More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3136 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  78.34 
 
 
656 aa  1080    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  84.62 
 
 
655 aa  1168    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  58.64 
 
 
643 aa  763    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  58.11 
 
 
650 aa  771    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  61.37 
 
 
655 aa  822    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  56.8 
 
 
643 aa  744    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  57.12 
 
 
643 aa  747    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  56.75 
 
 
642 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  57.77 
 
 
642 aa  756    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
654 aa  1360    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  77.01 
 
 
655 aa  1060    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.56 
 
 
650 aa  993    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  58.77 
 
 
657 aa  762    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  56.8 
 
 
642 aa  750    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  42.55 
 
 
649 aa  568  1e-161  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  42.37 
 
 
647 aa  568  1e-160  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  42.9 
 
 
649 aa  561  1e-158  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  42.14 
 
 
631 aa  536  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  41.4 
 
 
633 aa  536  1e-151  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  41.72 
 
 
651 aa  523  1e-147  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  41.24 
 
 
646 aa  521  1e-146  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  38.53 
 
 
654 aa  469  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  37.11 
 
 
630 aa  464  1e-129  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 
655 aa  463  1e-129  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  36.64 
 
 
630 aa  464  1e-129  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  36.32 
 
 
630 aa  462  1e-129  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  38.3 
 
 
652 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  38.71 
 
 
682 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  38.8 
 
 
644 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  38.07 
 
 
653 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  38.6 
 
 
653 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  36.89 
 
 
661 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  38.39 
 
 
645 aa  447  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 
653 aa  439  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 
648 aa  437  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  37.52 
 
 
658 aa  437  1e-121  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 
661 aa  434  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  37.99 
 
 
651 aa  435  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  36.46 
 
 
656 aa  431  1e-119  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
648 aa  431  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 
648 aa  427  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 
648 aa  421  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 
648 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  36.42 
 
 
654 aa  419  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 
648 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 
657 aa  407  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 
659 aa  403  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 
636 aa  387  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  33.7 
 
 
634 aa  379  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 
610 aa  341  2.9999999999999998e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  30.55 
 
 
607 aa  341  2.9999999999999998e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  32.45 
 
 
609 aa  337  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  32.45 
 
 
626 aa  326  9e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 
611 aa  319  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 
618 aa  306  6e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 
601 aa  305  1.0000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 
603 aa  300  6e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 
623 aa  300  6e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 
603 aa  254  5.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 
622 aa  247  4.9999999999999997e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  28.03 
 
 
606 aa  240  6.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 
603 aa  239  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 
649 aa  238  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  27.86 
 
 
606 aa  236  7e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  26.2 
 
 
603 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  27.51 
 
 
606 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
617 aa  234  3e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 
592 aa  234  4.0000000000000004e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  26.41 
 
 
605 aa  228  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  28.16 
 
 
610 aa  227  6e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  28.76 
 
 
613 aa  224  3e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  26.67 
 
 
601 aa  224  4.9999999999999996e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  27.6 
 
 
596 aa  223  6e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 
635 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  25.25 
 
 
607 aa  221  3.9999999999999997e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  26.94 
 
 
635 aa  220  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  26.94 
 
 
635 aa  220  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  25.41 
 
 
633 aa  219  1e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  27.51 
 
 
599 aa  219  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  28.14 
 
 
592 aa  218  2.9999999999999998e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  28.12 
 
 
612 aa  217  5e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4860  AMP-dependent synthetase and ligase  27.18 
 
 
598 aa  217  5.9999999999999996e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  27.05 
 
 
616 aa  216  9.999999999999999e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  28.23 
 
 
590 aa  215  1.9999999999999998e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  26.13 
 
 
607 aa  214  3.9999999999999995e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  25.16 
 
 
612 aa  214  5.999999999999999e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  24.92 
 
 
610 aa  212  1e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  26.68 
 
 
599 aa  212  2e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  25.75 
 
 
602 aa  210  6e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  25.4 
 
 
611 aa  209  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  24.83 
 
 
610 aa  209  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.21 
 
 
602 aa  208  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  25.88 
 
 
590 aa  208  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
612 aa  207  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4186  AMP-dependent synthetase and ligase  26.58 
 
 
598 aa  206  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  23.9 
 
 
610 aa  206  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  24.88 
 
 
633 aa  206  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  24.58 
 
 
602 aa  205  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  24.74 
 
 
594 aa  205  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  24.92 
 
 
600 aa  204  4e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>