More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3353 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  100 
 
 		 296 aa  600  1e-170  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  71.48 
 
 		 295 aa  428  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  66.44 
 
 		 296 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  60.42 
 
 		 297 aa  349  3e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  59.38 
 
 		 297 aa  347  2e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  52.92 
 
 		 306 aa  310  1e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  51.4 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  34.05 
 
 		 306 aa  145  5e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  35.03 
 
 		 303 aa  142  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.68 
 
 		 321 aa  142  8e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  35.43 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  30.64 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33 
 
 		 311 aa  135  8e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  38.96 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  37.76 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.46 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  34 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.6 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  35.49 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000221583  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  32.06 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  36.15 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.4 
 
 		 312 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  31.49 
 
 		 578 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  33.46 
 
 		 325 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.22 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  31.71 
 
 		 352 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.6 
 
 		 327 aa  129  7.000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.6 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 240 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  35.06 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  31.01 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.65 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  31.34 
 
 		 352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.55 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  31.91 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.94 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0783  pseudouridine synthase, RluD  29.19 
 
 		 354 aa  127  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  32.18 
 
 		 352 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.86 
 
 		 319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  32.28 
 
 		 325 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  33.07 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.9 
 
 		 321 aa  126  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3699  pseudouridine synthase, RluA family  34.5 
 
 		 345 aa  125  6e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27270  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.71 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.42777  normal  0.302751 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  31.89 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.5 
 
 		 326 aa  125  9e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  32 
 
 		 325 aa  125  9e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.5 
 
 		 325 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  30.6 
 
 		 310 aa  125  1e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.68 
 
 		 323 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.68 
 
 		 323 aa  124  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  32 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  33.07 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  37.01 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  36.78 
 
 		 327 aa  123  4e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.22 
 
 		 347 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.22 
 
 		 334 aa  123  4e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  31.85 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.11 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.1 
 
 		 326 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.76 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.1 
 
 		 326 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.28 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000495395  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  30.12 
 
 		 347 aa  122  5e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  34.58 
 
 		 315 aa  123  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000267118  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 324 aa  123  5e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000750012  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 		 541 aa  123  5e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.71 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  33.71 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  35 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.06 
 
 		 334 aa  122  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  38.02 
 
 		 250 aa  122  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.1 
 
 		 326 aa  122  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.64 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  27.95 
 
 		 306 aa  122  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  33.08 
 
 		 327 aa  122  7e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000257398  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.44 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  31.1 
 
 		 326 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  31.1 
 
 		 326 aa  122  8e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.1 
 
 		 326 aa  122  8e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  31.1 
 
 		 326 aa  122  8e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.1 
 
 		 326 aa  122  8e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.91 
 
 		 325 aa  122  9e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.94 
 
 		 322 aa  122  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.91 
 
 		 325 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  31.91 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  31.91 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  32.21 
 
 		 337 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.06 
 
 		 436 aa  122  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.08 
 
 		 368 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  33.73 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.88 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  34 
 
 		 336 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>