129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4002 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  100 
 
 
312 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  96.47 
 
 
312 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  91.99 
 
 
312 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  86.54 
 
 
312 aa  517  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.14 
 
 
315 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  62.42 
 
 
317 aa  401  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  63.02 
 
 
313 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  64.52 
 
 
312 aa  402  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.9 
 
 
312 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.23 
 
 
312 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.26 
 
 
312 aa  387  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  61.69 
 
 
327 aa  375  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.87 
 
 
312 aa  372  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  59.94 
 
 
318 aa  360  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  59.94 
 
 
318 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  59.94 
 
 
318 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  59.87 
 
 
312 aa  352  2.9999999999999997e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  59.87 
 
 
325 aa  338  8e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  36.22 
 
 
327 aa  172  9e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.07 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  35.44 
 
 
323 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  29.28 
 
 
332 aa  149  8e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.56 
 
 
334 aa  137  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  26.88 
 
 
334 aa  136  4e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.27 
 
 
321 aa  135  8e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.25 
 
 
334 aa  132  9e-30  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  28.44 
 
 
334 aa  132  9e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.25 
 
 
325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  26.59 
 
 
329 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  22.22 
 
 
318 aa  88.6  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.9 
 
 
320 aa  83.6  0.000000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.49 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.44 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.79 
 
 
318 aa  73.6  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  23.57 
 
 
318 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  21.79 
 
 
318 aa  69.3  0.00000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  23.77 
 
 
340 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  23.48 
 
 
340 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  23.48 
 
 
340 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  22.99 
 
 
340 aa  66.6  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  23.19 
 
 
340 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.19 
 
 
340 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  23.19 
 
 
340 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  23.19 
 
 
340 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0577  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.92 
 
 
342 aa  63.5  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.105265  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  23.19 
 
 
340 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.48 
 
 
340 aa  61.2  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.78 
 
 
340 aa  60.5  0.00000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  26.23 
 
 
337 aa  58.2  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3230  alcohol dehydrogenase  23.23 
 
 
338 aa  57.4  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4706  alcohol dehydrogenase  27.01 
 
 
341 aa  57.4  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43636  predicted protein  27.02 
 
 
433 aa  57  0.0000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0178  alcohol dehydrogenase  21.74 
 
 
336 aa  56.6  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1737  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.92 
 
 
347 aa  55.5  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0264649 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1540  alcohol dehydrogenase  22.5 
 
 
336 aa  55.1  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.931266 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0153  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.7 
 
 
323 aa  54.3  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568823  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1999  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  25.54 
 
 
336 aa  53.5  0.000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.131571  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0767  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  32.45 
 
 
328 aa  53.5  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2028  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.24 
 
 
349 aa  53.1  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.37466  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0603  threonine dehydrogenase related Zn-dependent dehydrogenase  22.96 
 
 
338 aa  52.4  0.000009  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000710686  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0148  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.44 
 
 
338 aa  52.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0329198 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1780  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  23.12 
 
 
337 aa  51.6  0.00001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  23.15 
 
 
356 aa  52.4  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0429  alcohol dehydrogenase  23.4 
 
 
336 aa  50.4  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0511556  normal  0.882763 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2577  zinc-binding alcohol dehydrogenase  25.44 
 
 
342 aa  50.4  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1614  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.42 
 
 
338 aa  50.1  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000216473  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1301  galactose 1-dehydrogenase / glucose 1-dehydrogenase  26.18 
 
 
358 aa  50.1  0.00005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2269  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.28 
 
 
335 aa  49.3  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.992449  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  23.49 
 
 
348 aa  49.3  0.00009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13100  L-threonine 3-dehydrogenase  21.98 
 
 
336 aa  49.3  0.00009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0797  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  22.39 
 
 
338 aa  48.9  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121673  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2713  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.4 
 
 
333 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3492  hypothetical protein  26.04 
 
 
342 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.835811  normal  0.583011 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1450  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.91 
 
 
349 aa  47  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0323675  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3998  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.23 
 
 
333 aa  47.4  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2220  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.32 
 
 
343 aa  47.4  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.135715 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0522  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.55 
 
 
338 aa  47.4  0.0004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0876145  normal  0.61344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0885  alcohol dehydrogenase  25.52 
 
 
333 aa  46.6  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1044  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.53 
 
 
335 aa  46.2  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0788  alcohol dehydrogenase  25.79 
 
 
349 aa  46.2  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.690483 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1166  alcohol dehydrogenase  22.48 
 
 
351 aa  45.8  0.0008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.343531  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1545  alcohol dehydrogenase  25.48 
 
 
322 aa  46.2  0.0008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0146504 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2745  putative dehydrogenase  30.64 
 
 
337 aa  45.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000542225  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1736  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23 
 
 
349 aa  45.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000625  zinc-binding dehydrogenase  21.53 
 
 
352 aa  45.4  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2286  alcohol dehydrogenase  21.78 
 
 
344 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1421  alcohol dehydrogenase  23.81 
 
 
343 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2793  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.95 
 
 
356 aa  45.4  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630976  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0400  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  37.88 
 
 
352 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.654367 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0678  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.53 
 
 
388 aa  44.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2235  alcohol dehydrogenase  24.56 
 
 
340 aa  45.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000256926  hitchhiker  0.0000000000711864 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2512  alcohol dehydrogenase  25.35 
 
 
346 aa  45.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.881464  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2647  dehydrogenase  22.01 
 
 
338 aa  45.1  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0114296  normal  0.147618 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2076  L-threonine 3-dehydrogenase  20.75 
 
 
342 aa  44.3  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0654334  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1677  alcohol dehydrogenase  22.11 
 
 
318 aa  44.3  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.966295 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2923  L-threonine 3-dehydrogenase  24.06 
 
 
349 aa  45.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2341  alcohol dehydrogenase  26.15 
 
 
348 aa  44.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.231034 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1078  putative dehydrogenase  27.71 
 
 
343 aa  44.3  0.003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0389  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  20.12 
 
 
341 aa  43.9  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1232  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  24.24 
 
 
343 aa  43.9  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>