223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0325 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010803  Clim_2193  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  81.22 
 
 
535 aa  919    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0325  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  100 
 
 
535 aa  1105    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00842285  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0216  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  80.19 
 
 
525 aa  897    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3480  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  57.79 
 
 
544 aa  638    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1909  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  57.64 
 
 
568 aa  667    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1814  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  79.23 
 
 
540 aa  894    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1537  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  57.98 
 
 
563 aa  657    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.61403  hitchhiker  0.000999524 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2387  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  81.31 
 
 
535 aa  912    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2259  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  71.21 
 
 
532 aa  791    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0202081  normal  0.326054 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2028  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  72.46 
 
 
533 aa  819    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0312494 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3531  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.76 
 
 
508 aa  380  1e-104  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3666  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  37.2 
 
 
507 aa  377  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1838  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.7 
 
 
508 aa  373  1e-102  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0579609 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0359  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.76 
 
 
508 aa  373  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3204  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.03 
 
 
508 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2892  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.03 
 
 
508 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3466  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.21 
 
 
508 aa  368  1e-100  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3812  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.4 
 
 
508 aa  364  3e-99  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0124586 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1636  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.03 
 
 
526 aa  317  3e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1009  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.49 
 
 
522 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0286  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.3 
 
 
534 aa  310  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0622  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.06 
 
 
546 aa  310  5.9999999999999995e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1929  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.3 
 
 
534 aa  310  5.9999999999999995e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.86894  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.89 
 
 
531 aa  306  9.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.0343 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1314  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.65 
 
 
530 aa  302  9e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5360  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.96 
 
 
530 aa  301  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0246686  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5282  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.71 
 
 
531 aa  300  6e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0160  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.4 
 
 
519 aa  298  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1847  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.33 
 
 
532 aa  296  4e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.756784  normal  0.0103216 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6416  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.74 
 
 
517 aa  295  2e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3535  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.39 
 
 
528 aa  293  7e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1731  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.81 
 
 
540 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2041  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.5 
 
 
508 aa  288  1e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133297 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3719  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.7 
 
 
506 aa  286  8e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38806  hitchhiker  0.00209828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3980  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.4 
 
 
541 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.129659 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3735  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.12 
 
 
535 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  hitchhiker  0.00212976 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0544  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.3 
 
 
525 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.846124  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06081  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.54 
 
 
526 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06001  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.09 
 
 
523 aa  276  7e-73  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05991  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.6 
 
 
525 aa  275  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.694309 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05701  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.9 
 
 
523 aa  273  6e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1874  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.35 
 
 
525 aa  271  1e-71  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1620  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.62 
 
 
541 aa  270  4e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.374988  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0746  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32 
 
 
524 aa  267  4e-70  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05461  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.86 
 
 
531 aa  266  7e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.121172  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.49 
 
 
536 aa  263  8e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0604  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  27.78 
 
 
480 aa  179  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  23.76 
 
 
466 aa  85.1  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3256  chlorophyllide reductase subunit Z  24.63 
 
 
493 aa  82  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00694846 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0508  nitrogenase  22.67 
 
 
402 aa  82.8  0.00000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3743  chlorophyllide reductase subunit Z  24.26 
 
 
493 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000151038 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2273  nitrogenase associated protein N  24.22 
 
 
446 aa  75.5  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2034  chlorophyllide reductase subunit Z  29.1 
 
 
491 aa  75.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0177  chlorophyllide reductase subunit Z  30.2 
 
 
494 aa  75.1  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1295  chlorophyllide reductase subunit Z  22.69 
 
 
482 aa  74.3  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3519  bacteriachlorophyllide reductase iron protein subunit Z  26.88 
 
 
488 aa  74.3  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.111024 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0260  putative chlorophyllide reductase, BchZ subunit  29.1 
 
 
491 aa  72.8  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1904  chlorophyllide reductase subunit Z  29.1 
 
 
491 aa  72.8  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.481662  normal  0.157092 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1540  hypothetical protein  30.41 
 
 
406 aa  69.7  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3999  chlorophyllide reductase subunit Z  24.38 
 
 
483 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.464812  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3754  chlorophyllide reductase subunit Z  25.87 
 
 
483 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1817  oxidoreductase/nitrogenase component 1  26.74 
 
 
410 aa  69.3  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1614  oxidoreductase/nitrogenase component 1  20.42 
 
 
425 aa  68.6  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1608  chlorophyllide reductase subunit Z  24.5 
 
 
509 aa  68.6  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1201  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  21.99 
 
 
917 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1712  chlorophyllide reductase subunit Z  24.72 
 
 
482 aa  67.8  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4028  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  22.04 
 
 
509 aa  67  0.0000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.764483 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1615  oxidoreductase/nitrogenase component 1  23.26 
 
 
448 aa  66.2  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6435  bacteriochlorophyllide reductase Z subunit  24.69 
 
 
483 aa  66.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786393  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2702  nitrogenase-related protein  25.59 
 
 
431 aa  65.9  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00973436  normal  0.117239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2978  chlorophyllide reductase subunit Z  24.37 
 
 
480 aa  65.5  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2909  Nitrogenase  23.14 
 
 
460 aa  65.1  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2816  chlorophyllide reductase subunit Z  37.5 
 
 
488 aa  65.1  0.000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14348  normal  0.423388 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0556  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  23.36 
 
 
462 aa  64.7  0.000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.263807  normal  0.366302 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1027  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.92 
 
 
461 aa  64.3  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.975928  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1355  Nitrogenase  23.06 
 
 
505 aa  64.3  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0669  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  22.37 
 
 
919 aa  63.9  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.961568 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3096  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  24.4 
 
 
546 aa  63.5  0.000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.659275  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0157  chlorophyllide reductase subunit Z  22.77 
 
 
469 aa  63.5  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2854  chlorophyllide reductase subunit Z  30 
 
 
488 aa  63.2  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0851  chlorophyllide reductase subunit Z  24.23 
 
 
493 aa  62.8  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00549555  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2732  chlorophyllide reductase subunit Z  36.04 
 
 
488 aa  62.8  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0557  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.9 
 
 
455 aa  62  0.00000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0151336  normal  0.228475 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0148  nitrogenase  21.63 
 
 
459 aa  61.2  0.00000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1249  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  23.43 
 
 
453 aa  60.8  0.00000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.265854  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0168  chlorophyllide reductase subunit Z  23.67 
 
 
469 aa  60.8  0.00000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1146  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.33 
 
 
455 aa  60.5  0.00000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.101192  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0680  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  22.78 
 
 
455 aa  59.7  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0162365  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1954  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  22.4 
 
 
453 aa  60.1  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.396368  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2959  chlorophyllide reductase subunit Z  35.14 
 
 
488 aa  60.1  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.123576 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3491  bifunctional nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE/NifN  22.03 
 
 
919 aa  59.7  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1199  nitrogenase component I, alpha chain  21.13 
 
 
476 aa  59.3  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0558  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  22.38 
 
 
541 aa  58.9  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000289733  normal  0.238141 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0793  nitrogenase  22.8 
 
 
466 aa  58.9  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3699  chlorophyllide reductase subunit Z  34.31 
 
 
487 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.166207  hitchhiker  0.00421596 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1566  nitrogenase  21.66 
 
 
447 aa  58.9  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2817  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.61 
 
 
463 aa  58.9  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0403  oxidoreductase/nitrogenase component 1  26.05 
 
 
430 aa  58.5  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.455367 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2054  chlorophyllide reductase subunit Z  32.69 
 
 
485 aa  58.5  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126422 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2608  Nitrogenase  21.69 
 
 
459 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00388329  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>