More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3949 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03916  DNA-damage-inducible SOS response protein  99.09 
 
 		 459 aa  850    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3949  MATE efflux family protein  100 
 
 		 441 aa  858    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3984  DNA-damage-inducible SOS response protein  99.09 
 
 		 459 aa  850    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  89.12 
 
 		 441 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4553  DNA-damage-inducible SOS response protein  99.32 
 
 		 459 aa  853    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4284  DNA-damage-inducible SOS response protein  98.87 
 
 		 459 aa  850    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  89.12 
 
 		 441 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5525  DNA-damage-inducible SOS response protein  98.41 
 
 		 441 aa  847    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.580203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  89.34 
 
 		 441 aa  734    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03876  hypothetical protein  99.09 
 
 		 459 aa  850    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4506  DNA-damage-inducible SOS response protein  98.87 
 
 		 441 aa  849    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  81.78 
 
 		 439 aa  677    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  89.34 
 
 		 441 aa  734    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4597  DNA-damage-inducible SOS response protein  98.87 
 
 		 459 aa  849    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  89.12 
 
 		 441 aa  732    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  75.63 
 
 		 454 aa  630  1e-179  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2425  DNA-damage-inducible protein F  50 
 
 		 454 aa  366  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  46.19 
 
 		 443 aa  359  7e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  45.9 
 
 		 449 aa  355  6.999999999999999e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  46.34 
 
 		 423 aa  351  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0247  MATE efflux family protein  46.19 
 
 		 447 aa  341  1e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  48.4 
 
 		 445 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0110  MATE efflux family protein  44.21 
 
 		 469 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.372068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  46.94 
 
 		 445 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4617  DNA-damage-inducible protein F  45.98 
 
 		 455 aa  309  8e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4322  MATE efflux family protein  46.5 
 
 		 455 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4123  MATE efflux family protein  46.5 
 
 		 455 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4009  MATE efflux family protein  45.69 
 
 		 443 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0144  MATE efflux family protein  46.37 
 
 		 455 aa  306  4.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4191  MATE efflux family protein  46.26 
 
 		 456 aa  306  6e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3792  MATE efflux family protein  44.95 
 
 		 456 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  47.02 
 
 		 446 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  47.22 
 
 		 445 aa  298  9e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4844  DNA-damage-inducible protein F  46.79 
 
 		 446 aa  298  1e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.8205  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  47.02 
 
 		 445 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0069  MATE efflux family protein  39.72 
 
 		 429 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2937  MATE efflux family protein  44.19 
 
 		 451 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3527  MATE efflux family protein  45.96 
 
 		 436 aa  293  3e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0061  MATE efflux family protein  43.84 
 
 		 448 aa  292  1e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.871817  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0107  MATE efflux family protein  45.43 
 
 		 448 aa  288  1e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3501  DNA-damage-inducible protein F  44.44 
 
 		 437 aa  288  2e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  45.35 
 
 		 449 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0180  MATE efflux family protein  44.44 
 
 		 445 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0729  MATE efflux family protein  44.22 
 
 		 449 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3802  MATE efflux family protein  45.37 
 
 		 455 aa  280  4e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0160  MATE efflux family protein  45.43 
 
 		 444 aa  280  5e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3875  MATE efflux family protein  45.14 
 
 		 456 aa  279  6e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4001  MATE efflux family protein  44.91 
 
 		 455 aa  278  9e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07070  Multidrug efflux protein, MatE family  46.99 
 
 		 453 aa  275  2.0000000000000002e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.12454  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0896  MATE efflux family protein  42.46 
 
 		 460 aa  274  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0613531 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0035  DNA-damage-inducible protein F  38.29 
 
 		 516 aa  273  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63730  putative transporter  44.3 
 
 		 453 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0352676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4849  MATE efflux family protein  41.88 
 
 		 450 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3772  MATE efflux family protein  41.88 
 
 		 450 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1292  multi anti extrusion protein MatE  43.47 
 
