More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0297 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  56.63 
 
 		 656 aa  759    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  73.01 
 
 		 642 aa  955    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  57.12 
 
 		 654 aa  747    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  57.12 
 
 		 655 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  91.73 
 
 		 657 aa  1167    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  67.68 
 
 		 650 aa  867    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  64.96 
 
 		 655 aa  800    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  72.22 
 
 		 643 aa  931    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  70.91 
 
 		 642 aa  929    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  72.22 
 
 		 642 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 643 aa  1287    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  56.68 
 
 		 655 aa  757    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  58.46 
 
 		 650 aa  809    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  72.38 
 
 		 643 aa  941    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  45.68 
 
 		 647 aa  576  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.32 
 
 		 649 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  45.35 
 
 		 649 aa  565  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  44.39 
 
 		 631 aa  546  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  45.34 
 
 		 633 aa  545  1e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  45.48 
 
 		 651 aa  535  1e-151  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  44.32 
 
 		 646 aa  530  1e-149  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  40.59 
 
 		 644 aa  486  1e-136  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  40.59 
 
 		 682 aa  487  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  39.91 
 
 		 645 aa  478  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  39.47 
 
 		 630 aa  473  1e-132  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  39.47 
 
 		 630 aa  473  1e-132  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 		 654 aa  472  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  39.31 
 
 		 630 aa  473  1e-132  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  40.33 
 
 		 652 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  40.15 
 
 		 656 aa  467  9.999999999999999e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 		 648 aa  468  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  41.81 
 
 		 648 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 		 648 aa  463  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  40.39 
 
 		 651 aa  465  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  40.69 
 
 		 653 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  40.53 
 
 		 653 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 655 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 		 661 aa  452  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  40.13 
 
 		 653 aa  450  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  40.52 
 
 		 658 aa  451  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  38.66 
 
 		 648 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 		 661 aa  445  1e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 		 648 aa  444  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 648 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  38.82 
 
 		 654 aa  433  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  38.31 
 
 		 657 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  38.91 
 
 		 659 aa  412  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  38.62 
 
 		 636 aa  395  1e-108  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 		 607 aa  391  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 609 aa  388  1e-106  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 		 610 aa  383  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  38.52 
 
 		 634 aa  381  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 611 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 603 aa  363  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 618 aa  350  6e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 601 aa  348  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 623 aa  341  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 626 aa  340  7e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  33.17 
 
 		 606 aa  266  8.999999999999999e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 606 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 606 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  32.36 
 
 		 607 aa  259  9e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 592 aa  258  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  31.66 
 
 		 635 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 635 aa  257  6e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 635 aa  257  6e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 603 aa  252  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 		 603 aa  251  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 		 633 aa  251  3e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 		 612 aa  249  1e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 617 aa  248  3e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.37 
 
 		 633 aa  247  6e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 		 594 aa  246  9e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  27.52 
 
 		 603 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 		 622 aa  241  4e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 613 aa  240  5.999999999999999e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 610 aa  239  8e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  29.13 
 
 		 596 aa  239  9e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.28 
 
 		 599 aa  239  1e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  28.76 
 
 		 649 aa  236  8e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 		 602 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 		 597 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 		 596 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  26.12 
 
 		 607 aa  235  2.0000000000000002e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  30.06 
 
 		 612 aa  234  5e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 605 aa  233  6e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 		 590 aa  232  1e-59  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  29.66 
 
 		 592 aa  231  2e-59  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  28.86 
 
 		 592 aa  231  4e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 616 aa  229  8e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.25 
 
 		 604 aa  229  1e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 602 aa  228  2e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  29.75 
 
 		 600 aa  228  3e-58  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  26.13 
 
 		 592 aa  227  6e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.32 
 
 		 610 aa  226  8e-58  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  25.83 
 
 		 587 aa  226  9e-58  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  27.88 
 
 		 590 aa  226  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.32 
 
 		 610 aa  225  2e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  29.39 
 
 		 595 aa  224  3e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0191  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 605 aa  224  4.9999999999999996e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.353972  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>