More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PsycPRwf_0014 on replicon NC_009524
Organism: Psychrobacter sp. PRwf-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  62.4 
 
 		 586 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  59.64 
 
 		 650 aa  682    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  58.39 
 
 		 650 aa  677    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  59.15 
 
 		 632 aa  691    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  61.89 
 
 		 593 aa  654    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 584 aa  1189    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  44.53 
 
 		 540 aa  464  1e-129  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  43.88 
 
 		 540 aa  464  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  43.88 
 
 		 540 aa  464  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  37.28 
 
 		 542 aa  359  9e-98  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  35.5 
 
 		 527 aa  327  5e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  32.95 
 
 		 532 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  34.38 
 
 		 525 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  33.91 
 
 		 522 aa  298  3e-79  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  32.33 
 
 		 536 aa  296  8e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  31.46 
 
 		 532 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  32.5 
 
 		 536 aa  293  6e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  35.67 
 
 		 513 aa  292  9e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  32.14 
 
 		 536 aa  292  1e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  30.65 
 
 		 548 aa  291  2e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  31.95 
 
 		 536 aa  291  2e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  30.47 
 
 		 548 aa  291  3e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.14 
 
 		 507 aa  291  3e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  30.65 
 
 		 548 aa  291  3e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  32.38 
 
 		 481 aa  281  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  32.38 
 
 		 481 aa  281  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  33.46 
 
 		 551 aa  281  3e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  32.38 
 
 		 481 aa  281  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.4 
 
 		 508 aa  280  5e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  34.41 
 
 		 503 aa  279  9e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  32.17 
 
 		 476 aa  278  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  32.37 
 
 		 550 aa  269  1e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  32.66 
 
 		 526 aa  265  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  34.69 
 
 		 523 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  32.99 
 
 		 665 aa  262  1e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  32.57 
 
 		 574 aa  262  2e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  29.96 
 
 		 577 aa  261  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  31.36 
 
 		 606 aa  261  2e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  31.07 
 
 		 548 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  35.08 
 
 		 520 aa  260  5.0000000000000005e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  35.08 
 
 		 520 aa  260  5.0000000000000005e-68  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  31.01 
 
 		 724 aa  258  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  33.06 
 
 		 508 aa  258  2e-67  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  34.07 
 
 		 538 aa  258  3e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  32.88 
 
 		 637 aa  257  3e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.26 
 
 		 504 aa  256  7e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.26 
 
 		 504 aa  256  7e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  33.26 
 
 		 504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.26 
 
 		 504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  34.67 
 
 		 498 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.26 
 
 		 504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.05 
 
 		 504 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  33.05 
 
 		 504 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.98 
 
 		 505 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.98 
 
 		 505 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.98 
 
 		 505 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.98 
 
 		 505 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.98 
 
 		 505 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  30.99 
 
 		 667 aa  254  3e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  32.22 
 
 		 657 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  31.09 
 
 		 667 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  30.99 
 
 		 667 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  32.9 
 
 		 505 aa  253  6e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  32.9 
 
 		 505 aa  253  6e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  31.09 
 
 		 667 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  31.3 
 
 		 542 aa  253  1e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  31.83 
 
 		 610 aa  252  2e-65  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  32.61 
 
 		 490 aa  251  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  32.9 
 
 		 505 aa  251  2e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  32.9 
 
 		 505 aa  251  3e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  32.9 
 
 		 505 aa  251  3e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  36.23 
 
 		 525 aa  251  3e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  32.9 
 
 		 505 aa  251  3e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.05 
 
 		 504 aa  251  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  29.9 
 
 		 656 aa  250  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  32.68 
 
 		 505 aa  250  5e-65  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  30.74 
 
 		 660 aa  250  6e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  31.87 
 
 		 538 aa  250  6e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  31.34 
 
 		 531 aa  248  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  31.58 
 
 		 659 aa  248  2e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  31.96 
 
 		 573 aa  248  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  30.78 
 
 		 534 aa  248  3e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  32.54 
 
 		 504 aa  247  4e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.48 
 
 		 514 aa  247  4e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  31.65 
 
 		 659 aa  247  4e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  32.43 
 
 		 583 aa  247  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  32.97 
 
 		 504 aa  246  6e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  32.54 
 
 		 504 aa  246  9e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  32.77 
 
 		 505 aa  245  9.999999999999999e-64  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  32.85 
 
 		 535 aa  246  9.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  33.26 
 
 		 611 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  30.6 
 
 		 724 aa  244  3e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  30.62 
 
 		 682 aa  243  6e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  30.78 
 
 		 546 aa  242  1e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  29.8 
 
 		 606 aa  242  1e-62  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  32.36 
 
 		 514 aa  242  1e-62  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  30.12 
 
 		 530 aa  241  2.9999999999999997e-62  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  30.68 
 
 		 681 aa  241  4e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  30.67 
 
 		 661 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  31.01 
 
 		 646 aa  240  5e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>