More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_03056 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  65.1 
 
 		 586 aa  752    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  76.28 
 
 		 650 aa  992    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  59.15 
 
 		 584 aa  691    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  80.86 
 
 		 593 aa  966    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  76.16 
 
 		 650 aa  991    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  100 
 
 		 632 aa  1286    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  47.93 
 
 		 540 aa  516  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  47.93 
 
 		 540 aa  516  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  49.6 
 
 		 540 aa  499  1e-140  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  38.75 
 
 		 542 aa  380  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  37.19 
 
 		 527 aa  347  5e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  34.58 
 
 		 532 aa  335  2e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  36.24 
 
 		 513 aa  332  2e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  38.53 
 
 		 525 aa  324  3e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  37.55 
 
 		 507 aa  323  7e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  34 
 
 		 548 aa  322  9.000000000000001e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  33.82 
 
 		 548 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  33.82 
 
 		 548 aa  322  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  34.8 
 
 		 536 aa  318  2e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  34.61 
 
 		 536 aa  316  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  34.79 
 
 		 536 aa  316  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  34.61 
 
 		 536 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  36.67 
 
 		 522 aa  308  2.0000000000000002e-82  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  36.56 
 
 		 508 aa  307  3e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  35.15 
 
 		 481 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  35.15 
 
 		 481 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  35.15 
 
 		 481 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  35.43 
 
 		 532 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  34.97 
 
 		 476 aa  300  5e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  35.36 
 
 		 503 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  35.8 
 
 		 523 aa  286  5.999999999999999e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  33.47 
 
 		 659 aa  285  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  33.97 
 
 		 551 aa  285  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.71 
 
 		 505 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.71 
 
 		 505 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.71 
 
 		 505 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.71 
 
 		 505 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  33.47 
 
 		 659 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.71 
 
 		 505 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  31.41 
 
 		 667 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  34.13 
 
 		 606 aa  280  8e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  34.21 
 
 		 538 aa  280  8e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  35.47 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.47 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.47 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.47 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.47 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.47 
 
 		 504 aa  278  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  35.47 
 
 		 504 aa  278  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  32.07 
 
 		 657 aa  276  6e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  35.37 
 
 		 490 aa  276  6e-73  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  34.49 
 
 		 550 aa  276  7e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  33.02 
 
 		 530 aa  276  8e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  31.83 
 
 		 667 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  31.83 
 
 		 667 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  34.86 
 
 		 498 aa  273  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.24 
 
 		 504 aa  273  7e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  31.63 
 
 		 667 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  35.98 
 
 		 661 aa  272  1e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  32.87 
 
 		 534 aa  272  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  31.42 
 
 		 660 aa  271  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  30.77 
 
 		 637 aa  271  2e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  33.95 
 
 		 508 aa  270  4e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  35.94 
 
 		 685 aa  270  4e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  34.92 
 
 		 541 aa  270  8e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  32.93 
 
 		 542 aa  269  1e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  30.54 
 
 		 665 aa  269  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  31.48 
 
 		 546 aa  268  2e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  33.54 
 
 		 520 aa  268  2e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  33.54 
 
 		 520 aa  268  2e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04020  choline/carnitine/betaine transport  33.91 
 
 		 609 aa  267  4e-70  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0187444  normal  0.0477577 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  31.94 
 
 		 606 aa  267  4e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  30.41 
 
 		 661 aa  266  8e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  34.22 
 
 		 514 aa  265  1e-69  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  32.46 
 
 		 681 aa  265  2e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  34.39 
 
 		 545 aa  265  2e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  31.24 
 
 		 660 aa  265  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70980  choline transporter BetT  33.2 
 
 		 516 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.92652 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2914  choline/carnitine/betaine transporter  36.15 
 
 		 611 aa  264  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.34631  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  33.82 
 
 		 600 aa  265  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2609  choline/carnitine/betaine transporter  36.7 
 
 		 573 aa  265  3e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0501554  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0757  choline/carnitine/betaine transport  37.34 
 
 		 525 aa  263  6e-69  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.26622  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4702  choline/carnitine/betaine transporter  34.5 
 
 		 583 aa  261  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.911193  decreased coverage  0.0031512 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  32.25 
 
 		 526 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  31.3 
 
 		 577 aa  261  3e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  29.94 
 
 		 661 aa  261  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13950  choline/carnitine/betaine transport  33.51 
 
 		 568 aa  261  4e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.626795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1174  choline transporter  32.81 
 
 		 671 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0875  choline/carnitine/betaine transport  29.83 
 
 		 681 aa  259  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  32.63 
 
 		 530 aa  259  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  33.72 
 
 		 538 aa  258  2e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  33.27 
 
 		 506 aa  258  2e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  35 
 
 		 531 aa  257  5e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4752  BCCT transporter  31.71 
 
 		 536 aa  257  5e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.337094  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0044  choline/carnitine/betaine transporter  36 
 
 		 610 aa  257  6e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  31.35 
 
 		 668 aa  256  6e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  32.68 
 
 		 514 aa  257  6e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  33.94 
 
 		 539 aa  256  6e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12990  choline transporter  32.41 
 
 		 653 aa  256  7e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.283179 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  32.14 
 
 		 556 aa  256  7e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>