More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3353 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3353  phage integrase family protein  100 
 
 		 393 aa  812    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3385  site-specific recombinase, phage integrase family  64.6 
 
 		 391 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.059991  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5344  site-specific recombinase, phage integrase family  45.01 
 
 		 402 aa  361  1e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.803856  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40500  Phage integrase  44.96 
 
 		 401 aa  357  2.9999999999999997e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4347  integrase family protein  43.67 
 
 		 402 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000357829 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3281  integrase family protein  44.87 
 
 		 387 aa  330  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2638  integrase  41.94 
 
 		 409 aa  327  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  decreased coverage  9.23997e-16 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4738  integrase  41.65 
 
 		 396 aa  325  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.657187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3377  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.65 
 
 		 394 aa  325  1e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3112  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.39 
 
 		 394 aa  324  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0338398 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0306  site-specific recombinase, phage integrase family  41.49 
 
 		 410 aa  322  5e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.644103 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3149  integrase family protein  42.01 
 
 		 402 aa  317  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4153  phage integrase family site specific recombinase  40.87 
 
 		 397 aa  316  6e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.448481  normal  0.0214927 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0053  integrase family protein  40.62 
 
 		 391 aa  315  7e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.613927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3887  integrase family protein  40.1 
 
 		 404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1377  integrase family protein  40.72 
 
 		 404 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.421262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3853  phage integrase family site specific recombinase  39.85 
 
 		 404 aa  313  3.9999999999999997e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2870  integrase family protein  40.21 
 
 		 404 aa  311  9e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0925  integrase family protein  39.59 
 
 		 404 aa  311  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0884  phage integrase family site specific recombinase  39.59 
 
 		 404 aa  311  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0108  integrase family protein  40.72 
 
 		 389 aa  310  2e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4002  phage integrase family site specific recombinase  40.52 
 
 		 387 aa  310  4e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1403  integrase family protein  40.21 
 
 		 404 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2828  integrase family protein  40.15 
 
 		 396 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0329  site-specific recombinase, phage integrase family protein  41.39 
 
 		 402 aa  305  6e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.0019463  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0299  phage integrase family site specific recombinase  41.39 
 
 		 394 aa  304  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000127187 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0681  integrase family protein  40.78 
 
 		 401 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0697  integrase family protein  40.35 
 
 		 618 aa  296  4e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0061  integrase family protein  38.92 
 
 		 396 aa  296  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03516  Int  37.63 
 
 		 394 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.465426  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03468  hypothetical protein  37.63 
 
 		 394 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.457385  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0374  site-specific recombinase, phage integrase family  39.13 
 
 		 396 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.324346  normal  0.794104 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3466  integrase family protein  39.75 
 
 		 644 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1610  integrase family protein  40.41 
 
 		 394 aa  288  1e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0939795  normal  0.722179 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3372  integrase family protein  40.1 
 
 		 601 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5032  integrase  37.37 
 
 		 417 aa  286  4e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1340  phage integrase family protein  39.26 
 
 		 487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.680009  normal  0.929089 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1097  putative phage integrase  39.01 
 
 		 643 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0408493  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0968  cp4-like integrase protein  39.74 
 
 		 391 aa  282  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1237  integrase family protein  43.33 
 
 		 401 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.184026  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1597  integrase family protein  39.6 
 
 		 602 aa  279  5e-74  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.754785  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1977  phage integrase family protein  40.39 
 
 		 617 aa  278  8e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.602154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2408  integrase (int)  40.1 
 
 		 617 aa  278  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.71715  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0666  integrase  37.47 
 
 		 395 aa  276  6e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.214947  hitchhiker  0.000000824162 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3253  integrase family protein  40.31 
 
 		 406 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.274925  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4139  integrase family protein  38.42 
 
 		 642 aa  270  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217214  hitchhiker  0.0000125149 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2300  phage integrase family protein  38.87 
 
 		 403 aa  270  4e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1354  phage integrase  37.02 
 
 		 404 aa  269  5e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.226935  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1229  integrase family protein  36.27 
 
 		 402 aa  268  1e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.308607  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6353  P4-like integrase  38.07 
 
