More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1566 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1566  nitrogenase  100 
 
 
447 aa  922    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2591  Nitrogenase  42.98 
 
 
463 aa  363  4e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160092  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0793  nitrogenase  42.19 
 
 
466 aa  361  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2909  Nitrogenase  41.43 
 
 
460 aa  353  5e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2608  Nitrogenase  39.69 
 
 
459 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00388329  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0772  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  40 
 
 
441 aa  323  3e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2010  nitrogenase  36.2 
 
 
448 aa  263  4.999999999999999e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.696694  normal  0.320293 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1354  Nitrogenase  34.07 
 
 
444 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00134984  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1997  nitrogenase  32.51 
 
 
452 aa  248  1e-64  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0094  Nitrogenase  34.01 
 
 
450 aa  244  3e-63  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.062022 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2003  nitrogenase  31.92 
 
 
450 aa  231  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.577427  normal  0.745673 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2888  oxidoreductase/nitrogenase component 1  30.98 
 
 
415 aa  195  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0772  nitrogenase  29.73 
 
 
451 aa  168  2e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.291295  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0664  nitrogenase  22.39 
 
 
458 aa  101  3e-20  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.683559  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0104  nitrogenase  21.95 
 
 
458 aa  100  5e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.294919  normal  0.143181 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1797  nitrogenase  22.17 
 
 
458 aa  99.8  8e-20  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561613  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6223  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.34 
 
 
513 aa  87.8  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0059  nitrogenase  20.83 
 
 
458 aa  87.8  4e-16  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.148206  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3994  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.51 
 
 
512 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0403  oxidoreductase/nitrogenase component 1  22.96 
 
 
430 aa  86.3  9e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.455367 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0093  Nitrogenase  25.08 
 
 
511 aa  86.7  9e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.061617 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1146  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  24.3 
 
 
455 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.101192  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1154  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit  23.21 
 
 
461 aa  85.5  0.000000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.813541  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0740  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.98 
 
 
459 aa  85.5  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01400  Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.63 
 
 
523 aa  84.7  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7755  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.52 
 
 
519 aa  85.1  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0662  nitrogenase  23.52 
 
 
462 aa  84.7  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.341539  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6879  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.84 
 
 
518 aa  83.6  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.640197  normal  0.320804 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1248  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.98 
 
 
485 aa  83.2  0.000000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.36292  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1614  oxidoreductase/nitrogenase component 1  22.78 
 
 
425 aa  82.4  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1012  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.39 
 
 
510 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245367  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0102  nitrogenase  23.94 
 
 
462 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0981911  normal  0.153494 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2004  nitrogenase  26.87 
 
 
515 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.811675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3536  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.46 
 
 
512 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0272  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.13 
 
 
523 aa  81.3  0.00000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.322626  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4932  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.08 
 
 
510 aa  80.9  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0508  nitrogenase  22.45 
 
 
402 aa  80.5  0.00000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4486  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.74 
 
 
518 aa  79.7  0.0000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1799  nitrogenase  23.53 
 
 
462 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1953  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.93 
 
 
460 aa  79.3  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.119434  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5054  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.51 
 
 
513 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  20.83 
 
 
466 aa  77.8  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0681  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.04 
 
 
459 aa  77.8  0.0000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.746204  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1430  nitrogenase  22.92 
 
 
472 aa  77.4  0.0000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2273  nitrogenase associated protein N  21.69 
 
 
446 aa  77  0.0000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1568  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.03 
 
 
511 aa  77  0.0000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.511918  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1755  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.58 
 
 
460 aa  77  0.0000000000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.077468  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2009  nitrogenase  25.5 
 
 
516 aa  76.6  0.0000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0918882  normal  0.238149 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1631  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.83 
 
 
460 aa  76.3  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000877058  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2118  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.07 
 
 
511 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0200867 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0090  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.75 
 
 
519 aa  75.9  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0475  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.14 
 
 
520 aa  75.9  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1248  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.03 
 
 
506 aa  75.9  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.836121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2343  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.22 
 
 
519 aa  75.5  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.303723  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0539  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.33 
 
 
506 aa  74.7  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2190  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.33 
 
 
516 aa  74.7  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0387614  normal  0.12949 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1027  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  20.94 
 
 
461 aa  73.9  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.975928  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0147  nitrogenase  23.11 
 
 
490 aa  73.9  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1532  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.72 
 
 
459 aa  73.9  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5923  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, nifK  23.08 
 
 
519 aa  73.2  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2702  nitrogenase-related protein  23.89 
 
 
431 aa  72.4  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00973436  normal  0.117239 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2817  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.02 
 
 
463 aa  72.4  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4028  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  25 
 
 
509 aa  72  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.764483 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0231  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.74 
 
 
519 aa  71.2  0.00000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.819432  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0061  nitrogenase  24.29 
 
 
462 aa  71.6  0.00000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3812  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  22.49 
 
 
508 aa  71.6  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0124586 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0648  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.01 
 
 
489 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1615  oxidoreductase/nitrogenase component 1  21.28 
 
 
448 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2607  Nitrogenase  27.08 
 
 
501 aa  70.9  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0234589  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0216  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.73 
 
 
525 aa  70.5  0.00000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1815  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.34 
 
 
511 aa  70.5  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.994927  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1787  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.34 
 
 
511 aa  70.5  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2076  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.26 
 
 
487 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1413  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.85 
 
 
522 aa  69.3  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.079976 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0103  nitrogenase MoFe cofactor biosynthesis protein NifE  25.78 
 
 
480 aa  68.9  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.21101  normal  0.23619 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0970  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  25.63 
 
 
487 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.659095  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4461  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.54 
 
 
518 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3469  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.17 
 
 
487 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5100  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  25.18 
 
 
487 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3205  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.55 
 
 
489 aa  68.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1074  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  25.81 
 
 
487 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.811234  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2143  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.96 
 
 
487 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.305963 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5053  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  24.61 
 
 
509 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3028  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.96 
 
 
489 aa  67.8  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1998  nitrogenase  23.13 
 
 
512 aa  67.8  0.0000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3630  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.67 
 
 
519 aa  67.8  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.154092 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1015  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.25 
 
 
458 aa  67.4  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.502201  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0557  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.95 
 
 
455 aa  67.4  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0151336  normal  0.228475 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1814  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  24.29 
 
 
476 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6224  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  26.21 
 
 
500 aa  67  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1786  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  24.29 
 
 
476 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4931  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  24.54 
 
 
503 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4138  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.44 
 
 
512 aa  67  0.0000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.453924  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0664  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.96 
 
 
489 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.862296 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2819  nitrogenase molybdenum-iron protein, beta subunit  21.66 
 
 
489 aa  66.2  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1551  nitrogenase, subunit K  22.65 
 
 
462 aa  65.9  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2276  nitrogenase, subunit beta  21.18 
 
 
461 aa  66.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.665587  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1026  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  23.47 
 
 
545 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4040  nitrogenase  25.42 
 
 
475 aa  66.2  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.342277  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0273  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  24.38 
 
 
488 aa  66.2  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.280105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>