110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3999 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0260  putative chlorophyllide reductase, BchZ subunit  67.71 
 
 		 491 aa  668    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2978  chlorophyllide reductase subunit Z  75 
 
 		 480 aa  751    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3999  chlorophyllide reductase subunit Z  100 
 
 		 483 aa  989    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.464812  hitchhiker  0.00738947 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0177  chlorophyllide reductase subunit Z  69.07 
 
 		 494 aa  695    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1295  chlorophyllide reductase subunit Z  90.25 
 
 		 482 aa  900    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3754  chlorophyllide reductase subunit Z  96.27 
 
 		 483 aa  961    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589159 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1608  chlorophyllide reductase subunit Z  69.78 
 
 		 509 aa  708    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1904  chlorophyllide reductase subunit Z  67.5 
 
 		 491 aa  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.481662  normal  0.157092 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2034  chlorophyllide reductase subunit Z  67.92 
 
 		 491 aa  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.268494 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6435  bacteriochlorophyllide reductase Z subunit  78.17 
 
 		 483 aa  799    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.786393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3519  bacteriachlorophyllide reductase iron protein subunit Z  71.64 
 
 		 488 aa  704    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.111024 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2732  chlorophyllide reductase subunit Z  77.37 
 
 		 488 aa  771    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2816  chlorophyllide reductase subunit Z  78.4 
 
 		 488 aa  755    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.14348  normal  0.423388 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3699  chlorophyllide reductase subunit Z  79.7 
 
 		 487 aa  789    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.166207  hitchhiker  0.00421596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2854  chlorophyllide reductase subunit Z  78.32 
 
 		 488 aa  756    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1712  chlorophyllide reductase subunit Z  93.17 
 
 		 482 aa  927    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2054  chlorophyllide reductase subunit Z  77.64 
 
 		 485 aa  789    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0126422 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2959  chlorophyllide reductase subunit Z  79.17 
 
 		 488 aa  766    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.123576 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3256  chlorophyllide reductase subunit Z  41.73 
 
 		 493 aa  361  1e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00694846 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3743  chlorophyllide reductase subunit Z  41.13 
 
 		 493 aa  355  7.999999999999999e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000151038 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2500  chlorophyllide reductase subunit Z  38.88 
 
 		 469 aa  351  2e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0177  chlorophyllide reductase subunit Z  41.47 
 
 		 468 aa  350  2e-95  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0851  chlorophyllide reductase subunit Z  41.3 
 
 		 493 aa  342  7e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00549555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1716  chlorophyllide reductase subunit Z  40.04 
 
 		 468 aa  341  1e-92  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0157  chlorophyllide reductase subunit Z  39.25 
 
 		 469 aa  342  1e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0173  chlorophyllide reductase subunit Z  39.12 
 
 		 469 aa  339  5e-92  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0168  chlorophyllide reductase subunit Z  38.85 
 
 		 469 aa  336  7e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0124  chlorophyllide reductase subunit Z  39.46 
 
 		 469 aa  326  5e-88  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.957131  normal  0.717478 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0359  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.63 
 
 		 508 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1874  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.95 
 
 		 525 aa  100  6e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05991  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.95 
 
 		 525 aa  100  7e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.694309 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4815  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.51 
 
 		 531 aa  99.8  9e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.427716  normal  0.0343 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3204  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  27.14 
 
 		 508 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5282  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.67 
 
 		 531 aa  99  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2892  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.38 
 
 		 508 aa  97.4  6e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3812  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.88 
 
 		 508 aa  96.3  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0124586 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05461  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.71 
 
 		 531 aa  96.3  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.121172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1838  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.25 
 
 		 508 aa  95.5  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0579609 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1636  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  30.04 
 
 		 526 aa  95.1  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3531  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.26 
 
 		 508 aa  95.9  2e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1847  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.9 
 
 		 532 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.756784  normal  0.0103216 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5360  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.93 
 
 		 530 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0246686  normal  0.191395 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3735  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.06 
 
 		 535 aa  93.6  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.334168  hitchhiker  0.00212976 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3719  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  27.48 
 
 		 506 aa  92.4  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.38806  hitchhiker  0.00209828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3980  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.91 
 