 		 407 aa  266  7e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.276221  normal  0.142283 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0958  integrase family protein  38.66 
 
 		 403 aa  264  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2400  phage integrase family protein  39.02 
 
 		 404 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0432428  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3617  phage integrase family protein  38.28 
 
 		 390 aa  262  6e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1281  integrase family protein  37.44 
 
 		 410 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.250481  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3996  phage integrase family protein  38.52 
 
 		 389 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.243095  normal  0.464149 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1309  integrase family protein  38.54 
 
 		 385 aa  261  2e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00894189  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1053  integrase family protein  37.21 
 
 		 413 aa  259  4e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3101  phage integrase family protein  37.11 
 
 		 395 aa  259  5.0000000000000005e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.241472 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3582  integrase  38.02 
 
 		 397 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000010448 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2993  integrase family protein  35.97 
 
 		 411 aa  258  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0241673  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1290  prophage CP4-like integrase  36.69 
 
 		 404 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1254  integrase family protein  37.24 
 
 		 406 aa  258  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1135  integrase family protein  37.04 
 
 		 420 aa  258  1e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.660437  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1213  phage integrase family protein  38.28 
 
 		 411 aa  258  2e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.550435  normal  0.724829 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3444  integrase family protein  38.46 
 
 		 401 aa  256  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.950055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2233  integrase family protein  37.95 
 
 		 397 aa  256  7e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0126025 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1752  phage integrase  36.18 
 
 		 404 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2364  phage integrase family protein  36.18 
 
 		 404 aa  255  9e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0767  prophage integrase  37.76 
 
 		 413 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.496617  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3266  site-specific recombinase, phage integrase family  36.77 
 
 		 367 aa  253  4.0000000000000004e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.220935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1823  prophage P4 integrase  37.12 
 
 		 421 aa  253  5.000000000000001e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0003918  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1370  prophage CP4-57 integrase  37.82 
 
 		 399 aa  252  6e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000288538  normal  0.0147519 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2777  phage integrase family protein  35.84 
 
 		 414 aa  252  7e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.179227 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01122  integrase  34.95 
 
 		 410 aa  251  1e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004301  phage integrase  36.1 
 
 		 415 aa  250  2e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2421  phage integrase family protein  35.66 
 
 		 404 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.359769  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5324  integrase  38.28 
 
 		 395 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2428  phage integrase family protein  39.69 
 
 		 398 aa  249  5e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0129894  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2917  phage integrase family site specific recombinase  34.79 
 
 		 415 aa  249  7e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.121366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0723  integrase family protein  36.88 
 
 		 402 aa  249  8e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2073  putative integrase prophage protein  37.76 
 
 		 445 aa  248  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.343069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1087  prophage CP4-like integrase  39.33 
 
 		 402 aa  248  2e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0686158  normal  0.733302 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3223  integrase  36.43 
 
 		 413 aa  247  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1631  integrase family protein  36.34 
 
 		 409 aa  247  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0928  phage integrase family site specific recombinase  37.08 
 
 		 438 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0249275  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1627  phage integrase family protein  37.76 
 
 		 419 aa  246  4e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0372  phage family integrase  34.54 
 
 		 422 aa  246  4e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0444  phage integrase  37.1 
 
 		 417 aa  245  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.159341  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1471  phage integrase family site specific recombinase  35.86 
 
 		 415 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1100  site-specific recombinase, phage integrase family  35.84 
 
 		 395 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2480  integrase, phage family  36.36 
 
 		 413 aa  244  1.9999999999999999e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00704938  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2365  Phage integrase  36.76 
 
 		 404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3122  integrase family protein  37.56 
 
 		 404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2953  phage integrase family protein  37.02 
 
 		 408 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.887066  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1902  integrase family protein  35.73 
 
 		 416 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41933  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1188  phage integrase family protein  35.04 
 
 		 419 aa  243  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1063  integrase family protein  35.31 
 
 		 398 aa  243  6e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2952  phage integrase family protein  35.55 
 
 		 397 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.20289e-17 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4740  integrase family protein  34.78 
 
 		 418 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02085  prophage CP4-like integrase  35.35 
 
 		 412 aa  241  1e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00159504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>