More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcHS_A1889 on replicon NC_009800
Organism: Escherichia coli HS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  99.58 
 
 		 481 aa  972    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  99.63 
 
 		 536 aa  1077    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  99.79 
 
 		 476 aa  965    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  99.63 
 
 		 536 aa  1075    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  63.14 
 
 		 532 aa  663    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  99.63 
 
 		 536 aa  1077    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  76.01 
 
 		 548 aa  805    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  99.58 
 
 		 481 aa  972    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  100 
 
 		 536 aa  1080    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  99.58 
 
 		 481 aa  972    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  75.82 
 
 		 548 aa  804    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  76.01 
 
 		 548 aa  804    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  45.4 
 
 		 548 aa  463  1e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  34.79 
 
 		 632 aa  316  8e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  34.34 
 
 		 540 aa  315  9.999999999999999e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  34.34 
 
 		 540 aa  315  9.999999999999999e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  33.46 
 
 		 650 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  33.27 
 
 		 540 aa  306  6e-82  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  34.91 
 
 		 593 aa  305  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  33.46 
 
 		 650 aa  301  2e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  32.29 
 
 		 586 aa  300  3e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  32.33 
 
 		 584 aa  296  8e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  34.26 
 
 		 542 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  33.91 
 
 		 527 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  27.96 
 
 		 532 aa  270  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.68 
 
 		 508 aa  263  6e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.06 
 
 		 507 aa  249  7e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.71 
 
 		 505 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.71 
 
 		 505 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.71 
 
 		 505 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.71 
 
 		 505 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.71 
 
 		 505 aa  243  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  28.95 
 
 		 504 aa  242  1e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.95 
 
 		 504 aa  242  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.95 
 
 		 504 aa  242  1e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.95 
 
 		 504 aa  242  1e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.95 
 
 		 504 aa  242  1e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.95 
 
 		 504 aa  242  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  28.95 
 
 		 504 aa  242  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  28.54 
 
 		 504 aa  237  3e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  30.09 
 
 		 525 aa  238  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  30.69 
 
 		 523 aa  233  9e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  27.99 
 
 		 522 aa  228  2e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  29.08 
 
 		 513 aa  227  4e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  29.52 
 
 		 490 aa  227  4e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  31.41 
 
 		 520 aa  227  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  31.41 
 
 		 520 aa  227  5.0000000000000005e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  32.14 
 
 		 508 aa  226  9e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  30.5 
 
 		 514 aa  223  4.9999999999999996e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  31.01 
 
 		 503 aa  223  6e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  30.62 
 
 		 530 aa  222  9.999999999999999e-57  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  31.01 
 
 		 498 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  29.94 
 
 		 550 aa  219  7.999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  29.85 
 
 		 606 aa  217  5e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  29.67 
 
 		 544 aa  216  7e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  29.51 
 
 		 505 aa  216  9e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  29.51 
 
 		 505 aa  216  9e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  29.72 
 
 		 504 aa  213  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  29.3 
 
 		 505 aa  213  7e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  29.3 
 
 		 505 aa  213  9e-54  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  29.3 
 
 		 505 aa  213  9e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  30.22 
 
 		 551 aa  213  9e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  29.3 
 
 		 505 aa  213  9e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  29.3 
 
 		 505 aa  212  1e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  29.51 
 
 		 504 aa  212  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.06 
 
 		 519 aa  211  2e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  28.98 
 
 		 542 aa  210  4e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  28.71 
 
 		 542 aa  210  5e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  30 
 
 		 516 aa  209  8e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  29.89 
 
 		 504 aa  208  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2029  choline/carnitine/betaine transporter  31.24 
 
 		 558 aa  207  5e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.67 
 
 		 514 aa  206  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  25.81 
 
 		 514 aa  206  9e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  30.89 
 
 		 532 aa  205  1e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  30.52 
 
 		 541 aa  203  6e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3326  choline/carnitine/betaine transporter  31 
 
 		 525 aa  202  9e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.188195  normal  0.774831 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  29.98 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  29.98 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  29.98 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  28.65 
 
 		 516 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2025  choline/carnitine/betaine transporter  31.38 
 
 		 533 aa  202  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  28.93 
 
 		 516 aa  201  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  28.81 
 
 		 659 aa  201  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  29.5 
 
 		 505 aa  201  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  28.69 
 
 		 659 aa  201  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  29.79 
 
 		 516 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  29.79 
 
 		 516 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  29.59 
 
 		 516 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  30.43 
 
 		 667 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  30.37 
 
 		 667 aa  200  7e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  30.5 
 
 		 667 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  30.56 
 
 		 667 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  32.7 
 
 		 525 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  29.39 
 
 		 577 aa  197  5.000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  28.37 
 
 		 494 aa  197  5.000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1851  choline/carnitine/betaine transporter  28.82 
 
 		 543 aa  197  5.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.993809  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  30.92 
 
 		 573 aa  196  6e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  28.54 
 
 		 516 aa  196  7e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1374  choline/carnitine/betaine transporter  31.47 
 
 		 582 aa  196  1e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.796407  normal  0.760016 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1390  choline/carnitine/betaine transporter  30.82 
 
 		 582 aa  196  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.211195 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>