202 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3735 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3535  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  65.68 
 
 		 528 aa  724    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2041  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  67.1 
 
 		 508 aa  726    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133297 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1874  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  61.9 
 
 		 525 aa  674    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5360  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  68.9 
 
 		 530 aa  739    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0246686  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0286  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  65.51 
 
 		 534 aa  725    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1847  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  69.46 
 
 		 532 aa  740    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.756784  normal  0.0103216 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1620  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  61.69 
 
 		 541 aa  669    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.374988  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  69.57 
 
 		 531 aa  758    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.0343 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0746  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  61.94 
 
 		 524 aa  650    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0622  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  68.61 
 
 		 546 aa  763    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1731  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  84.78 
 
 		 540 aa  946    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3980  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  90.98 
 
 		 541 aa  976    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.129659 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0160  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  64.86 
 
 		 519 aa  706    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1314  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  83.93 
 
 		 530 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3735  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  100 
 
 		 535 aa  1093    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  hitchhiker  0.00212976 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05461  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  60.67 
 
 		 531 aa  670    Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.121172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1636  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  64.93 
 
 		 526 aa  699    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05991  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  62.08 
 
 		 525 aa  676    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.694309 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  62.68 
 
 		 536 aa  660    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1929  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  65.51 
 
 		 534 aa  725    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.86894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5282  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  68.21 
 
 		 531 aa  743    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1009  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  68.03 
 
 		 522 aa  741    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6416  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  70.84 
 
 		 517 aa  780    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3719  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  68.04 
 
 		 506 aa  710    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38806  hitchhiker  0.00209828 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06081  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  58.29 
 
 		 526 aa  632  1e-180  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0544  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  59.22 
 
 		 525 aa  630  1e-179  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.846124  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06001  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  59.14 
 
 		 523 aa  630  1e-179  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05701  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  59.22 
 
 		 523 aa  625  1e-178  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3666  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  35.56 
 
 		 507 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1838  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.87 
 
 		 508 aa  327  3e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0579609 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1909  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.03 
 
 		 568 aa  326  6e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0359  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.58 
 
 		 508 aa  323  6e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2028  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.55 
 
 		 533 aa  318  2e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0312494 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3531  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.13 
 
 		 508 aa  317  2e-85  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1537  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.8 
 
 		 563 aa  317  4e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.61403  hitchhiker  0.000999524 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3204  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.39 
 
 		 508 aa  316  6e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3480  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  36.66 
 
 		 544 aa  316  6e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2892  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.58 
 
 		 508 aa  315  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3466  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.5 
 
 		 508 aa  313  3.9999999999999997e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3812  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.78 
 
 		 508 aa  308  2.0000000000000002e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0124586 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2259  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.7 
 
 		 532 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0202081  normal  0.326054 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2193  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.11 
 
 		 535 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0325  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  34.3 
 
 		 535 aa  292  1e-77  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00842285  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2387  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.68 
 
 		 535 aa  286  5.999999999999999e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0216  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  33.88 
 
 		 525 aa  284  3.0000000000000004e-75  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1814  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  32.85 
 
 		 540 aa  283  7.000000000000001e-75  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0604  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  28.47 
 
 		 480 aa  166  8e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1614  oxidoreductase/nitrogenase component 1  23.36 
 
 		 425 aa  94.4  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3699  chlorophyllide reductase subunit Z  25.81 
 
 		 487 aa  94  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.166207  hitchhiker  0.00421596 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1295  chlorophyllide reductase subunit Z  25.83 
 
 		 482 aa  94  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3999  chlorophyllide reductase subunit Z  25.06 
 
 		 483 aa  93.2  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.464812  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0177  chlorophyllide reductase subunit Z  25.06 
 
 		 494 aa  92.8  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0508  nitrogenase  22.14 
 
 		 402 aa  92.4  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2854  chlorophyllide reductase subunit Z  26.43 
 
 		 488 aa  90.1  8e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3754  chlorophyllide reductase subunit Z  25.4 
 
 		 483 aa  90.1  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3519  bacteriachlorophyllide reductase iron protein subunit Z  25.38 
 
