253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_2729 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  100 
 
 
312 aa  611  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  96.79 
 
 
312 aa  591  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  89.1 
 
 
312 aa  548  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  75.73 
 
 
312 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  69.87 
 
 
312 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  64.67 
 
 
317 aa  397  9.999999999999999e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  63.23 
 
 
312 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  62.9 
 
 
312 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.86 
 
 
315 aa  381  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  64.84 
 
 
312 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.58 
 
 
312 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  61.54 
 
 
313 aa  364  1e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  60.26 
 
 
327 aa  350  1e-95  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  58.18 
 
 
318 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  59.74 
 
 
325 aa  327  2.0000000000000001e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  57.55 
 
 
318 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  57.55 
 
 
318 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  54.95 
 
 
312 aa  315  6e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  34.89 
 
 
328 aa  167  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  37.38 
 
 
327 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  36.71 
 
 
323 aa  160  3e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  32.4 
 
 
334 aa  159  8e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.32 
 
 
325 aa  150  2e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  30.86 
 
 
332 aa  148  9e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.34 
 
 
334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.65 
 
 
334 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.96 
 
 
334 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  28.88 
 
 
321 aa  145  8.000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  27.41 
 
 
329 aa  91.3  2e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  24.22 
 
 
340 aa  84  0.000000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  24.53 
 
 
340 aa  82.8  0.000000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.22 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.22 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  24.22 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.22 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  24.22 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.22 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  22.54 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.6 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  23.91 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.6 
 
 
340 aa  76.6  0.0000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  26.09 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.32 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  25.55 
 
 
318 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5128  zinc-binding dehydrogenase  26.6 
 
 
337 aa  73.2  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.81 
 
 
319 aa  73.2  0.000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.05 
 
 
318 aa  73.2  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0178  alcohol dehydrogenase  25.24 
 
 
336 aa  72.4  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  23.01 
 
 
356 aa  70.1  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6469  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  25.7 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.940711  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6704  alcohol dehydrogenase  25.7 
 
 
345 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710863  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  25.94 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  24.13 
 
 
348 aa  67.4  0.0000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.54 
 
 
318 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5642  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.71 
 
 
337 aa  65.9  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.493922 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1540  alcohol dehydrogenase  24.92 
 
 
336 aa  64.7  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.931266 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2432  alcohol dehydrogenase  29 
 
 
376 aa  62.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.193672 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0343  alcohol dehydrogenase  33.66 
 
 
312 aa  62  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472318 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6310  alcohol dehydrogenase  25.54 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0797  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  24.25 
 
 
338 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121673  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3230  alcohol dehydrogenase  25.24 
 
 
338 aa  61.2  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1421  alcohol dehydrogenase  23.72 
 
 
343 aa  60.1  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2512  alcohol dehydrogenase  28.18 
 
 
346 aa  60.1  0.00000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.881464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10900  putative alcohol dehydrogenase (Zn-dependent)  29.85 
 
 
352 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.867442  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6746  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.29 
 
 
347 aa  59.7  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270529  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5131  putative dehydrogenase  24.71 
 
 
343 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.869856  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4598  putative dehydrogenase  24.71 
 
 
343 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.703201 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5833  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.59 
 
 
347 aa  59.3  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.119386  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3810  alcohol dehydrogenase  24.77 
 
 
348 aa  58.9  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0863215  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3317  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.71 
 
 
338 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621516  hitchhiker  0.0000240679 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0537  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.78 
 
 
325 aa  57.8  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00294504  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1260  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  24.28 
 
 
339 aa  58.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.785941  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2341  alcohol dehydrogenase  26.09 
 
 
348 aa  58.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.231034 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0614  alcohol dehydrogenase  21.85 
 
 
318 aa  58.2  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0116847  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6341  alcohol dehydrogenase  23.46 
 
 
336 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00479428  normal  0.719872 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2713  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.6 
 
 
333 aa  57.4  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0639  alcohol dehydrogenase  28.41 
 
 
322 aa  57.4  0.0000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000239851  hitchhiker  0.000149204 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4706  alcohol dehydrogenase  24.12 
 
 
341 aa  57.4  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1249  alcohol dehydrogenase  23.1 
 
 
335 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257646  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2180  putative zinc-containing alcohol dehydrogenase  21.45 
 
 
327 aa  56.6  0.0000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1736  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  25.39 
 
 
349 aa  56.6  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2173  alcohol dehydrogenase  29.08 
 
 
315 aa  55.8  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0299508  decreased coverage  0.00992206 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1232  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.13 
 
 
343 aa  55.8  0.0000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1223  alcohol dehydrogenase  22.78 
 
 
335 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135954  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1780  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  21.07 
 
 
337 aa  55.5  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0577  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.93 
 
 
342 aa  55.5  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.105265  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1538  L-idonate 5-dehydrogenase  24.46 
 
 
347 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0521  putative Zn-containing dehydrogenase  28.97 
 
 
332 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0429  alcohol dehydrogenase  28.04 
 
 
336 aa  54.7  0.000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0511556  normal  0.882763 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0633  alcohol dehydrogenase  21.85 
 
 
317 aa  54.7  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0619  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.88 
 
 
339 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2638  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  30.07 
 
 
322 aa  54.7  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.418138  normal  0.203757 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1545  alcohol dehydrogenase  26.67 
 
 
322 aa  54.3  0.000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0146504 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0148  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.3 
 
 
338 aa  54.3  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0329198 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43636  predicted protein  30.4 
 
 
433 aa  54.3  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5476  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.47 
 
 
335 aa  53.9  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3236  alcohol dehydrogenase  28.71 
 
 
311 aa  53.9  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1044  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.93 
 
 
335 aa  53.5  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0598  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.71 
 
 
314 aa  53.1  0.000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.122264  normal  0.243738 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2647  dehydrogenase  22.53 
 
 
338 aa  52.8  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0114296  normal  0.147618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>