More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1765 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
209 aa  426  1e-118  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  83.73 
 
 
209 aa  369  1e-101  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  71.77 
 
 
209 aa  305  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  55.61 
 
 
209 aa  251  5.000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  54.81 
 
 
210 aa  248  6e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  53.47 
 
 
210 aa  226  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  53.43 
 
 
210 aa  222  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  54.68 
 
 
213 aa  221  4e-57  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  55.67 
 
 
207 aa  220  9.999999999999999e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  52.94 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 
209 aa  219  1.9999999999999999e-56  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2619  50S ribosomal protein L3  55.67 
 
 
214 aa  218  3.9999999999999997e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0132285  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  57.14 
 
 
212 aa  218  7e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
210 aa  216  2.9999999999999998e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  55.39 
 
 
210 aa  214  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
208 aa  214  8e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  54.19 
 
 
210 aa  213  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
210 aa  212  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
210 aa  209  4e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  53.96 
 
 
210 aa  207  7e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
211 aa  207  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  49.5 
 
 
211 aa  206  3e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
205 aa  204  9e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  49.51 
 
 
209 aa  204  9e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  47.55 
 
 
210 aa  203  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  48.02 
 
 
211 aa  202  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
207 aa  201  9e-51  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
209 aa  201  9e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
207 aa  201  9e-51  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4317  50S ribosomal protein L3  51.71 
 
 
212 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000715109  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  47.55 
 
 
214 aa  200  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  49.5 
 
 
222 aa  200  9.999999999999999e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  51.22 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  51.72 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  48.02 
 
 
211 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4690  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000266431  unclonable  0.0000000247869 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  47.94 
 
 
209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0184  50S ribosomal protein L3  51.22 
 
 
212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726152  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  51.23 
 
 
209 aa  199  3e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  48.26 
 
 
207 aa  199  3e-50  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0981  ribosomal protein L3  49.01 
 
 
215 aa  197  6e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.843676  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
209 aa  197  6e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0320  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0285067  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
209 aa  196  1.0000000000000001e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0158  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206645  decreased coverage  0.0000470561 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17401  50S ribosomal protein L3  46.8 
 
 
217 aa  197  1.0000000000000001e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3703  50S ribosomal protein L3  50.74 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  50.99 
 
 
218 aa  196  2.0000000000000003e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  49.5 
 
 
213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3524  ribosomal protein L3  51.22 
 
 
212 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000015584  hitchhiker  0.00000758128 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  46.34 
 
 
216 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  50.5 
 
 
213 aa  196  3e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  47.8 
 
 
212 aa  196  3e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
212 aa  196  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  46 
 
 
217 aa  195  4.0000000000000005e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  52.48 
 
 
211 aa  195  4.0000000000000005e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2324  ribosomal protein L3  51.71 
 
 
214 aa  195  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00000658885  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  50.98 
 
 
212 aa  194  6e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3759  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  194  7e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.000000000358076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  51.24 
 
 
209 aa  194  7e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50.25 
 
 
209 aa  194  8.000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0231  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  194  9e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0199  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  194  9e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000636858  unclonable  0.0000000000196513 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0194  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  194  9e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000648086  decreased coverage  0.00032055 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0199  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
212 aa  194  9e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000010724  hitchhiker  0.0000000019855 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  50.5 
 
 
212 aa  193  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
209 aa  192  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
209 aa  192  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0170  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  191  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000029478  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  46.31 
 
 
205 aa  191  7e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4056  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000139517  hitchhiker  0.00000000018898 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0200  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000546138  unclonable  0.00000936811 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4170  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200962  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0196  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
212 aa  191  8e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000133275  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0148  50S ribosomal protein L3  49.27 
 
 
212 aa  191  9e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000284118  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  48.77 
 
 
211 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
211 aa  190  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0960  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
214 aa  190  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000067151  hitchhiker  0.000000166028 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  48.77 
 
 
209 aa  190  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  49.25 
 
 
206 aa  190  1e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3447  50S ribosomal protein L3  47.06 
 
 
217 aa  189  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.0000000000108395  normal  0.0130308 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_17651  50S ribosomal protein L3  43.84 
 
 
217 aa  189  2e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.884364  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3443  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
247 aa  189  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000129848  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0327  50S ribosomal protein L3  47.29 
 
 
210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.322183  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  47.06 
 
 
209 aa  189  2.9999999999999997e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0497  50S ribosomal protein L3  47.29 
 
 
210 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.443535  hitchhiker  0.00000000471094 
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  45.32 
 
 
205 aa  188  4e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3999  50S ribosomal protein L3  47.34 
 
 
226 aa  188  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166113 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1650  50S ribosomal protein L3  43.35 
 
 
217 aa  188  4e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
211 aa  188  5e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  49.26 
 
 
209 aa  188  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_002950  PG1938  50S ribosomal protein L3  48.04 
 
 
205 aa  187  7e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0283  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
209 aa  187  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000156273  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0584  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
209 aa  187  7e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183333  normal  0.0735815 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2840  50S ribosomal protein L3  46.57 
 
 
219 aa  187  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000111519  normal  0.199419 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3915  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
209 aa  187  7e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.44377e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
209 aa  187  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  48.26 
 
 
206 aa  187  8e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  49.75 
 
 
209 aa  187  8e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>