More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3607 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  59.06 
 
 		 661 aa  802    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  59.53 
 
 		 655 aa  801    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  61.08 
 
 		 652 aa  825    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  52.98 
 
 		 653 aa  703    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  77.01 
 
 		 648 aa  1058    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  51.09 
 
 		 657 aa  660    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  81.94 
 
 		 648 aa  1125    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  84.57 
 
 		 648 aa  1153    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  61.94 
 
 		 654 aa  813    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 		 661 aa  677    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  58.63 
 
 		 651 aa  784    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  60.12 
 
 		 645 aa  825    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  59.57 
 
 		 644 aa  828    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  53.39 
 
 		 656 aa  695    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  52.35 
 
 		 653 aa  696    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  54.3 
 
 		 658 aa  718    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  80.86 
 
 		 648 aa  1079    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 648 aa  1337    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  59.57 
 
 		 682 aa  828    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  51.47 
 
 		 659 aa  644    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  57.7 
 
 		 654 aa  777    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  52.82 
 
 		 653 aa  704    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  43.85 
 
 		 649 aa  558  1e-157  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  43.71 
 
 		 649 aa  555  1e-157  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  43.13 
 
 		 647 aa  553  1e-156  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  43.06 
 
 		 633 aa  529  1e-149  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  41.04 
 
 		 646 aa  512  1e-144  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  39.94 
 
 		 651 aa  491  1e-137  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  38.93 
 
 		 648 aa  488  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  38.71 
 
 		 631 aa  478  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 643 aa  458  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  39.78 
 
 		 643 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.42 
 
 		 642 aa  449  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  37.97 
 
 		 642 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 		 650 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  38.77 
 
 		 657 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 642 aa  433  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 		 655 aa  431  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  38.65 
 
 		 655 aa  429  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  37.03 
 
 		 643 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  36.36 
 
 		 656 aa  429  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 654 aa  427  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 		 655 aa  428  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.32 
 
 		 650 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 		 636 aa  409  1.0000000000000001e-112  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  33.65 
 
 		 630 aa  403  1e-111  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 630 aa  399  1e-109  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.33 
 
 		 630 aa  397  1e-109  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  36.26 
 
 		 634 aa  393  1e-108  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 607 aa  384  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 609 aa  348  2e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 601 aa  340  5e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 610 aa  334  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 626 aa  326  8.000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 611 aa  321  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 618 aa  320  5e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 		 603 aa  320  7e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 623 aa  317  6e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.76 
 
 		 633 aa  286  8e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  31.62 
 
 		 605 aa  280  7e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 		 610 aa  278  2e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 604 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  30.87 
 
 		 604 aa  271  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  30.54 
 
 		 604 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 		 606 aa  264  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 606 aa  264  4e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  28.24 
 
 		 649 aa  262  2e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 606 aa  261  4e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 		 617 aa  259  7e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  28.62 
 
 		 622 aa  259  1e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  26.85 
 
 		 610 aa  258  2e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  26.39 
 
 		 607 aa  258  2e-67  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  30.05 
 
 		 594 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  29.18 
 
 		 616 aa  254  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 601 aa  251  3e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  25.94 
 
 		 610 aa  251  3e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.15 
 
 		 610 aa  249  8e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.21 
 
 		 610 aa  249  1e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.42 
 
 		 610 aa  247  4e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0595  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 601 aa  246  6.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 		 598 aa  245  1.9999999999999999e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  28.78 
 
 		 635 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.42 
 
 		 602 aa  244  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 		 607 aa  244  5e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  27.35 
 
 		 596 aa  242  2e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  29.36 
 
 		 601 aa  241  2.9999999999999997e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  28.15 
 
 		 590 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  27.95 
 
 		 602 aa  240  5e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 		 601 aa  239  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  27.01 
 
 		 611 aa  239  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 635 aa  238  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 		 635 aa  238  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  28.5 
 
 		 613 aa  238  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  27.55 
 
 		 599 aa  237  4e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  29.65 
 
 		 610 aa  237  4e-61  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  27.14 
 
 		 596 aa  237  5.0000000000000005e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 		 608 aa  236  7e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  25 
 
 		 609 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  29.28 
 
 		 607 aa  235  2.0000000000000002e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  26.76 
 
 		 597 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>