More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5006 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  51.57 
 
 		 653 aa  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  69.61 
 
 		 655 aa  949    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  67.85 
 
 		 652 aa  925    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  64.58 
 
 		 661 aa  871    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  51.09 
 
 		 653 aa  668    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  51.57 
 
 		 653 aa  673    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  73.95 
 
 		 644 aa  1006    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  71.89 
 
 		 645 aa  981    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 651 aa  1339    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  49.84 
 
 		 657 aa  636    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  57.71 
 
 		 648 aa  785    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  57.86 
 
 		 648 aa  792    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  67.8 
 
 		 654 aa  911    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  50.86 
 
 		 661 aa  657    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  52.76 
 
 		 656 aa  679    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  52.65 
 
 		 659 aa  651    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  59.63 
 
 		 648 aa  797    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  52.34 
 
 		 658 aa  682    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  59.94 
 
 		 648 aa  777    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  58.63 
 
 		 648 aa  775    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  73.95 
 
 		 682 aa  1006    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  60.09 
 
 		 654 aa  803    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  46.68 
 
 		 647 aa  582  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  46.41 
 
 		 649 aa  581  1e-164  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  46.72 
 
 		 649 aa  581  1e-164  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  45.91 
 
 		 633 aa  568  1e-160  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  43.12 
 
 		 646 aa  540  9.999999999999999e-153  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  43.08 
 
 		 651 aa  535  1e-150  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 		 648 aa  522  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  40.39 
 
 		 643 aa  465  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  39.71 
 
 		 631 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  37.76 
 
 		 630 aa  458  1e-127  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  39.73 
 
 		 657 aa  457  1e-127  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  37.6 
 
 		 630 aa  456  1e-127  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 630 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  37.95 
 
 		 650 aa  448  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  38.16 
 
 		 642 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  37.99 
 
 		 654 aa  435  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 655 aa  429  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 		 643 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  39.54 
 
 		 655 aa  429  1e-118  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  37.15 
 
 		 655 aa  429  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.76 
 
 		 650 aa  423  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  36.83 
 
 		 656 aa  422  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  36.6 
 
 		 642 aa  421  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 		 642 aa  414  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 643 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  35.39 
 
 		 636 aa  389  1e-106  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  36.41 
 
 		 634 aa  385  1e-105  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 610 aa  373  1e-102  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  35.6 
 
 		 623 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 607 aa  363  6e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 609 aa  359  9.999999999999999e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 		 626 aa  358  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 618 aa  342  1e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 611 aa  325  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  33.62 
 
 		 603 aa  324  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 601 aa  320  5e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  30.51 
 
 		 616 aa  284  4.0000000000000003e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  31.27 
 
 		 605 aa  283  8.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 594 aa  273  9e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 649 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 		 610 aa  270  4e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  31.31 
 
 		 607 aa  268  2.9999999999999995e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 613 aa  266  8.999999999999999e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 608 aa  265  2e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 617 aa  263  6e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 607 aa  261  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 		 606 aa  258  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 		 596 aa  257  4e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 		 601 aa  253  9.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  28.23 
 
 		 622 aa  252  1e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 610 aa  250  6e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 		 633 aa  248  3e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  27.92 
 
 		 606 aa  246  9e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 590 aa  246  9e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 604 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  29.51 
 
 		 633 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  30.89 
 
 		 601 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 		 604 aa  245  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 597 aa  244  3e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 		 599 aa  244  3.9999999999999997e-63  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  28.62 
 
 		 606 aa  244  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  29.1 
 
 		 601 aa  243  6e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  27.26 
 
 		 602 aa  243  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  31.2 
 
 		 601 aa  243  7e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 604 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.45 
 
 		 601 aa  243  9e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  26.79 
 
 		 611 aa  240  8e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.38 
 
 		 599 aa  239  8e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2606  AMP-dependent synthetase and ligase  26.3 
 
 		 592 aa  239  1e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.254378  normal  0.619309 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 612 aa  238  2e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 597 aa  237  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  29.47 
 
 		 597 aa  237  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 597 aa  236  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 		 602 aa  235  2.0000000000000002e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.21 
 
 		 602 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 598 aa  234  5e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 		 612 aa  233  6e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0962  AMP-dependent synthetase and ligase  28.47 
 
 		 604 aa  233  7.000000000000001e-60  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.182465  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>