More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2981 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  100 
 
 
317 aa  628  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  65.2 
 
 
315 aa  412  1e-114  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  66.14 
 
 
312 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  64.67 
 
 
312 aa  397  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  64.04 
 
 
312 aa  396  1e-109  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  63.92 
 
 
313 aa  397  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  64.33 
 
 
312 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  62.42 
 
 
312 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  63.06 
 
 
312 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  65.48 
 
 
327 aa  383  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.09 
 
 
312 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  64.01 
 
 
312 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  64.04 
 
 
312 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  58.99 
 
 
325 aa  338  5e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  55.59 
 
 
318 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  55.59 
 
 
318 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  55.59 
 
 
318 aa  333  3e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  55.21 
 
 
312 aa  323  2e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  35.19 
 
 
328 aa  167  1e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  38.2 
 
 
327 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  30.51 
 
 
332 aa  155  7e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  37.65 
 
 
323 aa  155  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.15 
 
 
325 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.65 
 
 
334 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  29.94 
 
 
334 aa  152  7e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.1 
 
 
334 aa  150  2e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  28.92 
 
 
321 aa  150  3e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.63 
 
 
334 aa  149  6e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  28.78 
 
 
329 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  27.36 
 
 
340 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  27.36 
 
 
340 aa  86.7  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  26.15 
 
 
340 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  23.68 
 
 
318 aa  79.3  0.00000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  25.86 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  25.86 
 
 
340 aa  78.6  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  25.57 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.57 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  25.57 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  25.57 
 
 
340 aa  77.8  0.0000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  25.29 
 
 
340 aa  77  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  25.57 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.38 
 
 
320 aa  75.9  0.0000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2394  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.66 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.15 
 
 
318 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  24.29 
 
 
356 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5306  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.47 
 
 
329 aa  70.9  0.00000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  24.33 
 
 
337 aa  70.5  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0597  alcohol dehydrogenase  27.69 
 
 
362 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0643205 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  25.16 
 
 
348 aa  70.1  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0591  alcohol dehydrogenase  27.69 
 
 
362 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3769  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.31 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.109016  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0552  2,3-butanediol dehydrogenase  27.04 
 
 
362 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  23.9 
 
 
318 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3998  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  30.03 
 
 
333 aa  68.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0178  alcohol dehydrogenase  25.56 
 
 
336 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2473  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.25 
 
 
344 aa  68.6  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000066055  normal  0.0147407 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2028  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  29.29 
 
 
349 aa  67.8  0.0000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.37466  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  23.27 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4724  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.44 
 
 
348 aa  67  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.446449 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0584  putative dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  66.6  0.0000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.24761  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2432  alcohol dehydrogenase  28.19 
 
 
376 aa  65.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.193672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0934  2,3-butanediol dehydrogenase  26.97 
 
 
363 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0765  putative dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0512  putative dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.345922  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2097  putative dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1649  putative dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0695  putative dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.375651  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2002  putative dehydrogenase  25.65 
 
 
343 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0153  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.15 
 
 
323 aa  64.7  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568823  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2512  alcohol dehydrogenase  28.19 
 
 
346 aa  64.3  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.881464  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3303  zinc-binding dehydrogenase family protein  24.6 
 
 
338 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0731443 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10230  2,3-butanediol dehydrogenase  25.99 
 
 
363 aa  64.3  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.219159  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1545  alcohol dehydrogenase  27.62 
 
 
322 aa  64.3  0.000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.0146504 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0521  putative Zn-containing dehydrogenase  28.28 
 
 
332 aa  63.9  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0388  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  20.77 
 
 
344 aa  63.5  0.000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00875101  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6469  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  26.06 
 
 
345 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.940711  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6704  alcohol dehydrogenase  26.06 
 
 
345 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710863  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1269  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.95 
 
 
340 aa  63.5  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1780  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  22.64 
 
 
337 aa  63.5  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0788  alcohol dehydrogenase  26.48 
 
 
349 aa  63.5  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.690483 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3328  hypothetical protein  25.72 
 
 
338 aa  62.8  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.463233 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0639  alcohol dehydrogenase  29.55 
 
 
322 aa  62.8  0.000000007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00000239851  hitchhiker  0.000149204 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41760  2,3-butanediol dehydrogenase  26.71 
 
 
360 aa  62.8  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2119  dehydrogenase starvation-sensing protein  25.22 
 
 
340 aa  62  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2173  alcohol dehydrogenase  27.61 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0299508  decreased coverage  0.00992206 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.81 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0475  alcohol dehydrogenase  26.63 
 
 
345 aa  61.6  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0797  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.08 
 
 
338 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121673  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4416  alcohol dehydrogenase  26.38 
 
 
354 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0164512  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1166  alcohol dehydrogenase  26.09 
 
 
351 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.343531  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0262  alcohol dehydrogenase  25.08 
 
 
327 aa  60.8  0.00000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6089  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  29.62 
 
 
337 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6310  alcohol dehydrogenase  25.76 
 
 
345 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2784  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  26.93 
 
 
342 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.551512  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2828  alcohol dehydrogenase  26.93 
 
 
343 aa  60.8  0.00000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.155527  normal  0.0877096 
 
 
-
 
NC_006685  CNC06260  zinc-binding dehydrogenase, putative  21.25 
 
 
349 aa  60.5  0.00000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.040279  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1608  putative Zn-dependent dehydrogenase  25.08 
 
 
330 aa  60.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.587808  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1496  alcohol dehydrogenase  31.28 
 
 
342 aa  60.5  0.00000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000183073  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0338  alcohol dehydrogenase  24.31 
 
 
351 aa  60.5  0.00000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0576668  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1232  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.36 
 
 
343 aa  60.1  0.00000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>