More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3247 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  100 
 
 		 532 aa  1074    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  36.01 
 
 		 593 aa  338  9.999999999999999e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  34.58 
 
 		 632 aa  335  2e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  36 
 
 		 650 aa  334  3e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  33.95 
 
 		 650 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  33.33 
 
 		 542 aa  321  1.9999999999999998e-86  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  33.54 
 
 		 540 aa  316  8e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  33.54 
 
 		 540 aa  316  8e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  32.95 
 
 		 584 aa  313  3.9999999999999997e-84  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  32.55 
 
 		 540 aa  313  5.999999999999999e-84  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  33.63 
 
 		 586 aa  300  4e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  32.34 
 
 		 527 aa  296  7e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.19 
 
 		 507 aa  293  6e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  28.65 
 
 		 548 aa  283  6.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  28.65 
 
 		 548 aa  283  7.000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  28.65 
 
 		 548 aa  283  8.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  30.58 
 
 		 532 aa  279  9e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  31.47 
 
 		 513 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  28.37 
 
 		 536 aa  273  6e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  28.16 
 
 		 536 aa  271  2e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  27.96 
 
 		 536 aa  270  5e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  27.96 
 
 		 536 aa  269  8.999999999999999e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  32.48 
 
 		 523 aa  259  7e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.4 
 
 		 508 aa  258  3e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  28.19 
 
 		 481 aa  257  4e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  28.19 
 
 		 481 aa  257  4e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  28.19 
 
 		 481 aa  257  4e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  31.36 
 
 		 503 aa  256  5e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.8 
 
 		 504 aa  256  6e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.8 
 
 		 504 aa  256  6e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  29.8 
 
 		 504 aa  256  8e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.8 
 
 		 504 aa  256  8e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.8 
 
 		 504 aa  256  8e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  28.15 
 
 		 476 aa  256  9e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.67 
 
 		 505 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.67 
 
 		 505 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.67 
 
 		 505 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.67 
 
 		 505 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.67 
 
 		 505 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.59 
 
 		 504 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  28.71 
 
 		 525 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  29.59 
 
 		 504 aa  255  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  30.38 
 
 		 609 aa  253  5.000000000000001e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.59 
 
 		 504 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  30.24 
 
 		 526 aa  248  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.98 
 
 		 514 aa  247  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  31.57 
 
 		 606 aa  246  9.999999999999999e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  28.23 
 
 		 548 aa  245  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  27.82 
 
 		 542 aa  244  1.9999999999999999e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  30.18 
 
 		 519 aa  243  6e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  29.4 
 
 		 505 aa  243  6e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  29.4 
 
 		 505 aa  243  6e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  29.4 
 
 		 505 aa  243  6e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  29.4 
 
 		 504 aa  243  6e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  29.4 
 
 		 505 aa  243  6e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  30.16 
 
 		 505 aa  242  1e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  30.16 
 
 		 505 aa  242  1e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.58 
 
 		 514 aa  242  1e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  29.4 
 
 		 505 aa  241  2e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  29.18 
 
 		 504 aa  241  2e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  27.89 
 
 		 556 aa  239  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  30.36 
 
 		 498 aa  239  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  29.42 
 
 		 504 aa  238  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  29.39 
 
 		 538 aa  237  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5269  choline transporter  29.7 
 
 		 664 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4752  BCCT transporter  28.49 
 
 		 536 aa  235  2.0000000000000002e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.337094  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  30.78 
 
 		 541 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  27.94 
 
 		 542 aa  235  2.0000000000000002e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4827  BCCT transporter  29.7 
 
 		 664 aa  234  3e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.767861 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  30.21 
 
 		 505 aa  234  4.0000000000000004e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  29.46 
 
 		 653 aa  233  6e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  28.36 
 
 		 530 aa  232  1e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  29.41 
 
 		 659 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  28.36 
 
 		 544 aa  231  2e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  26.57 
 
 		 490 aa  231  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5374  choline/carnitine/betaine transporter family protein  29.76 
 
 		 567 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.985383  normal  0.22306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  30.78 
 
 		 568 aa  231  3e-59  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0247  BCCT transporter  29.9 
 
 		 666 aa  231  3e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.442957  normal  0.516419 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  32.33 
 
 		 724 aa  231  3e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  29.41 
 
 		 659 aa  231  3e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  27.68 
 
 		 551 aa  230  5e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3341  choline/carnitine/betaine transporter  30.42 
 
 		 637 aa  229  6e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  29.96 
 
 		 522 aa  229  1e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  29 
 
 		 506 aa  228  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  28.82 
 
 		 671 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  31.28 
 
 		 724 aa  228  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  29.44 
 
 		 539 aa  228  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  27.92 
 
 		 600 aa  225  1e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  31.2 
 
 		 494 aa  225  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  29.09 
 
 		 516 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  29.51 
 
 		 516 aa  224  2e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  28.6 
 
 		 550 aa  225  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  29.51 
 
 		 516 aa  224  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  29.2 
 
 		 516 aa  224  2e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  29.65 
 
 		 610 aa  225  2e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  29.74 
 
 		 530 aa  224  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  28.77 
 
 		 667 aa  224  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  27.78 
 
 		 516 aa  224  3e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  29.3 
 
 		 516 aa  224  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  27.84 
 
 		 531 aa  224  4e-57  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>