More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2580 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_3111  ATP-dependent helicase HrpB  64.55 
 
 		 808 aa  890    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.577878  normal  0.0241826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0723  ATP-dependent helicase HrpB  64.72 
 
 		 808 aa  900    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.336305  normal  0.341531 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2013  DEAD/DEAH box helicase  64.72 
 
 		 808 aa  901    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.211525  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3458  ATP-dependent helicase HrpB  64.81 
 
 		 798 aa  918    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0669  ATP-dependent helicase HrpB  58.96 
 
 		 841 aa  891    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.752531  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2580  ATP-dependent RNA helicase  100 
 
 		 834 aa  1597    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.262395  hitchhiker  0.0000513711 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0640  ATP-dependent helicase HrpB  63.4 
 
 		 802 aa  847    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.163213  normal  0.637588 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0073  ATP-dependent helicase HrpB  49.64 
 
 		 824 aa  638    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4651  ATP-dependent helicase HrpB  49.28 
 
 		 833 aa  628  1e-178  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.262977  normal  0.748056 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0302  ATP-dependent helicase HrpB  48.54 
 
 		 825 aa  628  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.204863 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4735  ATP-dependent helicase HrpB  46.07 
 
 		 840 aa  623  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.784057  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4801  ATP-dependent helicase HrpB  51.15 
 
 		 826 aa  620  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.510158 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2232  ATP-dependent helicase HrpB  46.17 
 
 		 842 aa  620  1e-176  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0479151  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1838  ATP-dependent helicase HrpB  48.22 
 
 		 846 aa  618  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0458406  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0455  ATP-dependent helicase HrpB  47.46 
 
 		 829 aa  617  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3081  ATP-dependent helicase HrpB  47.83 
 
 		 827 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.895104  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0359  ATP-dependent helicase HrpB  46.69 
 
 		 872 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.508853 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7352  ATP-dependent helicase  47.75 
 
 		 824 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4808  ATP-dependent helicase HrpB  46.74 
 
 		 844 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0648  ATP-dependent helicase HrpB  47.38 
 
 		 842 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.242487  normal  0.649022 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4854  ATP-dependent helicase HrpB  46.5 
 
 		 877 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.951101 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0536  ATP-dependent helicase HrpB  47.94 
 
 		 825 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0505  ATP-dependent helicase HrpB  45.79 
 
 		 870 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.967773 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2129  ATP-dependent helicase HrpB  50.66 
 
 		 837 aa  601  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2348  ATP-dependent helicase HrpB  46.64 
 
 		 842 aa  602  1e-170  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1180  ATP-dependent helicase HrpB  46.81 
 
 		 828 aa  599  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.9477e-16 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4935  ATP-dependent helicase HrpB  47.49 
 
 		 839 aa  597  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557516 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09990  DEAH-box ATP-dependent helicase HrpB  49.52 
 
 		 838 aa  596  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.371307  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1148  ATP-dependent helicase HrpB  48.99 
 
 		 838 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.658712  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4284  ATP-dependent helicase HrpB  49.11 
 
 		 854 aa  597  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1261  ATP-dependent helicase HrpB  44.95 
 
 		 825 aa  593  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0343419 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4320  ATP-dependent helicase HrpB  47.04 
 
 		 844 aa  590  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.043486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0665  ATP-dependent helicase protein, putative  48.79 
 
 		 832 aa  591  1e-167  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7107  ATP-dependent helicase HrpB  50.42 
 
 		 850 aa  588  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4648  ATP-dependent helicase HrpB  47.27 
 
 		 842 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.052727  normal  0.20008 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2470  ATP-dependent helicase HrpB  46.25 
 
 		 844 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.590615  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0127  ATP-dependent helicase HrpB  46.28 
 
 		 832 aa  583  1.0000000000000001e-165  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00299316  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4772  ATP-dependent helicase HrpB  47.16 
 
 		 842 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0178797 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3991  ATP-dependent helicase HrpB  45.67 
 
 		 821 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1349  ATP-dependent helicase HrpB  46.11 
 
 		 842 aa  580  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.228837  hitchhiker  0.00000000348515 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0976  ATP-dependent helicase HrpB  48.56 
 