 		 455 aa  262  8e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.110492 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5540  putative transporter  45.1 
 
 		 453 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0845  MATE efflux family protein  39.52 
 
 		 439 aa  258  1e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457545  normal  0.657757 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0283  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  43.29 
 
 		 457 aa  258  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4234  MATE efflux family protein  38.16 
 
 		 447 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04000  Na(+) driven multidrug efflux pump  41.4 
 
 		 424 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1551  MATE efflux family protein  40.66 
 
 		 440 aa  252  1e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.959023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2844  MATE efflux family protein  43.13 
 
 		 455 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.94035  normal  0.605375 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0439  MATE efflux family protein  39.14 
 
 		 438 aa  246  4.9999999999999997e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1536  DNA-damage-inducible protein  43.06 
 
 		 463 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.65109  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0596  DNA-damage-inducible protein  43.06 
 
 		 463 aa  244  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0179694  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1296  MATE efflux family protein  43.5 
 
 		 459 aa  243  5e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1507  DNA-damage-inducible protein F  42.82 
 
 		 463 aa  243  5e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208132  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1707  putative membrane protein (DNA-damage-inducible protein)  42.82 
 
 		 463 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1314  MATE efflux family protein  43.48 
 
 		 459 aa  238  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2863  MATE efflux family protein  39.21 
 
 		 445 aa  237  3e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.277434  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4457  multi anti extrusion protein MatE  42.75 
 
 		 454 aa  236  8e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.13482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0833  MATE efflux family protein  43.24 
 
 		 459 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0879  MATE efflux family protein  38.69 
 
 		 444 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1199  MATE efflux family protein  41.57 
 
 		 456 aa  229  9e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.281549  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0753  MATE efflux family protein  36.79 
 
 		 441 aa  227  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.10371 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2755  DNA-damage-inducible protein F  42.93 
 
 		 463 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789961  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1224  MATE efflux family protein  42.04 
 
 		 456 aa  226  9e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1069  MATE efflux family protein  37.67 
 
 		 461 aa  224  2e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279345 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2204  multidrug efflux pump, MATE family  38.93 
 
 		 444 aa  223  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023203  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1994  MATE efflux family protein  41.81 
 
 		 453 aa  222  9e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0025  MATE efflux family protein  32.38 
 
 		 433 aa  222  9.999999999999999e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00700816  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1640  DNA-damage-inducible protein F  33.95 
 
 		 436 aa  214  1.9999999999999998e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0403  MATE efflux family protein  35.94 
 
 		 451 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2965  MATE efflux family protein  34.47 
 
 		 446 aa  208  1e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0324  putative DNA-damage-inducible protein F  35.98 
 
 		 455 aa  207  3e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.315939  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0868  MATE efflux family protein  38.22 
 
 		 440 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0983692  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0310  DNA-damage-inducible protein F, putative  35.75 
 
 		 455 aa  204  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0223  MATE efflux family protein  36.21 
 
 		 448 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4619  MATE efflux family protein  37.05 
 
 		 452 aa  200  5e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0160  MATE efflux family protein  36.19 
 
 		 456 aa  199  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0791  MATE efflux family protein  37.47 
 
 		 451 aa  195  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0794  cation efflux pump, DNA-damage-inducible protein  37.14 
 
 		 434 aa  194  2e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344653 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0587  DNA-damage-inducible protein F  35.31 
 
 		 447 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1710  MATE efflux family protein  30.9 
 
 		 455 aa  194  3e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.841637  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0194  MATE efflux family protein  37.03 
 
 		 446 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1467  MATE efflux family protein  37.78 
 
 		 441 aa  192  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.375826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1840  MATE efflux family protein  33.95 
 
 		 458 aa  187  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308247  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0912  MATE efflux family protein  32.64 
 
 		 455 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0886  MATE efflux family protein  32.64 
 
 		 455 aa  186  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1106  MATE efflux family protein  33.65 
 
 		 472 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.373516  normal  0.414294 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>