245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3535 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_5360  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  63.33 
 
 		 530 aa  682    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0246686  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1874  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  59.29 
 
 		 525 aa  643    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  63.64 
 
 		 531 aa  689    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.0343 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0286  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  73.58 
 
 		 534 aa  828    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1731  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  66.05 
 
 		 540 aa  725    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1620  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  59.05 
 
 		 541 aa  642    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.374988  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0622  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  64.53 
 
 		 546 aa  712    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3980  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  66.97 
 
 		 541 aa  721    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.129659 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0160  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  77.27 
 
 		 519 aa  854    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1314  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  66.91 
 
 		 530 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2041  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  61.75 
 
 		 508 aa  667    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133297 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05461  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  58.58 
 
 		 531 aa  642    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.121172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3735  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  65.87 
 
 		 535 aa  715    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  hitchhiker  0.00212976 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1847  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  64.25 
 
 		 532 aa  681    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.756784  normal  0.0103216 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1636  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  60.37 
 
 		 526 aa  654    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05991  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  59.67 
 
 		 525 aa  647    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.694309 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1929  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  73.58 
 
 		 534 aa  828    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.86894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3535  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  100 
 
 		 528 aa  1090    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6416  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  64.38 
 
 		 517 aa  692    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3719  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  62.55 
 
 		 506 aa  657    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38806  hitchhiker  0.00209828 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1009  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  78.41 
 
 		 522 aa  853    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5282  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  63.93 
 
 		 531 aa  689    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0746  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  59.96 
 
 		 524 aa  620  1e-176  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  58.35 
 
 		 536 aa  620  1e-176  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0544  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  57.27 
 
 		 525 aa  613  9.999999999999999e-175  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.846124  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06001  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  56.27 
 
 		 523 aa  612  9.999999999999999e-175  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06081  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  56.7 
 
 		 526 aa  611  1e-173  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05701  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  55.99 
 
 		 523 aa  605  9.999999999999999e-173  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2193  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.66 
 
 		 535 aa  320  3e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3666  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.36 
 
 		 507 aa  318  1e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3531  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.05 
 
 		 508 aa  318  2e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1838  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.05 
 
 		 508 aa  315  9e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0579609 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2028  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.28 
 
 		 533 aa  313  2.9999999999999996e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0312494 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0359  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.07 
 
 		 508 aa  311  1e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3466  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.23 
 
 		 508 aa  308  1.0000000000000001e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3812  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.46 
 
 		 508 aa  307  3e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0124586 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3204  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.52 
 
 		 508 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1909  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.33 
 
 		 568 aa  305  1.0000000000000001e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3480  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.36 
 
 		 544 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1537  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.8 
 
 		 563 aa  301  1e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.61403  hitchhiker  0.000999524 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2892  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.15 
 
 		 508 aa  300  4e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2259  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.82 
 
 		 532 aa  296  6e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0202081  normal  0.326054 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0325  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.44 
 
 		 535 aa  295  1e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00842285  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2387  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.07 
 
 		 535 aa  292  1e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1814  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.87 
 
 		 540 aa  289  1e-76  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0216  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.17 
 
 		 525 aa  271  2e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0604  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.53 
 
 		 480 aa  147  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0102  nitrogenase  27.15 
 
 		 462 aa  93.6  8e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0981911  normal  0.153494 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1799  nitrogenase  27.15 
 
 		 462 aa  93.2  9e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0662  nitrogenase  27.15 
 
 		 462 aa  93.2  1e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.341539  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0061  nitrogenase  25.75 
 
 		 462 aa  91.3  4e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0508  nitrogenase  22.95 
 
 		 402 aa  85.1  0.000000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1430  nitrogenase  25 
 
 		 472 aa  82.8  0.00000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1614  oxidoreductase/nitrogenase component 1  19.52 
 
 		 425 aa  83.2  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1198  nitrogenase  24.47 
 
 		 475 aa  79  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.403437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1955  Nitrogenase  24.25 
 
