More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_0881 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  100 
 
 
320 aa  646    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  73.16 
 
 
322 aa  457  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  73.89 
 
 
319 aa  457  9.999999999999999e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  74.52 
 
 
319 aa  456  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  72.67 
 
 
319 aa  451  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  64.54 
 
 
315 aa  424  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  60.39 
 
 
326 aa  377  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  56.45 
 
 
326 aa  355  7.999999999999999e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.24 
 
 
303 aa  306  3e-82  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.8 
 
 
306 aa  304  2.0000000000000002e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  47.38 
 
 
313 aa  295  9e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  49.5 
 
 
313 aa  290  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  52.35 
 
 
306 aa  287  1e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  49.84 
 
 
322 aa  286  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  52.01 
 
 
306 aa  286  2.9999999999999996e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  52.33 
 
 
331 aa  286  4e-76  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 
306 aa  285  5e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.99 
 
 
343 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  46.84 
 
 
303 aa  281  1e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  47.28 
 
 
304 aa  278  7e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  48.69 
 
 
309 aa  277  2e-73  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 
305 aa  276  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  48.32 
 
 
305 aa  277  2e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  47.18 
 
 
305 aa  277  2e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  47.16 
 
 
377 aa  275  6e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  49.67 
 
 
334 aa  275  7e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  46.65 
 
 
304 aa  273  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  46.86 
 
 
302 aa  273  3e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  49.48 
 
 
302 aa  272  4.0000000000000004e-72  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  47.65 
 
 
345 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3657  RluA family pseudouridine synthase  45.78 
 
 
344 aa  273  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0134519  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  46.04 
 
 
482 aa  271  7e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  46.86 
 
 
302 aa  271  1e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2578  pseudouridine synthase, RluA family  43.73 
 
 
343 aa  271  1e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.53 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  46.53 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.53 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  46.53 
 
 
302 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0553  pseudouridine synthase, RluA family  47.19 
 
 
352 aa  270  2.9999999999999997e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0557173  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.53 
 
 
302 aa  269  5e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.31 
 
 
304 aa  269  5e-71  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  48.28 
 
 
302 aa  268  7e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.26 
 
 
334 aa  268  8.999999999999999e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.26 
 
 
347 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  46.6 
 
 
343 aa  267  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  46.6 
 
 
343 aa  268  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.2 
 
 
302 aa  268  1e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.62 
 
 
321 aa  267  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  48.34 
 
 
322 aa  268  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  49.17 
 
 
351 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  44.95 
 
 
334 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  46.06 
 
 
337 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  46.65 
 
 
310 aa  266  5e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  45.72 
 
 
306 aa  265  5.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.17 
 
 
335 aa  265  5.999999999999999e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  44.07 
 
 
336 aa  265  8e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.51 
 
 
313 aa  264  1e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.15 
 
 
332 aa  264  1e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  45.87 
 
 
302 aa  263  3e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.32 
 
 
343 aa  263  4e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  45 
 
 
306 aa  262  6.999999999999999e-69  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  44.38 
 
 
341 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.23 
 
 
301 aa  261  8.999999999999999e-69  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  45.71 
 
 
336 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  42.43 
 
 
305 aa  260  2e-68  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  45.09 
 
 
342 aa  260  2e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  49.34 
 
 
332 aa  260  2e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 
311 aa  259  3e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  44.48 
 
 
324 aa  260  3e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.63 
 
 
312 aa  259  4e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 
311 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  47.37 
 
 
346 aa  258  7e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.08 
 
 
356 aa  258  1e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 
341 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  47.85 
 
 
376 aa  256  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.19 
 
 
308 aa  255  8e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  41.43 
 
 
329 aa  254  1.0000000000000001e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  44.72 
 
 
391 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  43.14 
 
 
314 aa  254  1.0000000000000001e-66  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  44.16 
 
 
323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.93 
 
 
326 aa  254  2.0000000000000002e-66  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  48.42 
 
 
342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.58 
 
 
348 aa  253  2.0000000000000002e-66  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2620  RluA family pseudouridine synthase  43.25 
 
 
347 aa  253  3e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.99 
 
 
356 aa  252  5.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.743404  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.66 
 
 
313 aa  252  5.000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.83 
 
 
312 aa  252  5.000000000000001e-66  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.92 
 
 
337 aa  251  8.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  45.03 
 
 
300 aa  251  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  43.63 
 
 
339 aa  251  1e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.44 
 
 
349 aa  250  2e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.54 
 
 
347 aa  249  4e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  43.42 
 
 
326 aa  249  4e-65  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.17 
 
 
350 aa  249  4e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  44.44 
 
 
349 aa  249  5e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.32 
 
 
296 aa  249  5e-65  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  46.08 
 
 
315 aa  248  8e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  42.9 
 
 
348 aa  248  8e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.86 
 
 
316 aa  248  1e-64  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  46.06 
 
 
349 aa  247  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>