More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2610 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  77.68 
 
 		 656 aa  1071    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  58.41 
 
 		 657 aa  762    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  84.62 
 
 		 654 aa  1168    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  58.04 
 
 		 650 aa  770    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  61.59 
 
 		 655 aa  825    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  57.72 
 
 		 643 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  57.93 
 
 		 642 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  57.37 
 
 		 642 aa  773    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  57.12 
 
 		 643 aa  754    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  58.2 
 
 		 643 aa  776    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  57.12 
 
 		 642 aa  755    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  76.24 
 
 		 655 aa  1058    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.56 
 
 		 650 aa  999    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 655 aa  1363    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  43.38 
 
 		 649 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  42.83 
 
 		 647 aa  564  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  42.2 
 
 		 649 aa  558  1e-158  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  42.13 
 
 		 633 aa  544  1e-153  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  42.46 
 
 		 631 aa  535  1e-150  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  42.36 
 
 		 651 aa  528  1e-148  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  42.68 
 
 		 646 aa  523  1e-147  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  37.58 
 
 		 630 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.95 
 
 		 630 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  37.11 
 
 		 630 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 		 654 aa  452  1.0000000000000001e-126  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 		 652 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 661 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 645 aa  448  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 		 648 aa  445  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  37.63 
 
 		 658 aa  444  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 644 aa  444  1e-123  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  37.62 
 
 		 682 aa  444  1e-123  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 655 aa  441  9.999999999999999e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 653 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  36.84 
 
 		 653 aa  438  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 648 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  36.01 
 
 		 656 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 651 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 		 648 aa  426  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 		 653 aa  426  1e-118  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 648 aa  421  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 657 aa  416  9.999999999999999e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 648 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 661 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  37.3 
 
 		 654 aa  418  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 648 aa  410  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 659 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 636 aa  380  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 634 aa  372  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 		 607 aa  351  3e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 609 aa  345  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 610 aa  341  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  32.72 
 
 		 626 aa  328  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 611 aa  324  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 601 aa  320  7e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 618 aa  312  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 623 aa  308  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 603 aa  306  6e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 		 603 aa  256  6e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 603 aa  256  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 603 aa  250  7e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  27.46 
 
 		 622 aa  234  4.0000000000000004e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  27.68 
 
 		 617 aa  233  1e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 		 606 aa  233  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  26.56 
 
 		 633 aa  232  2e-59  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  28.79 
 
 		 592 aa  231  3e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  28.91 
 
 		 649 aa  231  4e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.49 
 
 		 599 aa  229  8e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 		 606 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  27.56 
 
 		 596 aa  226  8e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  26.66 
 
 		 605 aa  226  1e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  26.12 
 
 		 594 aa  226  1e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  27.23 
 
 		 612 aa  226  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  28.01 
 
 		 606 aa  223  9e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  26.44 
 
 		 635 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  26.44 
 
 		 635 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  26.39 
 
 		 609 aa  223  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  27.24 
 
 		 635 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  24.96 
 
 		 610 aa  220  5e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  27.67 
 
 		 610 aa  219  8.999999999999998e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  27.54 
 
 		 592 aa  219  2e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  26.74 
 
 		 612 aa  218  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  29.07 
 
 		 613 aa  219  2e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  28.03 
 
 		 592 aa  218  4e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  24.26 
 
 		 607 aa  215  1.9999999999999998e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  25.52 
 
 		 633 aa  216  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  27.24 
 
 		 607 aa  214  2.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  26.18 
 
 		 590 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  26.81 
 
 		 598 aa  213  7.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  25.49 
 
 		 610 aa  212  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 607 aa  210  5e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  25.17 
 
 		 610 aa  209  1e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  24.66 
 
 		 610 aa  209  1e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  28.33 
 
 		 590 aa  208  2e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 		 616 aa  208  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  25.7 
 
 		 599 aa  209  2e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  24.44 
 
 		 610 aa  207  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  25.37 
 
 		 597 aa  207  6e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  26.85 
 
 		 598 aa  207  7e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4459  AMP-dependent synthetase and ligase  26.39 
 
 		 598 aa  206  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.704147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>