More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1560 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  56.85 
 
 		 656 aa  766    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  57.72 
 
 		 655 aa  770    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  72.22 
 
 		 643 aa  937    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  84.11 
 
 		 642 aa  1113    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  61.76 
 
 		 655 aa  780    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 643 aa  1313    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  84.49 
 
 		 642 aa  1106    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  93 
 
 		 642 aa  1222    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.45 
 
 		 650 aa  791    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  55.72 
 
 		 655 aa  742    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  90.67 
 
 		 643 aa  1206    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  71.43 
 
 		 657 aa  922    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  65.13 
 
 		 650 aa  855    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  56.8 
 
 		 654 aa  749    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  46.45 
 
 		 649 aa  594  1e-168  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  45.4 
 
 		 647 aa  581  1e-164  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  44.71 
 
 		 649 aa  574  1.0000000000000001e-162  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  46.04 
 
 		 631 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  44.22 
 
 		 633 aa  555  1e-156  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 		 646 aa  531  1e-149  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 		 651 aa  523  1e-147  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  39.1 
 
 		 658 aa  467  9.999999999999999e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  38.33 
 
 		 653 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 653 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 		 630 aa  462  1e-129  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  37.25 
 
 		 630 aa  458  1e-127  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 648 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.52 
 
 		 630 aa  457  1e-127  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  38.29 
 
 		 652 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 653 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  38.21 
 
 		 644 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  38.02 
 
 		 682 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  36.86 
 
 		 661 aa  449  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 648 aa  451  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  38.05 
 
 		 645 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 654 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 		 661 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  37.48 
 
 		 656 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  39.56 
 
 		 648 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  37.68 
 
 		 655 aa  445  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 648 aa  444  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 648 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  37.03 
 
 		 648 aa  434  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  37.03 
 
 		 654 aa  426  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 657 aa  423  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 651 aa  414  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  36.24 
 
 		 659 aa  392  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 607 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  35.94 
 
 		 636 aa  380  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 634 aa  374  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 610 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 611 aa  357  3.9999999999999996e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 		 609 aa  346  7e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 603 aa  343  8e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 623 aa  341  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 618 aa  339  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 601 aa  332  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  32.4 
 
 		 626 aa  327  5e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 		 635 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 		 635 aa  265  2e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 635 aa  265  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 		 603 aa  262  1e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.54 
 
 		 603 aa  258  2e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  29.22 
 
 		 594 aa  254  2.0000000000000002e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.95 
 
 		 592 aa  251  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 598 aa  251  3e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 		 603 aa  251  4e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.59 
 
 		 633 aa  248  2e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  29.19 
 
 		 612 aa  245  9.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 		 633 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.41 
 
 		 649 aa  243  7.999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 606 aa  242  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 606 aa  238  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 622 aa  238  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 612 aa  238  4e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 613 aa  237  5.0000000000000005e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  26.99 
 
 		 598 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 		 606 aa  233  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.84 
 
 		 599 aa  233  7.000000000000001e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.57 
 
 		 602 aa  233  7.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.86 
 
 		 601 aa  233  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  28.76 
 
 		 605 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  28.83 
 
 		 611 aa  231  3e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  29.33 
 
 		 602 aa  231  4e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 		 610 aa  231  4e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  28.74 
 
 		 597 aa  230  6e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 		 590 aa  229  1e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  27.02 
 
 		 610 aa  229  1e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  27.73 
 
 		 592 aa  228  2e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  28.71 
 
 		 616 aa  229  2e-58  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  27.81 
 
 		 598 aa  228  3e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 607 aa  227  4e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  26.14 
 
 		 610 aa  227  4e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  30.35 
 
 		 617 aa  227  4e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 596 aa  226  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  27.27 
 
 		 599 aa  226  1e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  26.82 
 
 		 597 aa  224  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 		 596 aa  224  4e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  28.78 
 
 		 604 aa  224  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0078  AMP-dependent synthetase and ligase  26.96 
 
 		 597 aa  223  7e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>