More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3434 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  54.17 
 
 		 656 aa  705    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  60.43 
 
 		 661 aa  812    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 648 aa  1338    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  53.91 
 
 		 653 aa  706    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  61.4 
 
 		 655 aa  839    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  62.37 
 
 		 652 aa  837    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  63.12 
 
 		 644 aa  866    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  54.7 
 
 		 653 aa  709    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  52.8 
 
 		 659 aa  666    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  52.43 
 
 		 657 aa  679    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  75.62 
 
 		 648 aa  1033    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  76.23 
 
 		 648 aa  1038    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  61.98 
 
 		 654 aa  810    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  52.43 
 
 		 661 aa  694    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  62.66 
 
 		 645 aa  853    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  55.78 
 
 		 658 aa  732    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  59.63 
 
 		 651 aa  797    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  75.93 
 
 		 648 aa  999    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  77.01 
 
 		 648 aa  1045    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  63.12 
 
 		 682 aa  866    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  58.58 
 
 		 654 aa  785    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  54.7 
 
 		 653 aa  712    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  45.02 
 
 		 649 aa  565  1e-160  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  44.01 
 
 		 647 aa  564  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  45.11 
 
 		 649 aa  565  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  42.88 
 
 		 633 aa  523  1e-147  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  41.63 
 
 		 651 aa  514  1e-144  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  40.81 
 
 		 646 aa  511  1e-143  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  38.58 
 
 		 648 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  39.72 
 
 		 631 aa  479  1e-134  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  39.06 
 
 		 650 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  38.01 
 
 		 643 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  38.66 
 
 		 643 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  38.19 
 
 		 642 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 		 657 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 654 aa  437  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.17 
 
 		 642 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  35.95 
 
 		 656 aa  432  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  37.75 
 
 		 643 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  36.92 
 
 		 642 aa  423  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.8 
 
 		 630 aa  425  1e-117  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 630 aa  422  1e-117  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  35.8 
 
 		 630 aa  421  1e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 655 aa  421  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 655 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 655 aa  410  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  37.2 
 
 		 636 aa  409  1e-113  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.11 
 
 		 650 aa  409  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 634 aa  400  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.61 
 
 		 607 aa  380  1e-104  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 		 609 aa  358  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  32.89 
 
 		 626 aa  350  4e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  33.11 
 
 		 610 aa  344  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 623 aa  337  3.9999999999999995e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.58 
 
 		 601 aa  331  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 		 611 aa  322  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 618 aa  318  3e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 603 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  29.11 
 
 		 610 aa  278  2e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 606 aa  276  8e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 616 aa  272  1e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 606 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  29.61 
 
 		 606 aa  270  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 605 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 604 aa  267  4e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  30.64 
 
 		 604 aa  267  4e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.48 
 
 		 633 aa  264  4.999999999999999e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 604 aa  263  6.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 622 aa  262  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 594 aa  259  9e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  30.23 
 
 		 617 aa  257  4e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.73 
 
 		 602 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  28.22 
 
 		 602 aa  255  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2191  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 		 605 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  27.75 
 
 		 649 aa  252  1e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 616 aa  249  8e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 		 601 aa  249  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 		 635 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  25.95 
 
 		 611 aa  249  2e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  28.93 
 
 		 607 aa  248  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  28.89 
 
 		 635 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.81 
 
 		 601 aa  249  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  27.82 
 
 		 596 aa  248  3e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 635 aa  248  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.9 
 
 		 599 aa  248  3e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  27.68 
 
 		 603 aa  247  6e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 633 aa  246  9e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  27.77 
 
 		 601 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 		 607 aa  245  1.9999999999999999e-63  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  29.23 
 
 		 599 aa  242  1e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 		 610 aa  241  2e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  27.14 
 
 		 603 aa  240  5.999999999999999e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.6 
 
 		 610 aa  240  6.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  27.81 
 
 		 587 aa  239  8e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 597 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 597 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  29.44 
 
 		 597 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  27.76 
 
 		 601 aa  239  2e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  27.85 
 
 		 608 aa  238  3e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  26.62 
 
 		 610 aa  238  3e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>