More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2192 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2192  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 277 aa  568  1e-161  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  71.38 
 
 		 277 aa  401  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 315 aa  243  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  46.47 
 
 		 301 aa  241  9e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2096  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 308 aa  236  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  46.49 
 
 		 279 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  41.8 
 
 		 271 aa  197  1.0000000000000001e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  41.18 
 
 		 270 aa  176  4e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 284 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  41.24 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 		 298 aa  155  6e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 289 aa  155  9e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 288 aa  151  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.98 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 275 aa  148  8e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.51 
 
 		 290 aa  146  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  36.75 
 
 		 289 aa  145  7.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  35.51 
 
 		 277 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 277 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.02 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.18 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.34 
 
 		 273 aa  143  3e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 286 aa  143  3e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 277 aa  142  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 277 aa  142  6e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.91 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 277 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  36.68 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 287 aa  139  4.999999999999999e-32  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 279 aa  138  7.999999999999999e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  31.83 
 
 		 298 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.23 
 
 		 277 aa  135  5e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  34.91 
 
 		 283 aa  135  7.000000000000001e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  34.35 
 
 		 286 aa  133  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  31.76 
 
 		 273 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.23 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 		 289 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 311 aa  132  5e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  35.43 
 
 		 280 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  31.3 
 
 		 289 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  32.82 
 
 		 292 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.36 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  33.09 
 
 		 517 aa  126  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  31.12 
 
 		 278 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  38.49 
 
 		 457 aa  125  5e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  29.74 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  32.65 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  32.23 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  30.16 
 
 		 288 aa  124  1e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  31.69 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 		 279 aa  123  3e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 		 284 aa  123  4e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 283 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 280 aa  122  5e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 269 aa  122  7e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  26.71 
 
 		 271 aa  122  7e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  36.43 
 
 		 613 aa  122  8e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.17 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 		 286 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 278 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  33.68 
 
 		 286 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  26.35 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.91 
 
 		 276 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  28.1 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  30.85 
 
 		 283 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 278 aa  119  4.9999999999999996e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  26.67 
 
 		 283 aa  119  7e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  32.4 
 
 		 282 aa  119  7.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 284 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  32.37 
 
 		 296 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 		 269 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 279 aa  116  5e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.5 
 
 		 289 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  35.57 
 
 		 276 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  32.55 
 
 		 282 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1652  hypothetical protein  35.69 
 
 		 473 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00124545 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 280 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  36.3 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  30.1 
 
 		 288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>