More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0443 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0443  ribonuclease D, putative  100 
 
 		 381 aa  764    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3389  3'-5' exonuclease  73.56 
 
 		 382 aa  561  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4287  3'-5' exonuclease  56.68 
 
 		 409 aa  435  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.276505  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0221  3'-5' exonuclease  53.87 
 
 		 377 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0237  3'-5' exonuclease  53.87 
 
 		 377 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000118749  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3617  3'-5' exonuclease  51.35 
 
 		 382 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3191  3'-5' exonuclease  45.53 
 
 		 382 aa  333  3e-90  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3636  3'-5' exonuclease  47.7 
 
 		 381 aa  333  4e-90  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.172491  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0323  RNase D  47.44 
 
 		 375 aa  321  9.999999999999999e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.85777e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1602  3'-5' exonuclease  41.07 
 
 		 294 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2261  3'-5' exonuclease  40.71 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.726603  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2349  3'-5' exonuclease  40.71 
 
 		 288 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2211  3'-5' exonuclease  40.93 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.493178  normal  0.0213505 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0573  3'-5' exonuclease  33.75 
 
 		 352 aa  177  4e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0414  3'-5' exonuclease  39.68 
 
 		 295 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0509  ribonuclease D  33.56 
 
 		 396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3138  ribonuclease D  32.17 
 
 		 382 aa  158  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.340789 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0859  3'-5' exonuclease  33.92 
 
 		 391 aa  154  2.9999999999999998e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2334  ribonuclease D  32.61 
 
 		 384 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.323596 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1474  ribonuclease D  33.16 
 
 		 385 aa  152  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.366853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1971  ribonuclease D  33.86 
 
 		 385 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0679  ribonuclease D  33.86 
 
 		 385 aa  152  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2949  ribonuclease D  31.81 
 
 		 392 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1589  ribonuclease D  31.45 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2494  ribonuclease D  32.08 
 
 		 382 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3068  ribonuclease D  33.86 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.439907  normal  0.252562 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2112  ribonuclease D  31.54 
 
 		 396 aa  151  2e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0506  ribonuclease D  32.62 
 
 		 395 aa  151  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.967739 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1838  ribonuclease D  32.37 
 
 		 386 aa  148  1.0000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529278  normal  0.0732716 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2378  ribonuclease D  32.17 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0306951  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0799  ribonuclease D  29.95 
 
 		 383 aa  146  7.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.42118  normal  0.945444 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2073  ribonuclease D  32.26 
 
 		 386 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1389  ribonuclease D  31.51 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.465016 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0744  ribonuclease D  28.99 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0750  ribonuclease D  28.99 
 
 		 385 aa  144  3e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0208  ribonuclease D  31.73 
 
 		 405 aa  144  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.790947 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0326  ribonuclease D  32.2 
 
 		 392 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0491656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2542  ribonuclease D  28.46 
 
 		 385 aa  143  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1121  ribonuclease D  29.61 
 
 		 392 aa  142  8e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.441992  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3455  ribonuclease D  30.93 
 
 		 392 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0111852  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1734  ribonuclease D  31.64 
 
 		 381 aa  142  9.999999999999999e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.312389  decreased coverage  0.00186691 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3861  ribonuclease D (RNase D)  30.73 
 
 		 384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623671  normal  0.66998 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3324  ribonuclease D  31.54 
 
 		 427 aa  140  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.342463  normal  0.392849 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1588  ribonuclease D  29.3 
 
 		 384 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1249  ribonuclease D  28.03 
 
 		 381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.606694  normal  0.0871939 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06230  ribonuclease D  31.43 
 
 		 399 aa  135  9e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.000000184069  hitchhiker  0.0058155 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1102  ribonuclease D  28.3 
 
 		 381 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.447104 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2365  ribonuclease D  31.6 
 
 		 392 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5131  ribonuclease D  30.05 
 
 		 389 aa  134  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3141  ribonuclease D  30.83 
 
 		 384 aa  133  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.579669 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2915  ribonuclease D  30.83 
 
