More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1184 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 273 aa  551  1e-156  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  50.75 
 
 		 279 aa  258  7e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  42.37 
 
 		 284 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.4 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.4 
 
 		 298 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 280 aa  187  1e-46  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 278 aa  181  8.000000000000001e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 		 269 aa  181  1e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.23 
 
 		 283 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 286 aa  178  7e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  36.36 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  42.17 
 
 		 269 aa  175  9e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 		 280 aa  172  3.9999999999999995e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.61 
 
 		 286 aa  171  9e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 291 aa  170  3e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.64 
 
 		 286 aa  169  3e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  39.84 
 
 		 277 aa  168  7e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  37.11 
 
 		 277 aa  168  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 		 277 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 286 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  35.77 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  39.46 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.84 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  39.45 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  38.67 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  39.06 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 277 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  40.93 
 
 		 280 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  38.52 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  38.28 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 278 aa  161  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  39.62 
 
 		 275 aa  160  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.98 
 
 		 298 aa  159  3e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 292 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 		 280 aa  159  4e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 276 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  30.66 
 
 		 284 aa  158  8e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  36.19 
 
 		 286 aa  156  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 277 aa  155  8e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  38.31 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  37.97 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 270 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 276 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 		 315 aa  152  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 273 aa  151  1e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 		 271 aa  148  9e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1368  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.77 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.03 
 
 		 269 aa  145  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  35.6 
 
 		 244 aa  145  6e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  34.21 
 
 		 288 aa  145  6e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 286 aa  145  6e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  33.33 
 
 		 289 aa  145  6e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 283 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 289 aa  143  2e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  35.38 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  35.55 
 
 		 613 aa  142  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  29.39 
 
 		 279 aa  142  5e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 283 aa  142  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  36.63 
 
 		 284 aa  142  7e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 285 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.58 
 
 		 288 aa  141  9e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  36.75 
 
 		 284 aa  142  9e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 279 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.25 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 284 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.95 
 
 		 288 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 278 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.58 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.58 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.58 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 285 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.09 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  30.15 
 
 		 280 aa  140  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.58 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.58 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.58 
 
 		 288 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  34.59 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  34.4 
 
 		 295 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  33.46 
 
 		 288 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 		 276 aa  139  3.9999999999999997e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>