136 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1709 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1709  chlorophyll synthesis pathway, BchC  100 
 
 
312 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4002  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  91.99 
 
 
312 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.232331  decreased coverage  0.000580255 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3757  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  92.63 
 
 
312 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485804 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1292  chlorophyll synthesis pathway protein BchC  86.22 
 
 
312 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.557633  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2981  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  64.33 
 
 
317 aa  408  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.383171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6438  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  63.67 
 
 
313 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2051  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.5 
 
 
315 aa  404  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0614897 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2851  chlorophyll synthesis pathway, BchC  64.52 
 
 
312 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.754242 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2956  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.9 
 
 
312 aa  391  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.106767 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2729  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.58 
 
 
312 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.195631  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3696  chlorophyll synthesis pathway, BchC  61.94 
 
 
312 aa  384  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.503769  hitchhiker  0.00324331 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1611  chlorophyll synthesis pathway, BchC  62.99 
 
 
327 aa  379  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2819  chlorophyll synthesis pathway, BchC  63.78 
 
 
312 aa  368  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.370469  normal  0.373141 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2037  chlorophyll synthesis pathway, BchC  60.95 
 
 
318 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228307  normal  0.0545701 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0263  chlorophyll synthesis pathway, bchC  60.32 
 
 
318 aa  358  4e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1907  chlorophyll synthesis pathway, BchC  60.32 
 
 
318 aa  358  4e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.343747 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3516  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide A dehydrogenase  58.58 
 
 
312 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.549552 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0180  chlorophyll synthesis pathway, bchC  59.29 
 
 
325 aa  340  2e-92  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3261  alcohol dehydrogenase  35.29 
 
 
327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0255944 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3128  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  33.44 
 
 
328 aa  160  3e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0401  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  29.41 
 
 
332 aa  150  3e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.632471  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3747  alcohol dehydrogenase  34.24 
 
 
323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00165792  hitchhiker  0.00000793402 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1534  chlorophyll synthesis pathway, BchC  27.04 
 
 
321 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00910743 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0898  chlorophyll synthesis pathway, BchC  28.88 
 
 
334 aa  144  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.714457  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0980  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.88 
 
 
334 aa  143  3e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1422  2-desacetyl-2-hydroxyethyl bacteriochlorophyllide  27.47 
 
 
334 aa  143  5e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0938  chlorophyll synthesis pathway, BchC  27.1 
 
 
325 aa  139  6e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1791  chlorophyll synthesis pathway, BchC  26.88 
 
 
334 aa  137  2e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.916125  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3133  alcohol dehydrogenase  26.28 
 
 
329 aa  92  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1528  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.58 
 
 
320 aa  82.4  0.000000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0994  alcohol dehydrogenase  22.57 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1109  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.54 
 
 
318 aa  72.8  0.000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1445  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.4 
 
 
318 aa  72.8  0.000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1497  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  23.57 
 
 
318 aa  72  0.00000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.132648  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1181  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  21.47 
 
 
319 aa  72  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.531712 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3697  alcohol dehydrogenase  24.35 
 
 
340 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00587402 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4951  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.06 
 
 
340 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0102074  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4903  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  24.06 
 
 
340 aa  69.7  0.00000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.363717  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4898  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  22.97 
 
 
340 aa  69.3  0.00000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04235  predicted oxidoreductase, Zn-dependent and NAD(P)-binding  23.77 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.767219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3639  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.77 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4590  zinc-binding dehydrogenase family oxidoreductase  23.77 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00423136  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04201  hypothetical protein  23.77 
 
 
340 aa  68.6  0.0000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.774265  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0923  chlorobiumquinone synthase BchC related protein  23.42 
 
 
318 aa  67.8  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.125274  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0059  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.09 
 
 
340 aa  67.8  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0065  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.55 
 
 
340 aa  67  0.0000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4706  alcohol dehydrogenase  27.01 
 
 
341 aa  67  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5871  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  23.77 
 
 
340 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1409  alcohol dehydrogenase  25.23 
 
 
337 aa  59.3  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0148  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.74 
 
 
338 aa  58.5  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0329198 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0577  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.47 
 
 
342 aa  57.8  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.105265  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4119  alcohol dehydrogenase  22.51 
 
 
356 aa  57.4  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.362779  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1737  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  25.08 
 