 		 450 aa  75.9  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0171503  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0165  nitrogenase associated protein N  23.22 
 
 		 477 aa  74.3  0.000000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0147  nitrogenase  24.2 
 
 		 490 aa  73.9  0.000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01400  Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.91 
 
 		 523 aa  73.9  0.000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4681  nitrogenase  27.64 
 
 		 462 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0664  nitrogenase  23.56 
 
 		 458 aa  73.2  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.683559  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0059  nitrogenase  22.42 
 
 		 458 aa  72.4  0.00000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.148206  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1787  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  25.4 
 
 		 511 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1815  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  25.4 
 
 		 511 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.994927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3999  chlorophyllide reductase subunit Z  23.93 
 
 		 483 aa  71.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.464812  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1797  nitrogenase  23.63 
 
 		 458 aa  70.9  0.00000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.561613  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1517  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  23.93 
 
 		 463 aa  70.5  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.302679  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1235  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  23.93 
 
 		 463 aa  70.5  0.00000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336463 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48970  Fe-only nitrogenase, beta subunit  27.49 
 
 		 462 aa  69.7  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3094  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  24.01 
 
 		 461 aa  69.7  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1817  oxidoreductase/nitrogenase component 1  28.98 
 
 		 410 aa  69.7  0.0000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1712  chlorophyllide reductase subunit Z  24.11 
 
 		 482 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1012  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  25.2 
 
 		 510 aa  68.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.245367  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3754  chlorophyllide reductase subunit Z  27.3 
 
 		 483 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2054  chlorophyllide reductase subunit Z  23.08 
 
 		 485 aa  69.3  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126422 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3930  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.75 
 
 		 512 aa  68.2  0.0000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.39743  normal  0.0737899 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0236  oxidoreductase/nitrogenase component 1  24.72 
 
 		 348 aa  66.6  0.0000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.690347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0104  nitrogenase  23.64 
 
 		 458 aa  65.5  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.294919  normal  0.143181 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1051  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  25.06 
 
 		 472 aa  65.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0272  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.71 
 
 		 523 aa  65.5  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.322626  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2854  chlorophyllide reductase subunit Z  23.75 
 
 		 488 aa  65.9  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4040  nitrogenase  23.94 
 
 		 475 aa  65.5  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.342277  hitchhiker  0.00949178 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1413  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.35 
 
 		 522 aa  64.7  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.079976 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0167  nitrogenase, subunit beta  24.58 
 
 		 456 aa  64.3  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1295  chlorophyllide reductase subunit Z  26.39 
 
 		 482 aa  64.3  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2959  chlorophyllide reductase subunit Z  23.57 
 
 		 488 aa  64.3  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.123576 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1146  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  22.83 
 
 		 455 aa  64.3  0.000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.101192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1938  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  24.9 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1998  nitrogenase  27.27 
 
 		 512 aa  63.2  0.00000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2732  chlorophyllide reductase subunit Z  23.57 
 
 		 488 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0539  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  24 
 
 		 506 aa  62  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2978  chlorophyllide reductase subunit Z  22.95 
 
 		 480 aa  62  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1470  nitrogenase molybdenum-cofactor biosynthesis protein NifE  24.2 
 
 		 493 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.500656  decreased coverage  0.000161432 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2190  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  24 
 
 		 516 aa  62  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0387614  normal  0.12949 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3699  chlorophyllide reductase subunit Z  25.27 
 
 		 487 aa  62  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.166207  hitchhiker  0.00421596 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2274  nitrogenase associated protein E  23.58 
 
 		 509 aa  61.6  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.204105 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3519  bacteriachlorophyllide reductase iron protein subunit Z  23.45 
 
 		 488 aa  61.6  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.111024 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0403  oxidoreductase/nitrogenase component 1  24.22 
 
 		 430 aa  61.6  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.455367 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2276  nitrogenase, subunit beta  23.45 
 
 		 461 aa  60.8  0.00000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.665587  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0493  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  21.94 
 
 		 522 aa  60.8  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>