More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3370 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  100 
 
 
618 aa  1261    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  31.67 
 
 
502 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  34.48 
 
 
520 aa  194  5e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 
524 aa  187  5e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1435  radical SAM domain-containing protein  32.05 
 
 
631 aa  183  8.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0826343 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.6 
 
 
521 aa  172  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.97 
 
 
487 aa  170  9e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0861  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.34 
 
 
561 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000604152  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  31.44 
 
 
487 aa  159  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  31.59 
 
 
488 aa  157  4e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.27 
 
 
566 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2472  radical SAM domain-containing protein  27.39 
 
 
507 aa  151  3e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  33.13 
 
 
520 aa  150  6e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  26.67 
 
 
529 aa  147  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  28.44 
 
 
489 aa  138  3.0000000000000003e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.59 
 
 
567 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.84 
 
 
494 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.84 
 
 
494 aa  136  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  31.32 
 
 
471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  28.43 
 
 
472 aa  135  3e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  30.11 
 
 
473 aa  134  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  26.13 
 
 
462 aa  134  6e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.85 
 
 
546 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  30.53 
 
 
469 aa  131  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  26.24 
 
 
470 aa  130  6e-29  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.48 
 
 
472 aa  130  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  28.81 
 
 
534 aa  130  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  27.9 
 
 
518 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.35 
 
 
567 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.17 
 
 
441 aa  127  5e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.9 
 
 
580 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.17 
 
 
512 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.42 
 
 
535 aa  127  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.85 
 
 
472 aa  126  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  29.49 
 
 
484 aa  125  2e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  27.93 
 
 
441 aa  125  3e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  25.33 
 
 
494 aa  124  4e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  25.63 
 
 
468 aa  124  4e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.09 
 
 
547 aa  124  5e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.43 
 
 
548 aa  124  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.93 
 
 
527 aa  124  6e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  26.87 
 
 
451 aa  124  7e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 
546 aa  123  8e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.09 
 
 
546 aa  123  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  25.33 
 
 
494 aa  123  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.34 
 
 
546 aa  123  9.999999999999999e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.02 
 
 
558 aa  123  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.48 
 
 
565 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  26.6 
 
 
472 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.58 
 
 
546 aa  120  7e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.15 
 
 
528 aa  120  9e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.06 
 
 
546 aa  120  9e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  26.1 
 
 
675 aa  120  9e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  26.37 
 
 
547 aa  120  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  27.05 
 
 
459 aa  119  9.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  26.04 
 
 
472 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.43 
 
 
569 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  32.34 
 
 
564 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  32.01 
 
 
612 aa  118  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2999  radical SAM domain-containing protein  28.22 
 
 
451 aa  118  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  32.33 
 
 
473 aa  117  5e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  28.41 
 
 
484 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  25.55 
 
 
600 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  26.8 
 
 
474 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3339  radical SAM domain-containing protein  25.84 
 
 
555 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  24.86 
 
 
501 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0710  radical SAM domain-containing protein  24.81 
 
 
516 aa  115  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  26.2 
 
 
612 aa  114  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.2 
 
 
612 aa  114  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  26.99 
 
 
501 aa  114  7.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.83 
 
 
459 aa  113  8.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.21 
 
 
520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  26.2 
 
 
723 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  24.42 
 
 
506 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.25 
 
 
554 aa  112  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  29.71 
 
 
563 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.12 
 
 
484 aa  112  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  24.18 
 
 
533 aa  111  5e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  24.62 
 
 
501 aa  110  6e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  25.96 
 
 
503 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 
506 aa  110  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 
506 aa  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10215  methyltransferase  28.85 
 
 
437 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  27.76 
 
 
556 aa  108  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  31.88 
 
 
577 aa  108  4e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.35 
 
 
1250 aa  108  4e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  31.92 
 
 
598 aa  108  4e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 
608 aa  107  6e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  23.85 
 
 
545 aa  107  7e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  25.38 
 
 
501 aa  107  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 
564 aa  107  8e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4030  Radical SAM domain protein  29.58 
 
 
573 aa  107  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25 
 
 
548 aa  106  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  25.81 
 
 
452 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  25.83 
 
 
488 aa  105  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2393  radical SAM domain-containing protein  28.16 
 
 
490 aa  105  2e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.386797  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2166  radical SAM family Fe-S protein  28.23 
 
 
495 aa  105  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1693  radical SAM family protein  27.73 
 
 
467 aa  105  3e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  26.35 
 
 
562 aa  103  9e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.92 
 
 
608 aa  102  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>