More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0180 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_4009  MATE efflux family protein  79 
 
 		 443 aa  665    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0180  MATE efflux family protein  100 
 
 		 445 aa  881    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0160  MATE efflux family protein  85.97 
 
 		 444 aa  723    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0247  MATE efflux family protein  68.62 
 
 		 447 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3792  MATE efflux family protein  70.59 
 
 		 456 aa  600  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0144  MATE efflux family protein  71.95 
 
 		 455 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4322  MATE efflux family protein  71.72 
 
 		 455 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4617  DNA-damage-inducible protein F  70.81 
 
 		 455 aa  595  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4123  MATE efflux family protein  71.72 
 
 		 455 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4191  MATE efflux family protein  71.49 
 
 		 456 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0107  MATE efflux family protein  70.81 
 
 		 448 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3802  MATE efflux family protein  71.72 
 
 		 455 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3875  MATE efflux family protein  71.04 
 
 		 456 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4001  MATE efflux family protein  70.81 
 
 		 455 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3527  MATE efflux family protein  62.79 
 
 		 436 aa  514  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3501  DNA-damage-inducible protein F  60.65 
 
 		 437 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  50.68 
 
 		 449 aa  416  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0110  MATE efflux family protein  52.18 
 
 		 469 aa  406  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.372068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  50.35 
 
 		 423 aa  396  1e-109  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  46.26 
 
 		 443 aa  391  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2425  DNA-damage-inducible protein F  48.42 
 
 		 454 aa  375  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0061  MATE efflux family protein  42.28 
 
 		 448 aa  320  5e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.871817  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0069  MATE efflux family protein  41.41 
 
 		 429 aa  318  2e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  42.56 
 
 		 445 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  43.74 
 
 		 446 aa  310  4e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4844  DNA-damage-inducible protein F  44.19 
 
 		 446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.8205  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0729  MATE efflux family protein  45.77 
 
 		 449 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0035  DNA-damage-inducible protein F  39.95 
 
 		 516 aa  306  7e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0896  MATE efflux family protein  41.81 
 
 		 460 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0613531 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  44.71 
 
 		 449 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04000  Na(+) driven multidrug efflux pump  44.31 
 
 		 424 aa  302  7.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.8 
 
 		 441 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0845  MATE efflux family protein  41.44 
 
 		 439 aa  300  4e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457545  normal  0.657757 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.8 
 
 		 441 aa  300  4e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.57 
 
 		 441 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.57 
 
 		 441 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.57 
 
 		 441 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  42.43 
 
 		 454 aa  297  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  43.02 
 
 		 445 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4234  MATE efflux family protein  40.14 
 
 		 447 aa  295  1e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2937  MATE efflux family protein  41.47 
 
 		 451 aa  294  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3949  MATE efflux family protein  44.44 
 
 		 441 aa  291  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4553  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.91 
 
 		 459 aa  291  2e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.01 
 
 		 439 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4284  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.91 
 
 		 459 aa  290  4e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4506  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.44 
 
 		 441 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03916  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.68 
 
 		 459 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03876  hypothetical protein  44.68 
 
 		 459 aa  289  6e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3984  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.68 
 
 		 459 aa  289  6e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4597  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.68 
 
 		 459 aa  289  6e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5525  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.21 
 
 		 441 aa  288  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.580203  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  43.76 
 
 		 445 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  42.82 
 
 		 445 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3772  MATE efflux family protein  41.3 
 
 		 450 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4849  MATE efflux family protein  41.3 
 
 		 450 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2863  MATE efflux family protein  39.81 
 
 		 445 aa  278  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.277434  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63730  putative transporter  45.18 
 
 		 453 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0352676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07070  Multidrug efflux protein, MatE family  44.02 
 
 		 453 aa  276  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.12454  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0283  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  43.09 
 
 		 457 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2844  MATE efflux family protein  41.71 
 
 		 455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.94035  normal  0.605375 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1292  multi anti extrusion protein MatE  41.57 
 
 		 455 aa  274  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.110492 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0753  MATE efflux family protein  37.84 
 
 		 441 aa  273  6e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.10371 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2965  MATE efflux family protein  39.62 
 
 		 446 aa  271  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0439  MATE efflux family protein  39.86 
 
 		 438 aa  271  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1551  MATE efflux family protein  37.94 
 
 		 440 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.959023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5540  putative transporter  44.95 
 
 		 453 aa  262  8e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1536  DNA-damage-inducible protein  42.18 
 
 		 463 aa  259  8e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.65109  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1507  DNA-damage-inducible protein F  42.28 
 
 		 463 aa  259  9e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208132  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0596  DNA-damage-inducible protein  41.94 
 
 		 463 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0179694  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0879  MATE efflux family protein  37.56 
 
 		 444 aa  251  2e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2204  multidrug efflux pump, MATE family  37.56 
 
 		 444 aa  249  6e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023203  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1994  MATE efflux family protein  41.11 
 
 		 453 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1707  putative membrane protein (DNA-damage-inducible protein)  41.94 
 
 		 463 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1224  MATE efflux family protein  41.01 
 
 		 456 aa  246  6e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1199  MATE efflux family protein  41.61 
 
 		 456 aa  246  9e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.281549  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2755  DNA-damage-inducible protein F  42.32 
 
 		 463 aa  243  6e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789961  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1296  MATE efflux family protein  40.42 
 
 		 459 aa  242  9e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4457  multi anti extrusion protein MatE  41.47 
 
 		 454 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.13482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1069  MATE efflux family protein  37.35 
 
 		 461 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.279345 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1467  MATE efflux family protein  39.9 
 
 		 441 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.375826  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1314  MATE efflux family protein  40.78 
 
 		 459 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0794  cation efflux pump, DNA-damage-inducible protein  37.92 
 
 		 434 aa  239  8e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0324  putative DNA-damage-inducible protein F  37.41 
 
 		 455 aa  238  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.315939  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0160  MATE efflux family protein  38.84 
 
 		 456 aa  236  6e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_004310  BR0310  DNA-damage-inducible protein F, putative  37.18 
 
 		 455 aa  234  2.0000000000000002e-60  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4619  MATE efflux family protein  36.05 
 
 		 452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0833  MATE efflux family protein  40.65 
 
 		 459 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0868  MATE efflux family protein  36.18 
 
 		 440 aa  231  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0983692  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1640  DNA-damage-inducible protein F  33.65 
 
 		 436 aa  228  1e-58  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0587  DNA-damage-inducible protein F  36.84 
 
 		 447 aa  226  5.0000000000000005e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0025  MATE efflux family protein  32.07 
 
 		 433 aa  226  9e-58  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00700816  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0403  MATE efflux family protein  36.19 
 
 		 451 aa  221  3e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0791  MATE efflux family protein  35.57 
 
 		 451 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0223  MATE efflux family protein  37.74 
 
 		 448 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1840  MATE efflux family protein  35.05 
 
 		 458 aa  212  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308247  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2494  MATE efflux family protein  35.55 
 
 		 477 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0194  MATE efflux family protein  37.27 
 
 		 446 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3613  MATE efflux family protein  35.32 
 
 		 477 aa  199  6e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.214192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1279  DNA-damage-inducible protein F  30.5 
 
 		 472 aa  181  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.244391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0542  MATE efflux family protein  34.86 
 
 		 454 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.547089 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>