More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_4862 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  100 
 
 		 513 aa  1035    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  36.24 
 
 		 632 aa  332  1e-89  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  36.06 
 
 		 650 aa  326  5e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  34.18 
 
 		 540 aa  322  8e-87  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  35.66 
 
 		 650 aa  319  6e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  33.99 
 
 		 540 aa  315  9.999999999999999e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  33.99 
 
 		 540 aa  315  9.999999999999999e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  38.26 
 
 		 593 aa  313  3.9999999999999997e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  35.34 
 
 		 586 aa  309  8e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.34 
 
 		 507 aa  295  1e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.8 
 
 		 508 aa  294  3e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  35.67 
 
 		 584 aa  292  8e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  32.33 
 
 		 542 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  31.47 
 
 		 532 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  31.79 
 
 		 527 aa  258  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  32.02 
 
 		 525 aa  248  2e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.61 
 
 		 519 aa  240  4e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.1 
 
 		 514 aa  239  5.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  31.4 
 
 		 514 aa  239  1e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  29.71 
 
 		 522 aa  236  8e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  29.63 
 
 		 532 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 505 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 505 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 505 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 505 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 505 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  29.08 
 
 		 536 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  29.08 
 
 		 536 aa  228  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  29.08 
 
 		 536 aa  227  4e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  28.88 
 
 		 536 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 504 aa  224  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 504 aa  224  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  30.97 
 
 		 504 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 504 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.97 
 
 		 504 aa  223  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.77 
 
 		 504 aa  223  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  30.77 
 
 		 504 aa  223  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.57 
 
 		 504 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  27.2 
 
 		 548 aa  214  3.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  27.2 
 
 		 548 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  27.2 
 
 		 548 aa  213  5.999999999999999e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  28.57 
 
 		 481 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  28.57 
 
 		 481 aa  205  1e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  28.57 
 
 		 481 aa  205  1e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  28.64 
 
 		 476 aa  204  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  29.05 
 
 		 498 aa  203  6e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  30.5 
 
 		 573 aa  200  6e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  29.38 
 
 		 503 aa  200  7e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  27.61 
 
 		 551 aa  199  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  30.54 
 
 		 534 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  27.1 
 
 		 542 aa  197  4.0000000000000005e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  28.54 
 
 		 550 aa  197  5.000000000000001e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  28.26 
 
 		 600 aa  192  9e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70980  choline transporter BetT  30.62 
 
 		 516 aa  192  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.92652 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  27.48 
 
 		 542 aa  191  2e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  30.66 
 
 		 583 aa  192  2e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  28.4 
 
 		 530 aa  189  7e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  31.45 
 
 		 525 aa  190  7e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  29.67 
 
 		 667 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  29.98 
 
 		 523 aa  187  3e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  27.88 
 
 		 659 aa  187  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18950  choline/carnitine/betaine transport  29.82 
 
 		 606 aa  187  5e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.318822  normal  0.131435 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  30.67 
 
 		 573 aa  187  5e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  27.88 
 
 		 659 aa  186  8e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  27.91 
 
 		 657 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1437  choline/carnitine/betaine transporter  27.29 
 
 		 548 aa  185  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000110122  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1410  choline/carnitine/betaine transporter  27.29 
 
 		 548 aa  185  2.0000000000000003e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000212445  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1835  choline/carnitine/betaine transporter  28.05 
 
 		 516 aa  185  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.484388 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  32.3 
 
 		 531 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  29.27 
 
 		 667 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  27.99 
 
 		 682 aa  184  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1765  choline/carnitine/betaine transporter  30.02 
 
 		 573 aa  184  4.0000000000000006e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582743 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1356  choline/carnitine/betaine transport  30.21 
 
 		 582 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.379286  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  30.21 
 
 		 582 aa  183  7e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  29.39 
 
 		 665 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  27.31 
 
 		 505 aa  182  1e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  29.68 
 
 		 610 aa  181  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3436  choline/carnitine/betaine transporter  28.68 
 
 		 526 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.97143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  27.02 
 
 		 538 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  29.44 
 
 		 582 aa  181  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13010  choline/carnitine/betaine transport  27.45 
 
 		 603 aa  180  4.999999999999999e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.639384 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  28.88 
 
 		 667 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  28.14 
 
 		 490 aa  180  5.999999999999999e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  26.67 
 
 		 526 aa  180  5.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  28.88 
 
 		 667 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  27.94 
 
 		 541 aa  179  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0022  choline/carnitine/betaine transporter  28.38 
 
 		 580 aa  177  4e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.499144 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  27.59 
 
 		 505 aa  177  6e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  27.59 
 
 		 505 aa  176  7e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  27.59 
 
 		 505 aa  176  7e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  27.59 
 
 		 505 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  28.51 
 
 		 520 aa  176  8e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  28.51 
 
 		 520 aa  176  8e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  27.14 
 
 		 504 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  27.35 
 
 		 505 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  27.59 
 
 		 505 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  29.61 
 
 		 656 aa  174  1.9999999999999998e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  27.59 
 
 		 505 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  26.9 
 
 		 568 aa  175  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  26.42 
 
 		 548 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>