More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0263 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  100 
 
 
318 aa  639    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  100 
 
 
318 aa  639    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  94.97 
 
 
318 aa  571  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  67.92 
 
 
312 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  67.83 
 
 
325 aa  386  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  59.94 
 
 
312 aa  371  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  59.94 
 
 
312 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  59.31 
 
 
312 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  55.59 
 
 
317 aa  360  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  58.99 
 
 
313 aa  360  2e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  59.31 
 
 
315 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  57.23 
 
 
312 aa  352  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  57.55 
 
 
312 aa  351  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  57.86 
 
 
312 aa  346  4e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  56.6 
 
 
312 aa  345  4e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  57.73 
 
 
312 aa  344  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  54.31 
 
 
327 aa  332  4e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  55.97 
 
 
312 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  34.97 
 
 
327 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  34.57 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  29.79 
 
 
334 aa  138  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.45 
 
 
334 aa  137  2e-31  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.49 
 
 
328 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.01 
 
 
321 aa  136  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.79 
 
 
334 aa  135  7.000000000000001e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.77 
 
 
325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.75 
 
 
334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  29.36 
 
 
332 aa  129  7.000000000000001e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  28.53 
 
 
329 aa  90.1  4e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.99 
 
 
320 aa  82  0.00000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4706  alcohol dehydrogenase  27.73 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2341  alcohol dehydrogenase  26.57 
 
 
348 aa  76.3  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.231034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  26.71 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0849  alcohol dehydrogenase  28.48 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0438742 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3810  alcohol dehydrogenase  26.63 
 
 
348 aa  73.9  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0863215  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  22.29 
 
 
318 aa  72.8  0.000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2286  alcohol dehydrogenase  24.86 
 
 
344 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.81 
 
 
318 aa  71.2  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0252  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  27.22 
 
 
347 aa  70.5  0.00000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2609  zinc-binding alcohol dehydrogenase  27.57 
 
 
348 aa  69.7  0.00000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5833  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.11 
 
 
347 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.119386  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6746  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.82 
 
 
347 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270529  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1176  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  28.74 
 
 
344 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0136787  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  24.16 
 
 
356 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20290  xylitol dehydrogeanse  28.74 
 
 
347 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.92253  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2269  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.53 
 
 
335 aa  67  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.992449  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2661  L-threonine 3-dehydrogenase  26.22 
 
 
346 aa  66.6  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4724  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.93 
 
 
348 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.446449 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16590  xylitol dehydrogenase, zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily  28.15 
 
 
346 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.14 
 
 
340 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6662  alcohol dehydrogenase  25.29 
 
 
344 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838814  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0537  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.85 
 
 
325 aa  65.1  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00294504  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  24.15 
 
 
318 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2797  L-threonine 3-dehydrogenase  26.35 
 
 
343 aa  64.3  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.242425  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.53 
 
 
340 aa  64.3  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7003  L-threonine 3-dehydrogenase  25.15 
 
 
343 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2235  alcohol dehydrogenase  26.6 
 
 
340 aa  63.2  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000256926  hitchhiker  0.0000000000711864 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1677  alcohol dehydrogenase  23.1 
 
 
318 aa  62.8  0.000000007  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.966295 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3068  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  28.19 
 
 
344 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.558038  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3621  alcohol dehydrogenase  27.43 
 
 
347 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3944  L-threonine 3-dehydrogenase  25.23 
 
 
342 aa  62.4  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0797  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  24.01 
 
 
338 aa  62.4  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121673  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.24 
 
 
319 aa  61.6  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1742  D-xylulose reductase  26.45 
 
 
344 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.247806  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3020  L-threonine 3-dehydrogenase  24.85 
 
 
343 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1689  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.84 
 
 
349 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.458756  normal  0.196927 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0827  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.66 
 
 
347 aa  61.2  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3998  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  30.16 
 
 
333 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3592  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  27.92 
 
 
347 aa  60.8  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.167683  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1737  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.08 
 
 
347 aa  60.8  0.00000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0264649 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2647  dehydrogenase  22.84 
 
 
338 aa  60.1  0.00000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0114296  normal  0.147618 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0153  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.68 
 
 
323 aa  60.5  0.00000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568823  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2063  Alcohol dehydrogenase GroES domain-containing protein  27.04 
 
 
322 aa  60.5  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.860675 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6469  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.99 
 
 
345 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.940711  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6310  alcohol dehydrogenase  24.63 
 
 
345 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6704  alcohol dehydrogenase  23.99 
 
 
345 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710863  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1076  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  26.43 
 
 
344 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.444364  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1235  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  26.43 
 
 
344 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0351  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  26.43 
 
 
344 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.773676  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0068  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  26.43 
 
 
344 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493904  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0234  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  26.43 
 
 
344 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1653  putative D-xylulose reductase  26.43 
 
 
344 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1614  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.48 
 
 
338 aa  58.5  0.0000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000216473  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0638  alcohol dehydrogenase  26.18 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.434534  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4367  L-threonine 3-dehydrogenase  26.07 
 
 
343 aa  58.9  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2377  L-threonine 3-dehydrogenase  24.62 
 
 
341 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4086  L-threonine 3-dehydrogenase  25.7 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3230  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.11 
 
 
346 aa  58.9  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.282549  normal  0.671349 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1668  zinc-binding alcohol dehydrogenase  26.18 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1641  alcohol dehydrogenase  26.18 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1037  L-threonine 3-dehydrogenase  24.62 
 
 
341 aa  58.9  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.210217  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0556  alcohol dehydrogenase  26.18 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.46957  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1692  alcohol dehydrogenase  26.18 
 
 
343 aa  58.5  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006680  CNK02880  L-iditol 2-dehydrogenase, putative  25.46 
 
 
400 aa  58.2  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC06260  zinc-binding dehydrogenase, putative  22.49 
 
 
349 aa  58.2  0.0000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.040279  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4382  alcohol dehydrogenase  27.11 
 
 
344 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.14 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5063  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  27.11 
 
 
344 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392538  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5306  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.4 
 
 
329 aa  58.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5797  alcohol dehydrogenase  27.11 
 
 
344 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0202299  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>