138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6438 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  100 
 
 
313 aa  623  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  63.92 
 
 
317 aa  397  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.67 
 
 
312 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  63.02 
 
 
312 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  63.02 
 
 
312 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  64.95 
 
 
312 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.69 
 
 
315 aa  376  1e-103  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.67 
 
 
312 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  61.22 
 
 
312 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  61.54 
 
 
312 aa  364  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.18 
 
 
312 aa  359  3e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  60.84 
 
 
327 aa  347  1e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  58.68 
 
 
318 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  58.99 
 
 
318 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  58.99 
 
 
318 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  60.7 
 
 
312 aa  333  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  56.23 
 
 
312 aa  313  2.9999999999999996e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  56.91 
 
 
325 aa  308  1.0000000000000001e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  38.82 
 
 
327 aa  159  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  35.2 
 
 
328 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.75 
 
 
334 aa  145  1e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  30.86 
 
 
334 aa  144  2e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30 
 
 
321 aa  144  2e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.56 
 
 
334 aa  144  3e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  29.1 
 
 
325 aa  142  9e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  34.36 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  30.15 
 
 
334 aa  140  3e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  31.38 
 
 
332 aa  139  6e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  27.84 
 
 
329 aa  85.9  7e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.16 
 
 
318 aa  78.2  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.97 
 
 
318 aa  73.2  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  22.77 
 
 
318 aa  69.7  0.00000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.96 
 
 
320 aa  66.6  0.0000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  25.24 
 
 
318 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2028  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  29.26 
 
 
349 aa  60.8  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.37466  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2609  zinc-binding alcohol dehydrogenase  26.35 
 
 
348 aa  59.7  0.00000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6310  alcohol dehydrogenase  24.52 
 
 
345 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6469  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.25 
 
 
345 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.940711  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6704  alcohol dehydrogenase  23.25 
 
 
345 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710863  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0153  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.22 
 
 
323 aa  58.9  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.568823  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2235  alcohol dehydrogenase  28.9 
 
 
340 aa  57.8  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000256926  hitchhiker  0.0000000000711864 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1737  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  27.09 
 
 
347 aa  55.8  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0264649 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.27 
 
 
319 aa  55.5  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1223  alcohol dehydrogenase  25.18 
 
 
335 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135954  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1249  alcohol dehydrogenase  25.18 
 
 
335 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257646  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0527  alcohol dehydrogenase  27.84 
 
 
343 aa  54.3  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.361888  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2272  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.27 
 
 
349 aa  53.5  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  24.03 
 
 
348 aa  53.1  0.000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3230  alcohol dehydrogenase  22.9 
 
 
338 aa  53.1  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1668  zinc-binding alcohol dehydrogenase  27.83 
 
 
343 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1692  alcohol dehydrogenase  27.83 
 
 
343 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1450  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.3 
 
 
349 aa  52.8  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0323675  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1641  alcohol dehydrogenase  27.83 
 
 
343 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0556  alcohol dehydrogenase  27.83 
 
 
343 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.46957  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0638  alcohol dehydrogenase  27.83 
 
 
343 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.434534  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4706  alcohol dehydrogenase  24.08 
 
 
341 aa  52.8  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5456  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  27.83 
 
 
343 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.077084  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5853  alcohol dehydrogenase  27.83 
 
 
343 aa  52  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00833857  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  24.01 
 
 
337 aa  52.4  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2316  alcohol dehydrogenase  27.75 
 
 
334 aa  51.2  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.947925  normal  0.395379 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5476  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.64 
 
 
335 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0948  putative L-idonate 5-dehydrogenase oxidoreductase protein  23.78 
 
 
344 aa  50.4  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  22.64 
 
 
318 aa  50.4  0.00004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  22.12 
 
 
340 aa  50.1  0.00004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02666  sorbitol/xylitol dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02000)  22.55 
 
 
373 aa  50.1  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0788  alcohol dehydrogenase  26.92 
 
 
349 aa  50.1  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.690483 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  22.19 
 
 
340 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  22.19 
 
 
340 aa  49.7  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1608  putative Zn-dependent dehydrogenase  23.31 
 
 
330 aa  49.7  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.587808  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0262  alcohol dehydrogenase  23.31 
 
 
327 aa  49.3  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3592  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.95 
 
 
347 aa  49.3  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.167683  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  21.89 
 
 
340 aa  49.3  0.00009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2149  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  23.72 
 
 
386 aa  48.5  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.406335  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6341  alcohol dehydrogenase  23.64 
 
 
336 aa  48.9  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00479428  normal  0.719872 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  21.89 
 
 
340 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.89 
 
 
340 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2070  alcohol dehydrogenase  24.28 
 
 
336 aa  48.1  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0286  alcohol dehydrogenase  22.96 
 
 
330 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  20.9 
 
 
356 aa  48.1  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  21.89 
 
 
340 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  21.89 
 
 
340 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5642  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.52 
 
 
337 aa  47.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.493922 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1232  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  27.17 
 
 
343 aa  47.4  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43636  predicted protein  28.57 
 
 
433 aa  47.4  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0767  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  31.21 
 
 
328 aa  47  0.0004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0125  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  27.64 
 
 
341 aa  46.6  0.0005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000121162  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0125  alcohol dehydrogenase  24.29 
 
 
350 aa  47  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0844378  normal  0.76692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0178  alcohol dehydrogenase  23.55 
 
 
336 aa  47  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2341  alcohol dehydrogenase  23.17 
 
 
348 aa  46.6  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.231034 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  21.89 
 
 
340 aa  46.6  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1614  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  20.68 
 
 
338 aa  46.6  0.0006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000216473  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3661  alcohol dehydrogenase  21.19 
 
 
340 aa  46.6  0.0006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0154  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24 
 
 
339 aa  46.6  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00186872  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5128  zinc-binding dehydrogenase  23.55 
 
 
337 aa  46.2  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC06260  zinc-binding dehydrogenase, putative  20.82 
 
 
349 aa  46.2  0.0007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.040279  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0944  L-idonate 5-dehydrogenase  21.07 
 
 
350 aa  46.2  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.272351  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0885  alcohol dehydrogenase  23.81 
 
 
333 aa  46.2  0.0007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3769  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.86 
 
 
341 aa  46.2  0.0007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.109016  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4950  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.16 
 
 
347 aa  45.8  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2269  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.36 
 
 
335 aa  45.8  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.992449  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>