More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1798 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 349 aa  726    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  79.47 
 
 		 354 aa  566  1e-160  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1495  pseudouridine synthase, RluA family  77.03 
 
 		 354 aa  552  1e-156  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  75.58 
 
 		 350 aa  544  1e-153  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  75.73 
 
 		 363 aa  535  1e-151  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  71.8 
 
 		 347 aa  512  1e-144  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  69.19 
 
 		 346 aa  495  1e-139  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  47.51 
 
 		 342 aa  310  2e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  48.12 
 
 		 348 aa  308  1.0000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  46.99 
 
 		 352 aa  305  1.0000000000000001e-81  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.62 
 
 		 356 aa  294  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.13 
 
 		 348 aa  293  4e-78  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.38 
 
 		 356 aa  291  8e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  45.48 
 
 		 341 aa  286  2.9999999999999996e-76  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  45.94 
 
 		 347 aa  285  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  45.13 
 
 		 343 aa  275  7e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1621  pseudouridine synthase, RluA family  47.15 
 
 		 355 aa  267  2e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 336 aa  236  4e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 320 aa  229  4e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  42.67 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  44.37 
 
 		 334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  39.72 
 
 		 482 aa  226  6e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.57 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 		 345 aa  224  1e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  39.93 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  40.52 
 
 		 309 aa  223  3e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 		 331 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 		 347 aa  222  6e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 		 334 aa  222  7e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  39.68 
 
 		 315 aa  222  8e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  40.31 
 
 		 334 aa  222  9e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  39.55 
 
 		 304 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  41.05 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.69 
 
 		 302 aa  220  3e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  39.2 
 
 		 341 aa  220  3e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.76 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.37 
 
 		 302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 344 aa  220  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  37.81 
 
 		 341 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 		 319 aa  218  7.999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.03 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  37.97 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.56 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  41.46 
 
 		 319 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.78 
 
 		 322 aa  217  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  41.46 
 
 		 319 aa  218  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.37 
 
 		 302 aa  218  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.63 
 
 		 326 aa  217  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  38.11 
 
 		 326 aa  216  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  41.14 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  40.13 
 
 		 302 aa  216  5e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.36 
 
 		 337 aa  216  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.81 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.58 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.81 
 
 		 302 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  39.81 
 
 		 302 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.81 
 
 		 302 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.81 
 
 		 302 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.93 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  42.35 
 
 		 326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  39.38 
 
 		 343 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 302 aa  212  7e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.37 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.35 
 
 		 333 aa  212  9e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  39.74 
 
 		 303 aa  212  9e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.61 
 
 		 310 aa  211  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  41.16 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  37.62 
 
 		 306 aa  212  1e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  40.56 
 
 		 343 aa  211  1e-53  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  38.73 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  40.26 
 
 		 302 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.44 
 
 		 306 aa  210  4e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.31 
 
 		 333 aa  209  6e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.46 
 
 		 305 aa  209  7e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.61 
 
 		 313 aa  209  8e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  37.3 
 
 		 306 aa  208  9e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  39.87 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.46 
 
 		 349 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  39.63 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.72 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  37.38 
 
 		 326 aa  207  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  39.48 
 
 		 300 aa  207  3e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.92 
 
 		 343 aa  207  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  37.69 
 
 		 314 aa  207  3e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 		 321 aa  206  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  38.15 
 
 		 377 aa  205  7e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  38.71 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.69 
 
 		 313 aa  205  1e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.63 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  39.55 
 
 		 328 aa  205  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.83 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  41.05 
 
 		 349 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  40.26 
 
 		 337 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  40.47 
 
 		 323 aa  205  1e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.55 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 319 aa  204  2e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>