More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1557 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1557  mechanosensitive ion channel family protein  100 
 
 		 274 aa  553  1e-156  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.172425  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1616  MscS mechanosensitive ion channel  76.84 
 
 		 273 aa  449  1e-125  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.19083  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2492  MscS Mechanosensitive ion channel  69.74 
 
 		 300 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2898  MscS Mechanosensitive ion channel  69.37 
 
 		 300 aa  391  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2662  hypothetical protein  69 
 
 		 298 aa  385  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.466989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5651  hypothetical protein  68.82 
 
 		 283 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4037  MscS mechanosensitive ion channel  66.17 
 
 		 275 aa  373  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65040  hypothetical protein  66.92 
 
 		 283 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0222155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4751  mechanosensitive ion channel protein  69.12 
 
 		 288 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.319564 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0426  MscS mechanosensitive ion channel  58.33 
 
 		 273 aa  332  5e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000444789  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2526  MscS mechanosensitive ion channel  55.47 
 
 		 272 aa  309  4e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0123409 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2426  MscS mechanosensitive ion channel  59.32 
 
 		 271 aa  286  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.464863  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3594  MscS mechanosensitive ion channel  52.77 
 
 		 286 aa  285  5e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.046742 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4190  MscS Mechanosensitive ion channel  59.45 
 
 		 275 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3595  MscS mechanosensitive ion channel  57.65 
 
 		 284 aa  283  3.0000000000000004e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0889323 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4229  MscS Mechanosensitive ion channel  59.06 
 
 		 275 aa  281  7.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.159909  hitchhiker  0.00722211 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4042  MscS Mechanosensitive ion channel  55.89 
 
 		 272 aa  264  1e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.684496 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2483  MscS mechanosensitive ion channel  55.14 
 
 		 270 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0752  MscS Mechanosensitive ion channel  56.75 
 
 		 270 aa  261  8e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251302  normal  0.956753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3932  small conductance mechanosensitive Ion channel, (MscS) family  55.95 
 
 		 270 aa  258  6e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000106943 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5003  MscS mechanosensitive ion channel  52.92 
 
 		 266 aa  258  8e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.592102 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0411  putative transmembrane protein  56.13 
 
 		 269 aa  247  1e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0662  MscS mechanosensitive ion channel  50.19 
 
 		 270 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0768  MscS mechanosensitive ion channel  50.57 
 
 		 270 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0736  MscS mechanosensitive ion channel  50.57 
 
 		 270 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.895699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0687  MscS mechanosensitive ion channel  50.19 
 
 		 270 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0284  MscS mechanosensitive ion channel  50.57 
 
 		 270 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2619  MscS mechanosensitive ion channel  51.97 
 
 		 270 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3855  MscS mechanosensitive ion channel  50.57 
 
 		 270 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.529066 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2190  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  48.28 
 
 		 275 aa  218  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1083  mechanosensitive ion channel YggB  48.28 
 
 		 275 aa  218  6e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3261  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  48.28 
 
 		 275 aa  218  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.142473  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3306  YggB  48.28 
 
 		 275 aa  218  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.32321  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3295  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  48.28 
 
 		 275 aa  218  6e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930864  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0516  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  48.28 
 
 		 275 aa  218  6e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.185319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2312  mechanosensitive ion channel YggB  48.06 
 
 		 290 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0987902  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1322  YggB  48.06 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  36.07 
 
 		 288 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  34.22 
 
 		 270 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  33.59 
 
 		 275 aa  165  9e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  34.02 
 
 		 287 aa  165  9e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  33.71 
 
 		 275 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  34.43 
 
 		 288 aa  162  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  35.66 
 
 		 275 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  34.9 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  33.71 
 
 		 275 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 275 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  33.97 
 
 		 269 aa  161  9e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 275 aa  161  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  33.59 
 
 		 275 aa  161  9e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  33.59 
 
 		 275 aa  161  9e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 275 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  33.59 
 
 		 273 aa  160  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  33.98 
 
 		 274 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 275 aa  157  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  34.63 
 
 		 274 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  34.24 
 
 		 274 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  32.94 
 
 		 280 aa  156  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1674  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 270 aa  152  5.9999999999999996e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.702305  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  32.39 
 
 		 277 aa  152  5.9999999999999996e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  32.95 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  31.54 
 
 		 268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  30.19 
 
 		 274 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  31.52 
 
 		 277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5106  MscS mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0140126  decreased coverage  0.0019989 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2942  MscS mechanosensitive ion channel  34.27 
 
 		 288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.711571 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  30.92 
 
 		 270 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  31.2 
 
 		 275 aa  145  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3256  MscS mechanosensitive ion channel  34.91 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00789281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  35.29 
 
 		 276 aa  145  9e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  31.08 
 
 		 276 aa  145  9e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  31.52 
 
 		 276 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3671  MscS mechanosensitive ion channel  31.76 
 
 		 277 aa  144  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1419  mechanosensitive ion channel family protein  31.6 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4309  MscS mechanosensitive ion channel  34.47 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000550538  decreased coverage  0.0000000451244 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3171  MscS mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.10941 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4989  MscS mechanosensitive ion channel  35.34 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0847315  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  31.6 
 
 		 280 aa  140  1.9999999999999998e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  32.95 
 
 		 274 aa  140  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  32.11 
 
 		 283 aa  139  4.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  34.21 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  29.77 
 
 		 271 aa  138  7.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  29.77 
 
 		 271 aa  138  8.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  31.4 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  31.78 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  31.3 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4903  MscS mechanosensitive ion channel  36.11 
 
 		 327 aa  136  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  30.42 
 
 		 283 aa  136  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  33.06 
 
 		 284 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4965  hypothetical protein  35.08 
 
 		 278 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1298  MscS Mechanosensitive ion channel  30.59 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.861763  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 274 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  33.6 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  33.47 
 
 		 281 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  29.12 
 
 		 277 aa  129  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57110  hypothetical protein  34.27 
 
 		 278 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  29.43 
 
 		 268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>