More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3857 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  100 
 
 		 548 aa  1117    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  46.29 
 
 		 548 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  46.09 
 
 		 548 aa  487  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  46.09 
 
 		 548 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  47.49 
 
 		 532 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  45.4 
 
 		 536 aa  482  1e-135  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  45.4 
 
 		 536 aa  482  1e-135  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  45.4 
 
 		 536 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  45.4 
 
 		 536 aa  483  1e-135  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  47.86 
 
 		 481 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  47.86 
 
 		 476 aa  459  9.999999999999999e-129  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  47.86 
 
 		 481 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  47.86 
 
 		 481 aa  460  9.999999999999999e-129  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  31.94 
 
 		 540 aa  290  5.0000000000000004e-77  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  30.53 
 
 		 540 aa  282  1e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  30.53 
 
 		 540 aa  282  1e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  31.07 
 
 		 584 aa  273  5.000000000000001e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  30.66 
 
 		 586 aa  270  5.9999999999999995e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  32.31 
 
 		 593 aa  267  4e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  28.23 
 
 		 532 aa  260  4e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  30.66 
 
 		 650 aa  259  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  31.12 
 
 		 650 aa  257  4e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  30.27 
 
 		 632 aa  256  8e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  30.54 
 
 		 542 aa  253  5.000000000000001e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  30.21 
 
 		 527 aa  237  4e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.89 
 
 		 507 aa  222  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  29.12 
 
 		 531 aa  219  1e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.01 
 
 		 508 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  28.68 
 
 		 551 aa  217  4e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  28.97 
 
 		 523 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  26.79 
 
 		 522 aa  210  6e-53  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  26.07 
 
 		 525 aa  209  8e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  29.35 
 
 		 494 aa  209  1e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  25.24 
 
 		 519 aa  209  1e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.85 
 
 		 514 aa  208  2e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  28.69 
 
 		 600 aa  207  5e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  28.74 
 
 		 503 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.17 
 
 		 505 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.17 
 
 		 505 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.17 
 
 		 505 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3803  choline/carnitine/betaine transporter  27.95 
 
 		 531 aa  204  3e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.19587 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.17 
 
 		 505 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.17 
 
 		 505 aa  204  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  28.3 
 
 		 550 aa  203  6e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  27.58 
 
 		 542 aa  203  6e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.51 
 
 		 514 aa  200  7e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  28.78 
 
 		 606 aa  199  7e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  25.72 
 
 		 530 aa  199  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.89 
 
 		 504 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.89 
 
 		 504 aa  198  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  27.6 
 
 		 516 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  27.6 
 
 		 516 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  27.6 
 
 		 516 aa  198  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  27.18 
 
 		 532 aa  197  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  27.6 
 
 		 516 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  27.6 
 
 		 516 aa  198  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  26.57 
 
 		 611 aa  197  3e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  24.68 
 
 		 504 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  27.61 
 
 		 577 aa  197  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.68 
 
 		 504 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.68 
 
 		 504 aa  197  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.68 
 
 		 504 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  26.16 
 
 		 516 aa  196  6e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  24.68 
 
 		 504 aa  196  6e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  26.34 
 
 		 504 aa  196  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  26.34 
 
 		 504 aa  196  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  27.39 
 
 		 516 aa  196  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  27.78 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  28.26 
 
 		 659 aa  195  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  27.06 
 
 		 516 aa  195  2e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  28.45 
 
 		 498 aa  194  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  27.47 
 
 		 516 aa  194  5e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  28.66 
 
 		 525 aa  193  6e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  28.14 
 
 		 523 aa  193  7e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  28.06 
 
 		 659 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  24.47 
 
 		 504 aa  192  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  25.94 
 
 		 505 aa  192  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  28.54 
 
 		 544 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  25.74 
 
 		 505 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  26.34 
 
 		 505 aa  191  4e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1485  choline/carnitine/betaine transporter  26.51 
 
 		 580 aa  191  4e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.00724238  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  26.46 
 
 		 505 aa  191  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  26.34 
 
 		 505 aa  191  4e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  26.34 
 
 		 505 aa  191  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  26.46 
 
 		 505 aa  191  4e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  27.18 
 
 		 516 aa  191  4e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  27.08 
 
 		 506 aa  190  5e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  28.12 
 
 		 520 aa  190  5.999999999999999e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  30.09 
 
 		 584 aa  190  5.999999999999999e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  28.12 
 
 		 520 aa  190  5.999999999999999e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  29.13 
 
 		 530 aa  189  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  26.98 
 
 		 490 aa  189  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  28.07 
 
 		 558 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  26.6 
 
 		 504 aa  189  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1132  choline/carnitine/betaine transporter  25.6 
 
 		 574 aa  188  2e-46  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0319453 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  26.45 
 
 		 541 aa  187  3e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  27.62 
 
 		 525 aa  187  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3457  choline/carnitine/betaine transporter  27.4 
 
 		 694 aa  186  7e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  29.22 
 
 		 538 aa  186  8e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06536  choline/carnitine/betaine transporter  26.79 
 
 		 539 aa  186  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>