 
347 aa  56.2  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0264649 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43636  predicted protein  27.82 
 
 
433 aa  56.2  0.0000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0178  alcohol dehydrogenase  21.54 
 
 
336 aa  55.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1999  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  25.29 
 
 
336 aa  55.8  0.000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.131571  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2269  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.6 
 
 
335 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.992449  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0797  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  22.39 
 
 
338 aa  54.3  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.121673  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1540  alcohol dehydrogenase  21.18 
 
 
336 aa  54.3  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.931266 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1614  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.72 
 
 
338 aa  53.1  0.000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.0000000216473  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2647  dehydrogenase  21.25 
 
 
338 aa  52  0.00001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0114296  normal  0.147618 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13100  L-threonine 3-dehydrogenase  22.09 
 
 
336 aa  51.2  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0767  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  31.89 
 
 
328 aa  51.6  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1301  galactose 1-dehydrogenase / glucose 1-dehydrogenase  26.91 
 
 
358 aa  51.2  0.00002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2028  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  28.47 
 
 
349 aa  50.8  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.37466  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0885  alcohol dehydrogenase  26.41 
 
 
333 aa  50.4  0.00004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3230  alcohol dehydrogenase  22.36 
 
 
338 aa  50.1  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1727  zinc-binding dehydrogenase  25.36 
 
 
352 aa  49.7  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2063  Alcohol dehydrogenase GroES domain-containing protein  27 
 
 
322 aa  49.7  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.860675 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3998  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  26.89 
 
 
333 aa  49.3  0.00008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.582496  normal  0.235514 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2286  alcohol dehydrogenase  21.78 
 
 
344 aa  49.3  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2512  alcohol dehydrogenase  25.15 
 
 
346 aa  49.3  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.881464  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0603  threonine dehydrogenase related Zn-dependent dehydrogenase  22.33 
 
 
338 aa  48.9  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.000710686  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0678  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.65 
 
 
310 aa  48.1  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.211345  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0154  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  22.78 
 
 
339 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00186872  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1780  threonine dehydrogenase or related Zn-dependent dehydrogenase  22.36 
 
 
337 aa  48.1  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1232  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  25.81 
 
 
343 aa  48.5  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2432  alcohol dehydrogenase  26.67 
 
 
376 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.193672 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3737  alcohol dehydrogenase  33.96 
 
 
307 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.1023  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2609  zinc-binding alcohol dehydrogenase  24.38 
 
 
348 aa  47.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2606  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  31.48 
 
 
308 aa  47  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000263757 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2331  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  24.79 
 
 
308 aa  47  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.528911  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6310  alcohol dehydrogenase  21.91 
 
 
345 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.408904 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00443  alcohol dehydrogenase, zinc-containing, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04620)  22.64 
 
 
348 aa  46.6  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.712673  normal  0.179972 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2412  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  31.48 
 
 
308 aa  46.2  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0431733  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2588  alcohol dehydrogenase  31.48 
 
 
308 aa  46.2  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0401  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  35.62 
 
 
352 aa  46.6  0.0006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.189509  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0389  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  19.83 
 
 
341 aa  46.6  0.0006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0400  Alcohol dehydrogenase zinc-binding domain protein  37.88 
 
 
352 aa  46.2  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.654367 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6469  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  21.3 
 
 
345 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.940711  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6704  alcohol dehydrogenase  21.3 
 
 
345 aa  46.2  0.0007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.710863  normal  0.158251 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2069  alcohol dehydrogenase  29.21 
 
 
352 aa  46.2  0.0008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1677  alcohol dehydrogenase  23.67 
 
 
318 aa  46.2  0.0008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.966295 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02666  sorbitol/xylitol dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G02000)  24.28 
 
 
373 aa  45.8  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5306  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  24.53 
 
 
329 aa  45.4  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3239  alcohol dehydrogenase GroES domain-containing protein  27.11 
 
 
356 aa  45.8  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.901238  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6746  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.28 
 
 
347 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.270529  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4724  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  23.1 
 
 
348 aa  45.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.383474  normal  0.446449 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2235  alcohol dehydrogenase  23.29 
 
 
340 aa  45.1  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000256926  hitchhiker  0.0000000000711864 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1044  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  23.1 
 
 
335 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>