 		 384 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.71174 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1338  ribonuclease D  28.66 
 
 		 386 aa  131  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2266  3'-5' exonuclease  34.12 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.859295  normal  0.0322428 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1890  ribonuclease D  31.35 
 
 		 401 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239057  normal  0.792489 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1761  3'-5' exonuclease  35.15 
 
 		 437 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0159451  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1887  putative ribonuclease D  29.97 
 
 		 385 aa  129  7.000000000000001e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0137487  normal  0.150443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4526  ribonuclease D  30.85 
 
 		 394 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780043  normal  0.636279 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0672  Ribonuclease D  31.27 
 
 		 423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1901  HRDC:3'-5' exonuclease  34.98 
 
 		 420 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3039  ribonuclease D  30.38 
 
 		 384 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.178838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6723  Ribonuclease D-like protein  34.28 
 
 		 408 aa  127  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.449964  normal  0.591917 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4591  ribonuclease D  30.37 
 
 		 377 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0042  ribonuclease D  29.74 
 
 		 395 aa  124  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00728921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2832  3'-5' exonuclease  32.76 
 
 		 421 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12160  ribonuclease D  26.81 
 
 		 392 aa  124  2e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1297  ribonuclease D  30.09 
 
 		 377 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1310  ribonuclease D  28.49 
 
 		 393 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0761558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4121  ribonuclease D  29.31 
 
 		 377 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.636005  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0639  ribonuclease D  29.97 
 
 		 379 aa  121  1.9999999999999998e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.706315  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0507  ribonuclease D  27.32 
 
 		 374 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1391  3'-5' exonuclease  33.09 
 
 		 416 aa  120  4.9999999999999996e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3900  ribonuclease D  29.69 
 
 		 377 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1252  ribonuclease D  29.44 
 
 		 386 aa  119  7e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000481962 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1337  ribonuclease D  30.42 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118451  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0869  ribonuclease D  27.49 
 
 		 391 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0942058  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16390  ribonuclease D  30.09 
 
 		 437 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2447  ribonuclease D  30.45 
 
 		 369 aa  117  5e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000149434  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2531  ribonuclease D  28.37 
 
 		 384 aa  116  6.9999999999999995e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.159051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2546  ribonuclease D  29.28 
 
 		 389 aa  116  7.999999999999999e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5400  Ribonuclease D  29.02 
 
 		 396 aa  115  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1388  ribonuclease D  30.06 
 
 		 377 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2111  ribonuclease D  29.06 
 
 		 369 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000446325  normal  0.381908 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6686  Ribonuclease D  30.22 
 
 		 400 aa  114  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC03940  PM-scl autoantigen, putative  39.01 
 
 		 1016 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15690  ribonuclease D  35.65 
 
 		 431 aa  113  5e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.442056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1891  3'-5' exonuclease  30.38 
 
 		 420 aa  113  5e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0605392  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2176  ribonuclease D  29.89 
 
 		 384 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000267525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2253  ribonuclease D  29.89 
 
 		 384 aa  113  6e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000377901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2385  ribonuclease D  29.89 
 
 		 388 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000005746  normal  0.331881 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1726  3'-5' exonuclease  30.9 
 
 		 417 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0339876 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2580  ribonuclease D  29.52 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1582  3'-5' exonuclease  28.38 
 
 		 385 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0690  ribonuclease D  29.19 
 
 		 433 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00562045  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1569  ribonuclease D  27.63 
 
 		 381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000054851  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01138  ribonuclease D  27.62 
 
 		 385 aa  110  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000796428  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0736  ribonuclease D  26.55 
 
 		 381 aa  111  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0989413  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2374  ribonuclease D  29.76 
 
 		 384 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.307592  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2381  3'-5' exonuclease  31.74 
 
 		 407 aa  110  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.135711  hitchhiker  0.000308945 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1933  ribonuclease D  29.56 
 
 		 371 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000115292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1752  ribonuclease D  26.96 
 
 		 395 aa  109  8.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  decreased coverage  0.00607213  normal  0.281233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>