two component transcriptional regulator  53.94 
 
 		 240 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2179  two component transcriptional regulator  56.84 
 
 		 262 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.134486  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5546  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.74 
 
 		 254 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.335699  hitchhiker  0.0000418049 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6216  two component transcriptional regulator  52.87 
 
 		 246 aa  236  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0373  two component transcriptional regulator  58.4 
 
 		 238 aa  231  7.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.873901 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1278  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.01 
 
 		 239 aa  229  3e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.12 
 
 		 240 aa  228  6e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 251 aa  228  8e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.79 
 
 		 241 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  52.79 
 
 		 241 aa  227  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.42 
 
 		 251 aa  227  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  53.88 
 
 		 241 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1631  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.53 
 
 		 275 aa  225  6e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.72 
 
 		 240 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1375  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.93 
 
 		 236 aa  224  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1245  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.08 
 
 		 256 aa  223  3e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0649443  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3403  two component transcriptional regulator  47.83 
 
 		 236 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1511  two component transcriptional regulator  50.84 
 
 		 250 aa  219  3e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.030435  normal  0.317044 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4654  two component transcriptional regulator  53.59 
 
 		 249 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.651298 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2051  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 246 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0474711  normal  0.959624 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2403  winged helix family two component transcriptional regulator  47.76 
 
 		 246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3292  two component transcriptional regulator  47.76 
 
 		 246 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0771  two component transcriptional regulator  54.36 
 
 		 244 aa  212  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1190  two component transcriptional regulator  49.8 
 
 		 248 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.882993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5018  two component transcriptional regulator  50.61 
 
 		 246 aa  211  9e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.259334  normal  0.450101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6199  OmpR family two component response transcriptional regulator  49.36 
 
 		 255 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.59766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3112  two component transcriptional regulator  50.83 
 
 		 246 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1909  two component transcriptional regulator  47.76 
 
 		 246 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.596265  normal  0.171962 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2086  two component transcriptional regulator  48.16 
 
 		 246 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0398  two component transcriptional regulator  50.41 
 
 		 246 aa  210  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.761758 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2275  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.21 
 
 		 246 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0529078  normal  0.301367 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3459  two component transcriptional regulator  50.62 
 
 		 246 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.368834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0516  response regulator receiver  49.16 
 
 		 247 aa  208  7e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.62167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0994  two-component response regulator  47.48 
 
 		 246 aa  208  7e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0815  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.9 
 
 		 246 aa  208  8e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.404408  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3303  two component transcriptional regulator  50.21 
 
 		 245 aa  208  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2008  two component transcriptional regulator  46.94 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.574198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5142  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0161802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5704  two component transcriptional regulator  47.76 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.140603  normal  0.300283 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3646  two component transcriptional regulator  48.95 
 
 		 243 aa  207  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4614  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 246 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3907  two component transcriptional regulator  48.76 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0196213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0079  transcriptional regulatory protein  47.48 
 
 		 245 aa  206  3e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.747625  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4429  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.78 
 
 		 247 aa  205  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23129  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4604  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.57 
 
 		 246 aa  205  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2418  two component transcriptional regulator  48.54 
 
 		 237 aa  205  6e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1587  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 		 261 aa  205  8e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.367759  normal  0.752499 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3909  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  46.89 
 
 		 247 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6320  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 		 239 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3219  two component transcriptional regulator  48.76 
 
 		 241 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.699117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2107  two-component response regulator  47.06 
 
 		 245 aa  202  3e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4048  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  202  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.507063  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3772  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 240 aa  202  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.83932 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0772  DNA-binding response regulator  46.86 
 
 		 243 aa  202  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2497  two component transcriptional regulator  51.06 
 
 		 239 aa  202  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3286  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 239 aa  202  6e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0994211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5813  two component transcriptional regulator  46.86 
 
 		 253 aa  201  8e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00548874 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2387  DNA-binding response regulator  48.5 
 
 		 236 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04421  two-component system regulatory protein  47.14 
 
 		 230 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4123  two component transcriptional regulator  51.07 
 
 		 242 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0441  two component transcriptional regulator  47.03 
 
 		 245 aa  199  3e-50  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4076  two component transcriptional regulator, winged helix family  45.67 
 
 		 253 aa  199  6e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.31516 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0474  transcriptional regulatory protein OmpR, putative  45.76 
 
 		 238 aa  198  7.999999999999999e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.558106  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1299  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.17 
 
 		 242 aa  198  9e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0317425  normal  0.569469 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2423  two component transcriptional regulator  49.79 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356919 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2092  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.54 
 
 		 263 aa  197  1.0000000000000001e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2703  two component transcriptional regulator  47.21 
 
 		 241 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.790666  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1082  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.03 
 
 		 239 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00181983  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0413  putative transcriptional regulatory protein OmpR  45.76 
 
 		 238 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.16231  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3731  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.32 
 
 		 246 aa  195  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2272  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.23 
 
 		 240 aa  195  6e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0758  two component transcriptional regulator  47.44 
 
 		 244 aa  195  6e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.885545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0654  two component transcriptional regulator  50.63 
 
 		 244 aa  194  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0207  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.15 
 
 		 262 aa  194  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00814931  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5286  two component transcriptional regulator  45.3 
 
 		 240 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.498861 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.76 
 
 		 244 aa  193  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7106  two component transcriptional regulator  48.28 
 
 		 237 aa  193  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.323714  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1813  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.49 
 
 		 236 aa  192  4e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.106078  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2619  two component transcriptional regulator  46.84 
 
 		 240 aa  192  7e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1895  osmolarity response regulator  49.17 
 
 		 244 aa  191  9e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0546897 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0225  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 240 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1148  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 		 247 aa  191  1e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2374  two component transcriptional regulator  46.84 
 
 		 245 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.348064  normal  0.588953 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4597  osmolarity response regulator  47.88 
 
 		 240 aa  189  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4357  two component transcriptional regulator  49.78 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0218  osmolarity response regulator  46.38 
 
 		 241 aa  189  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3538  osmolarity response regulator  45.83 
 
 		 240 aa  189  5e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000279148  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5255  two component transcriptional regulator  52.09 
 
 		 218 aa  187  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2259  osmolarity response regulator  48.47 
 
 		 257 aa  187  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0634187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4347  two component transcriptional regulator  46.47 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.215798  normal  0.0155623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4197  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 		 242 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.865203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3477  two component transcriptional regulator  44.35 
 
 		 261 aa  187  2e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2852  osmolarity response regulator  47.66 
 
 		 243 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0168  osmolarity response regulator  46.61 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2235  two component transcriptional regulator  45.34 
 
 		 236 aa  186  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3781  two component transcriptional regulator  47.39 
 
 		 238 aa  186  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>