More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00106 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  68.03 
 
 		 593 aa  709    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  59.54 
 
 		 584 aa  708    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  64.7 
 
 		 650 aa  762    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  100 
 
 		 586 aa  1187    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  64.32 
 
 		 650 aa  749    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  65.1 
 
 		 632 aa  775    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  45.61 
 
 		 540 aa  494  9.999999999999999e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  45.42 
 
 		 540 aa  493  9.999999999999999e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  45.42 
 
 		 540 aa  493  9.999999999999999e-139  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  40.08 
 
 		 527 aa  377  1e-103  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  37.3 
 
 		 542 aa  368  1e-100  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  37.43 
 
 		 525 aa  340  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  36.63 
 
 		 507 aa  319  9e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  35.34 
 
 		 513 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  31.9 
 
 		 548 aa  311  2e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  31.7 
 
 		 548 aa  311  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  31.7 
 
 		 548 aa  311  2.9999999999999997e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  32.48 
 
 		 532 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  38.27 
 
 		 503 aa  309  9e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  35.77 
 
 		 508 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  33.46 
 
 		 522 aa  306  8.000000000000001e-82  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  32.29 
 
 		 536 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  32.35 
 
 		 536 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  32.29 
 
 		 536 aa  302  1e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  32.09 
 
 		 536 aa  301  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  35.63 
 
 		 551 aa  300  6e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  34.8 
 
 		 659 aa  295  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  34.85 
 
 		 523 aa  294  3e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  34.8 
 
 		 659 aa  293  5e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  32.61 
 
 		 481 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  32.61 
 
 		 481 aa  289  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  32.61 
 
 		 481 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  32.53 
 
 		 476 aa  288  2e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  31.36 
 
 		 532 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2475  choline/carnitine/betaine transporter  34.26 
 
 		 538 aa  284  3.0000000000000004e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  34.79 
 
 		 550 aa  283  6.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2667  choline/carnitine/betaine transporter  32.57 
 
 		 606 aa  282  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  34.73 
 
 		 542 aa  280  6e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  35.55 
 
 		 520 aa  279  8e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  35.55 
 
 		 520 aa  279  8e-74  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  33.59 
 
 		 606 aa  278  2e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  34.48 
 
 		 514 aa  277  4e-73  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  36.61 
 
 		 498 aa  277  4e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3745  choline/carnitine/betaine transporter  31.72 
 
 		 724 aa  275  1.0000000000000001e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  32.74 
 
 		 526 aa  275  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2906  choline/carnitine/betaine transporter  32.09 
 
 		 577 aa  274  3e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2851  choline/carnitine/betaine transporter  32.97 
 
 		 600 aa  273  5.000000000000001e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.152332  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  33.8 
 
 		 657 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  34.41 
 
 		 490 aa  272  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1512  choline transport protein BetT  34 
 
 		 679 aa  271  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0971262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  35.99 
 
 		 661 aa  272  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.01 
 
 		 504 aa  270  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.01 
 
 		 504 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.32 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.32 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.32 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.32 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.32 
 
 		 505 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  31.36 
 
 		 637 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  34.01 
 
 		 504 aa  270  8e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.01 
 
 		 504 aa  270  8e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  34.01 
 
 		 504 aa  270  8e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  35.32 
 
 		 508 aa  269  8.999999999999999e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.78 
 
 		 504 aa  269  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  33.78 
 
 		 504 aa  269  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2792  choline/carnitine/betaine transporter  31.32 
 
 		 711 aa  268  2e-70  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3496  choline/carnitine/betaine transporter  34.3 
 
 		 724 aa  267  4e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.81429 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  34.72 
 
 		 682 aa  266  5.999999999999999e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  30.66 
 
 		 548 aa  266  7e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0920  choline/carnitine/betaine transporter  32.96 
 
 		 546 aa  266  1e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0705081  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  32.34 
 
 		 573 aa  266  1e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  34.95 
 
 		 530 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6160  choline transporter BetT  32.43 
 
 		 534 aa  265  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  33.78 
 
 		 504 aa  265  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  34.8 
 
 		 685 aa  265  2e-69  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3107  choline/carnitine/betaine transporter  34.06 
 
 		 539 aa  263  6e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23270  choline/carnitine/betaine transport  33.27 
 
 		 695 aa  263  6.999999999999999e-69  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0746939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  36.57 
 
 		 545 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  31.51 
 
 		 530 aa  263  8e-69  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  32.66 
 
 		 542 aa  263  8e-69  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  31.18 
 
 		 681 aa  263  8.999999999999999e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  31.3 
 
 		 667 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  31.6 
 
 		 667 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0345  choline transport protein BetT  32.83 
 
 		 677 aa  261  2e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  35.34 
 
 		 541 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2557  choline transport protein BetT  32.94 
 
 		 677 aa  261  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.592172  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  31.3 
 
 		 667 aa  262  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  32.78 
 
 		 660 aa  261  2e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  31.6 
 
 		 667 aa  261  3e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  33.15 
 
 		 661 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00270  choline transporter of high affinity  32.64 
 
 		 677 aa  259  8e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3292  choline/carnitine/betaine transporter  32.64 
 
 		 677 aa  259  8e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  34.44 
 
 		 538 aa  259  8e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0331  choline transport protein BetT  32.64 
 
 		 677 aa  259  8e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00273  hypothetical protein  32.64 
 
 		 677 aa  259  8e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0373  choline transport protein BetT  32.64 
 
 		 677 aa  259  8e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.834443  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3309  choline transport protein BetT  32.64 
 
 		 677 aa  259  8e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0376  choline transport protein BetT  32.64 
 
 		 677 aa  259  8e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0597337 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3532  choline/carnitine/betaine transporter  32.73 
 
 		 556 aa  259  8e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.825969 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0079  choline/carnitine/betaine transporter  32.14 
 
 		 558 aa  259  1e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>