More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0048 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  80.25 
 
 		 653 aa  1096    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  57.39 
 
 		 655 aa  770    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  57.03 
 
 		 652 aa  746    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  54.87 
 
 		 659 aa  695    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  79.63 
 
 		 653 aa  1095    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  54.09 
 
 		 644 aa  707    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  52.37 
 
 		 645 aa  679    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  52.34 
 
 		 651 aa  682    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  55.86 
 
 		 661 aa  763    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  75.75 
 
 		 657 aa  997    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  53.52 
 
 		 648 aa  714    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  53.83 
 
 		 648 aa  714    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  56.9 
 
 		 654 aa  733    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  73.15 
 
 		 661 aa  1016    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  79.79 
 
 		 653 aa  1097    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  55.78 
 
 		 648 aa  732    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  75.36 
 
 		 656 aa  1015    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 658 aa  1365    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  54.37 
 
 		 648 aa  686    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  54.3 
 
 		 648 aa  715    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  54.09 
 
 		 682 aa  707    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  58.81 
 
 		 654 aa  766    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.48 
 
 		 649 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  43.9 
 
 		 649 aa  568  1e-161  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  43.17 
 
 		 647 aa  563  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  43.02 
 
 		 633 aa  550  1e-155  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  40.82 
 
 		 646 aa  510  1e-143  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  41.27 
 
 		 648 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 		 651 aa  494  9.999999999999999e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  39.97 
 
 		 631 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  39.75 
 
 		 642 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  39.97 
 
 		 643 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  38.68 
 
 		 650 aa  467  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  37.58 
 
 		 656 aa  461  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  40.13 
 
 		 655 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  38.97 
 
 		 642 aa  461  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  39.1 
 
 		 643 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 		 657 aa  455  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  38.5 
 
 		 642 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  36.49 
 
 		 655 aa  449  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  40.52 
 
 		 643 aa  451  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  37.63 
 
 		 655 aa  444  1e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 		 654 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.93 
 
 		 650 aa  438  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.17 
 
 		 630 aa  429  1e-119  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 630 aa  427  1e-118  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  34.86 
 
 		 630 aa  423  1e-117  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 634 aa  372  1e-102  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 607 aa  374  1e-102  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 636 aa  371  1e-101  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 609 aa  363  4e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 610 aa  354  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 603 aa  351  3e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  33.06 
 
 		 626 aa  348  2e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 		 623 aa  333  4e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 		 601 aa  329  1.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 618 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 611 aa  318  3e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 		 605 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 604 aa  287  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 604 aa  286  5.999999999999999e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.45 
 
 		 604 aa  283  7.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.7 
 
 		 649 aa  279  1e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  31.12 
 
 		 617 aa  275  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  30.3 
 
 		 616 aa  269  1e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  28.81 
 
 		 612 aa  263  8.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 610 aa  260  5.0000000000000005e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.36 
 
 		 612 aa  259  8e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 596 aa  259  9e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 		 633 aa  259  9e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 613 aa  259  2e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 633 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  28.98 
 
 		 602 aa  256  1.0000000000000001e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  30.25 
 
 		 587 aa  252  1e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 		 606 aa  252  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  29.87 
 
 		 612 aa  251  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  28.11 
 
 		 611 aa  251  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  27.96 
 
 		 597 aa  251  3e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  29.69 
 
 		 594 aa  251  4e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 		 608 aa  250  5e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 610 aa  249  1e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 635 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 635 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 616 aa  248  2e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 		 635 aa  246  8e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.45 
 
 		 601 aa  246  9e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.71 
 
 		 603 aa  246  9e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 630 aa  246  9e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  28.17 
 
 		 606 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 		 606 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  30.37 
 
 		 602 aa  245  1.9999999999999999e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.98 
 
 		 592 aa  244  3e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.36 
 
 		 599 aa  244  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.01 
 
 		 602 aa  244  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  27.82 
 
 		 622 aa  244  5e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  30.76 
 
 		 601 aa  243  1e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  29.34 
 
 		 599 aa  242  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 598 aa  241  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  31.97 
 
 		 600 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 600 aa  241  2.9999999999999997e-62  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>