192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_0178 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_0178  Pyridoxal-dependent decarboxylase  100 
 
 
462 aa  906    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  55.32 
 
 
463 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  55.09 
 
 
463 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  55.09 
 
 
463 aa  389  1e-107  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  51.55 
 
 
482 aa  374  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3740  Pyridoxal-dependent decarboxylase  50.67 
 
 
455 aa  343  5.999999999999999e-93  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0339785 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2377  pyridoxal-dependent decarboxylase  52.97 
 
 
518 aa  340  2e-92  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.873986 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1421  Pyridoxal-dependent decarboxylase  47.87 
 
 
463 aa  330  2e-89  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000571165 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  45.1 
 
 
467 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.76 
 
 
474 aa  328  1.0000000000000001e-88  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4172  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.33 
 
 
450 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4823  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.33 
 
 
450 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3343  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.33 
 
 
450 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.748078  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3871  pyridoxal-dependent decarboxylase  39.53 
 
 
480 aa  323  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2867  pyridoxal-dependent decarboxylase  50 
 
 
529 aa  323  4e-87  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.121962  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5130  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.84 
 
 
450 aa  323  4e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.768223 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.88 
 
 
471 aa  322  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3271  pyridoxal-dependent decarboxylase  46.62 
 
 
450 aa  322  8e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  45.93 
 
 
483 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4423  pyridoxal-dependent decarboxylase  42.86 
 
 
473 aa  313  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.904496 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  44.31 
 
 
450 aa  306  6e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2911  pyridoxal-dependent decarboxylase  47.09 
 
 
450 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0411  Pyridoxal-dependent decarboxylase  41.11 
 
 
450 aa  296  6e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2389  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6911  Pyridoxal-dependent decarboxylase  46.15 
 
 
451 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.414893 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2955  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  45.22 
 
 
450 aa  294  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.19 
 
 
517 aa  231  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  34.84 
 
 
466 aa  208  1e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  35.14 
 
 
460 aa  205  2e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.19 
 
 
466 aa  199  7.999999999999999e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2413  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34.86 
 
 
459 aa  199  1.0000000000000001e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.190091 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  36.15 
 
 
474 aa  197  3e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  33.91 
 
 
471 aa  186  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0060  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.41 
 
 
465 aa  182  8.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.474391 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  34 
 
 
470 aa  178  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1181  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.9 
 
 
464 aa  172  9e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.823264 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.96 
 
 
489 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1514  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.71 
 
 
467 aa  171  2e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  33.55 
 
 
502 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.42 
 
 
486 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  31.75 
 
 
510 aa  167  4e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.64 
 
 
486 aa  162  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  32.9 
 
 
486 aa  158  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.87 
 
 
497 aa  158  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  29.67 
 
 
491 aa  157  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  31.88 
 
 
480 aa  154  4e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.69 
 
 
476 aa  154  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.55 
 
 
492 aa  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.02 
 
 
464 aa  153  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.63 
 
 
486 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.66 
 
 
474 aa  150  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.77 
 
 
529 aa  149  7e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.43 
 
 
470 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.86 
 
 
470 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.94 
 
 
466 aa  146  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.17 
 
 
486 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  31.07 
 
 
484 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  25.17 
 
 
486 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.41 
 
 
478 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.48 
 
 
474 aa  143  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.19 
 
 
470 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.24 
 
 
483 aa  142  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.45 
 
 
480 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.76 
 
 
479 aa  140  4.999999999999999e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  26.59 
 
 
478 aa  140  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.35 
 
 
477 aa  140  7e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.38 
 
 
475 aa  138  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.58 
 
 
490 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.67 
 
 
495 aa  136  7.000000000000001e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.04 
 
 
517 aa  133  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.64 
 
 
471 aa  133  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02091  tyrosine decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G04980)  30.96 
 
 
508 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.19 
 
 
470 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.73 
 
 
484 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.7 
 
 
488 aa  131  2.0000000000000002e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.52 
 
 
495 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.01 
 
 
579 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  27.31 
 
 
471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.3 
 
 
484 aa  127  3e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.64 
 
 
492 aa  127  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.09 
 
 
471 aa  127  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.3 
 
 
484 aa  127  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  24.3 
 
 
484 aa  127  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  27.09 
 
 
471 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.81 
 
 
530 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.22 
 
 
476 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.57 
 
 
515 aa  118  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  25.34 
 
 
515 aa  117  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.11 
 
 
515 aa  116  7.999999999999999e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.02 
 
 
492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.52 
 
 
488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0076  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.63 
 
 
458 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  23.73 
 
 
479 aa  114  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  28.66 
 
 
462 aa  114  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6535  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.91 
 
 
474 aa  113  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.240801 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16491  pyridoxal-dependent decarboxylase family protein  28.77 
 
 
470 aa  113  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.360036 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  29.93 
 
 
511 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  23.62 
 
 
479 aa  112  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1807  Pyridoxal-dependent decarboxylase  32.55 
 
 
789 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.0000170312  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  24.71 
 
 
496 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  23.86 
 
 
494 aa  103  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>