More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3542 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  52.28 
 
 		 656 aa  691    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  57.71 
 
 		 651 aa  785    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  75.62 
 
 		 648 aa  1033    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  61.4 
 
 		 655 aa  833    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  60.62 
 
 		 652 aa  830    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  59.66 
 
 		 645 aa  818    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  52.04 
 
 		 653 aa  706    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  52.19 
 
 		 653 aa  708    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  59.06 
 
 		 661 aa  818    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  52.66 
 
 		 657 aa  678    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 648 aa  1343    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  83.02 
 
 		 648 aa  1132    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  59.01 
 
 		 654 aa  791    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  50.93 
 
 		 661 aa  679    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  59.72 
 
 		 644 aa  822    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  50.85 
 
 		 659 aa  662    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  53.52 
 
 		 658 aa  714    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  76.39 
 
 		 648 aa  1023    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  81.94 
 
 		 648 aa  1110    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  59.72 
 
 		 682 aa  821    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  57.45 
 
 		 654 aa  778    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  52.19 
 
 		 653 aa  710    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  43.4 
 
 		 649 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  43.46 
 
 		 649 aa  553  1e-156  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  42.34 
 
 		 647 aa  549  1e-155  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  43.06 
 
 		 633 aa  547  1e-154  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  40.57 
 
 		 646 aa  522  1e-147  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 648 aa  507  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  39.62 
 
 		 651 aa  503  1e-141  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  39.03 
 
 		 631 aa  488  1e-136  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  38.47 
 
 		 650 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  39.25 
 
 		 642 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  38.1 
 
 		 642 aa  456  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 643 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 643 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  37.44 
 
 		 642 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 643 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  38.59 
 
 		 655 aa  434  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 657 aa  432  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  35.64 
 
 		 656 aa  419  1e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 654 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 655 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  34.6 
 
 		 630 aa  416  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  34.28 
 
 		 630 aa  415  1e-114  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.05 
 
 		 650 aa  412  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  33.97 
 
 		 630 aa  411  1e-113  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  35.58 
 
 		 607 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 655 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  34.8 
 
 		 636 aa  395  1e-108  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 634 aa  380  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 609 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.9 
 
 		 618 aa  348  2e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 610 aa  347  4e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  31.57 
 
 		 623 aa  343  5e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 626 aa  337  5.999999999999999e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  33.12 
 
 		 611 aa  332  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 		 601 aa  331  3e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 603 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  30.25 
 
 		 610 aa  302  1e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 		 633 aa  291  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  29.32 
 
 		 606 aa  285  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  31.18 
 
 		 605 aa  282  1e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 		 606 aa  281  3e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  29.23 
 
 		 622 aa  279  9e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  28.67 
 
 		 606 aa  277  4e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  28.08 
 
 		 649 aa  276  1.0000000000000001e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1894  AMP-dependent synthetase and ligase  29.84 
 
 		 613 aa  272  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.391707  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  29.42 
 
 		 594 aa  271  4e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  29.82 
 
 		 604 aa  270  8.999999999999999e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 604 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 		 604 aa  267  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  29.75 
 
 		 607 aa  266  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 		 617 aa  263  8.999999999999999e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  27.61 
 
 		 611 aa  263  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  26.56 
 
 		 607 aa  262  2e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 616 aa  259  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  29.3 
 
 		 601 aa  258  3e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  28.28 
 
 		 597 aa  257  5e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  29.42 
 
 		 601 aa  256  9e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  27.29 
 
 		 610 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 		 599 aa  255  2.0000000000000002e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 602 aa  254  3e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 602 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  28.38 
 
 		 602 aa  254  5.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  29.05 
 
 		 635 aa  249  9e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  25.54 
 
 		 610 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  27.52 
 
 		 603 aa  248  3e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3402  AMP binding protein  28.25 
 
 		 601 aa  247  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3532  AMP-dependent synthetase and ligase  28.25 
 
 		 601 aa  247  4e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  28.73 
 
 		 635 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  26.61 
 
 		 587 aa  246  9.999999999999999e-64  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  25.9 
 
 		 610 aa  246  9.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  28.73 
 
 		 635 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2933  AMP binding protein  28.45 
 
 		 588 aa  244  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.617922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3732  AMP-dependent synthetase and ligase  28.34 
 
 		 590 aa  244  3e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0633  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 		 601 aa  244  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.178096  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  28.29 
 
 		 607 aa  244  5e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.06 
 
 		 602 aa  243  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  28.92 
 
 		 608 aa  243  1e-62  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  27.08 
 
 		 602 aa  242  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>