 		 488 aa  90.5  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.111024 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2816  chlorophyllide reductase subunit Z  25.95 
 
 		 488 aa  90.1  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14348  normal  0.423388 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1712  chlorophyllide reductase subunit Z  24.19 
 
 		 482 aa  89  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2732  chlorophyllide reductase subunit Z  26.43 
 
 		 488 aa  89  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2959  chlorophyllide reductase subunit Z  26.43 
 
 		 488 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.123576 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0236  oxidoreductase/nitrogenase component 1  25.81 
 
 		 348 aa  87.4  6e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.690347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0662  nitrogenase  25.06 
 
 		 462 aa  86.7  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.341539  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2054  chlorophyllide reductase subunit Z  24.73 
 
 		 485 aa  86.3  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126422 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1799  nitrogenase  25 
 
 		 462 aa  85.9  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0102  nitrogenase  25 
 
 		 462 aa  85.5  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0981911  normal  0.153494 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1430  nitrogenase  25.06 
 
 		 472 aa  84.7  0.000000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6435  bacteriochlorophyllide reductase Z subunit  24.62 
 
 		 483 aa  84.3  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0061  nitrogenase  24.03 
 
 		 462 aa  79.3  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2978  chlorophyllide reductase subunit Z  24.22 
 
 		 480 aa  77.4  0.0000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  21.75 
 
 		 466 aa  75.5  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1904  chlorophyllide reductase subunit Z  32.16 
 
 		 491 aa  75.1  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.481662  normal  0.157092 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2034  chlorophyllide reductase subunit Z  27.46 
 
 		 491 aa  74.7  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0842  Nitrogenase  26.88 
 
 		 450 aa  74.3  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0260  putative chlorophyllide reductase, BchZ subunit  31.58 
 
 		 491 aa  73.6  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1938  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  26.64 
 
 		 355 aa  72.8  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0403  oxidoreductase/nitrogenase component 1  29.1 
 
 		 430 aa  72.4  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.455367 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1608  chlorophyllide reductase subunit Z  22.99 
 
 		 509 aa  68.9  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3256  chlorophyllide reductase subunit Z  33.15 
 
 		 493 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00694846 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0165  nitrogenase associated protein N  21.41 
 
 		 477 aa  68.2  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2608  Nitrogenase  26.3 
 
 		 459 aa  66.6  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00388329  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1026  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  25.44 
 
 		 545 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0557  nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain  23.44 
 
 		 455 aa  65.1  0.000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0151336  normal  0.228475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0794  nitrogenase  26.36 
 
 		 511 aa  65.1  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3743  chlorophyllide reductase subunit Z  24.11 
 
 		 493 aa  65.1  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000151038 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0793  nitrogenase  25.63 
 
 		 466 aa  63.5  0.000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0059  nitrogenase  20.82 
 
 		 458 aa  62.4  0.00000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.148206  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2082  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  25.37 
 
 		 347 aa  62  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2591  Nitrogenase  28.83 
 
 		 463 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160092  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1354  Nitrogenase  23.33 
 
 		 444 aa  61.6  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00134984  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2607  Nitrogenase  27.16 
 
 		 501 aa  60.8  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0234589  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1427  nitrogenase  21.1 
 
 		 469 aa  60.5  0.00000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1355  Nitrogenase  23.64 
 
 		 505 aa  60.1  0.00000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2276  nitrogenase, subunit beta  22.62 
 
 		 461 aa  60.1  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.665587  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2818  nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain  24.73 
 
 		 539 aa  60.1  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.365321  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2909  Nitrogenase  22.79 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0164  hypothetical protein  24.82 
 
 		 339 aa  59.3  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0661  nitrogenase alpha chain  24.85 
 
 		 476 aa  59.3  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.949804  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2273  nitrogenase associated protein N  21.77 
 
 		 446 aa  58.5  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2702  nitrogenase-related protein  25 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00973436  normal  0.117239 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0147  nitrogenase  20.8 
 
 		 490 aa  58.9  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>