 		 541 aa  88.2  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.129659 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3466  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.24 
 
 		 508 aa  87.4  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0544  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  22.31 
 
 		 525 aa  87  6e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.846124  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3666  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.94 
 
 		 507 aa  86.7  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_06081  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.6 
 
 		 526 aa  86.7  9e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0622  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.71 
 
 		 546 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1731  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  27.21 
 
 		 540 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05701  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.77 
 
 		 523 aa  85.1  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0746  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.22 
 
 		 524 aa  83.6  0.000000000000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_06001  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.44 
 
 		 523 aa  83.2  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1620  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.2 
 
 		 541 aa  81.6  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.374988  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0160  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.65 
 
 		 519 aa  81.6  0.00000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1314  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.6 
 
 		 530 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3480  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  28.83 
 
 		 544 aa  80.9  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0286  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  29.62 
 
 		 534 aa  79  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1929  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  29.62 
 
 		 534 aa  79  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.86894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1009  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  27.53 
 
 		 522 aa  74.3  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2387  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25.78 
 
 		 535 aa  73.9  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07941  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  30.19 
 
 		 536 aa  73.9  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0216  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.04 
 
 		 525 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1814  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.11 
 
 		 540 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3535  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.05 
 
 		 528 aa  71.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2259  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  25 
 
 		 532 aa  71.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0202081  normal  0.326054 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1909  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  28.02 
 
 		 568 aa  70.9  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000998915 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2028  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.09 
 
 		 533 aa  70.9  0.00000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0312494 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2193  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.28 
 
 		 535 aa  70.5  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2041  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  26.16 
 
 		 508 aa  70.5  0.00000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.133297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6416  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  23.02 
 
 		 517 aa  69.7  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0508  nitrogenase  24.11 
 
 		 402 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0325  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  24.44 
 
 		 535 aa  68.2  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00842285  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2082  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  27.64 
 
 		 347 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1537  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  29.09 
 
 		 563 aa  67  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.61403  hitchhiker  0.000999524 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2608  Nitrogenase  30 
 
 		 459 aa  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00388329  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0793  nitrogenase  25.75 
 
 		 466 aa  64.3  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2909  Nitrogenase  25.86 
 
 		 460 aa  63.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1354  Nitrogenase  27.43 
 
 		 444 aa  62.8  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00134984  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2702  nitrogenase-related protein  24.06 
 
 		 431 aa  62.4  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00973436  normal  0.117239 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0236  oxidoreductase/nitrogenase component 1  33.91 
 
 		 348 aa  62.4  0.00000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.690347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1938  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  36.94 
 
 		 355 aa  59.3  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2591  Nitrogenase  26.55 
 
 		 463 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.160092  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0604  light-independent protochlorophyllide reductase subunit B  27.38 
 
 		 480 aa  58.2  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1817  oxidoreductase/nitrogenase component 1  27.44 
 
 		 410 aa  57  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4028  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  24.82 
 
 		 509 aa  57  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.764483 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2274  nitrogenase associated protein E  23.57 
 
 		 509 aa  51.6  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.204105 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1614  oxidoreductase/nitrogenase component 1  21.05 
 
 		 425 aa  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0403  oxidoreductase/nitrogenase component 1  29.31 
 
 		 430 aa  49.3  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.455367 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2003  nitrogenase  26.79 
 
 		 450 aa  50.1  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.577427  normal  0.745673 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2004  nitrogenase  24.38 
 
 		 515 aa  49.3  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.811675 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1566  nitrogenase  22.61 
 
 		 447 aa  48.9  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0104  nitrogenase  23.27 
 
 		 458 aa  49.3  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.294919  normal  0.143181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1392  nitrogenase  23.73 
 
 		 462 aa  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.392625  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4029  oxidoreductase/nitrogenase, component 1  23.05 
 
 		 466 aa  47.8  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1615  oxidoreductase/nitrogenase component 1  22.63 
 
 		 448 aa  48.1  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2273  nitrogenase associated protein N  20.94 
 
 		 446 aa  47.4  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.1891 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0061  nitrogenase  21.91 
 
 		 462 aa  47  0.0008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4681  nitrogenase  22.43 
 
 		 462 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>