More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4270 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_4270  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 321 aa  622  1e-177  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0190021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3401  LysR family transcriptional regulator  54.39 
 
 		 309 aa  274  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.185395  normal  0.444689 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1423  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.174338  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2544  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0984343  normal  0.803064 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 287 aa  125  1e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 291 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 302 aa  110  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 288 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  31.63 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 298 aa  100  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 324 aa  99.4  8e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 302 aa  99.4  8e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  99.4  8e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 308 aa  98.2  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 302 aa  97.4  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 306 aa  97.1  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 304 aa  95.9  9e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  32.95 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 288 aa  94.4  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  30.07 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 311 aa  92.8  7e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 300 aa  92.4  9e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 305 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 315 aa  92.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 309 aa  92  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  92.4  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  30.28 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 298 aa  91.3  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 338 aa  90.5  4e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  29.66 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00330  transcriptional regulator  30.29 
 
 		 304 aa  90.1  5e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.531846 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 300 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 331 aa  89.4  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 314 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0043  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  30.31 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  33.46 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  29.34 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1352  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000043904 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 312 aa  85.5  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 283 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 308 aa  85.5  0.000000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3886  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 327 aa  85.5  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1309  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.120853  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0450  LysR substrate-binding protein  29.93 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  30.28 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 301 aa  80.1  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2782  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 294 aa  78.6  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  25.82 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  22.81 
 
 		 300 aa  78.2  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1027  transcriptional regulator, LysR family  28.08 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 315 aa  77  0.0000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  27.06 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 333 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 303 aa  73.9  0.000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 292 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5452  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2187  LysR substrate-binding protein  28.57 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.152577  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6287  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 304 aa  71.6  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180689  normal  0.0617503 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1193  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 347 aa  71.6  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00073439 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 305 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>