 		 848 aa  581  1e-164  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0156609  normal  0.918373 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0147  ATP-dependent helicase HrpB  45.3 
 
 		 818 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.210088  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3275  ATP-dependent helicase HrpB  45.48 
 
 		 821 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1590  ATP-dependent helicase HrpB  49.04 
 
 		 825 aa  573  1.0000000000000001e-162  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.357448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0067  DEAD box-like helicase  45.18 
 
 		 820 aa  571  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0419076  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4319  ATP-dependent helicase HrpB  44.69 
 
 		 821 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0192  ATP-dependent helicase HrpB  47.82 
 
 		 917 aa  570  1e-161  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0135151 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3739  ATP-dependent helicase HrpB  46.62 
 
 		 844 aa  568  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0595  ATP-dependent helicase HrpB  50.9 
 
 		 821 aa  565  1e-160  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.420753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0559  ATP-dependent helicase HrpB  45.14 
 
 		 822 aa  564  1.0000000000000001e-159  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2844  ATP-dependent helicase HrpB  46.63 
 
 		 830 aa  560  1e-158  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.454612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0554  ATP-dependent helicase HrpB  38.59 
 
 		 848 aa  556  1e-157  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.164012  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2365  ATP-dependent helicase HrpB  49.47 
 
 		 860 aa  555  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.701913  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1083  ATP-dependent helicase HrpB  46.2 
 
 		 829 aa  552  1e-156  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.220902 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6547  ATP-dependent helicase HrpB  51.09 
 
 		 823 aa  555  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.10181  normal  0.639209 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1172  ATP-dependent helicase HrpB  45.06 
 
 		 863 aa  550  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1773  ATP-dependent helicase HrpB  45.08 
 
 		 798 aa  551  1e-155  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0295014  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1573  thiolase  42.71 
 
 		 864 aa  550  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1588  ATP-dependent helicase HrpB  46.12 
 
 		 847 aa  546  1e-154  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.41464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0159  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.4 
 
 		 824 aa  544  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.805468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0221  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.77 
 
 		 824 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0217  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.89 
 
 		 824 aa  542  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.976044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0205  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.77 
 
 		 824 aa  539  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.879127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4043  ATP-dependent helicase HrpB  46.77 
 
 		 821 aa  540  9.999999999999999e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0206  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.77 
 
 		 824 aa  541  9.999999999999999e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.776045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3110  ATP-dependent helicase  40.19 
 
 		 826 aa  540  9.999999999999999e-153  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.924657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12630  putative ATP-dependent helicase  46.82 
 
 		 830 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3511  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.15 
 
 		 824 aa  536  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.661022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0157  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.91 
 
 		 824 aa  536  1e-151  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00147  predicted ATP-dependent helicase  43.03 
 
 		 809 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0534884  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3454  ATP-dependent helicase HrpB  43.03 
 
 		 824 aa  534  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629145  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0223  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.52 
 
 		 824 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3449  ATP-dependent helicase HrpB  46.26 
 
 		 814 aa  534  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.206852 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2061  ATP-dependent helicase HrpB  44.44 
 
 		 837 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0816695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00146  hypothetical protein  43.03 
 
 		 809 aa  535  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0519083  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0151  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.15 
 
 		 809 aa  535  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000698462  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0098  ATP-dependent helicase HrpB  45.29 
 
 		 826 aa  534  1e-150  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.310548 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0139  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.79 
 
 		 809 aa  531  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0585  ATP-dependent helicase HrpB  37.4 
 
 		 835 aa  532  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0688  ATP-dependent RNA helicase HrpB  43.82 
 
 		 809 aa  531  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0972793  normal  0.531464 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0152  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.54 
 
 		 809 aa  526  1e-148  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00171749  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002567  ATP-dependent helicase HrpB  39.25 
 
 		 822 aa  523  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0516  ATP-dependent helicase HrpB  42.84 
 
 		 822 aa  522  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.355693 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2603  ATP-dependent RNA helicase HrpB  37.06 
 
 		 821 aa  521  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.587865  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1001  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.92 
 
 		 853 aa  521  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3464  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.35 
 
 		 829 aa  518  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03444  ATP-dependent RNA helicase HrpB  39.49 
 
 		 833 aa  518  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3982  ATP-dependent RNA helicase HrpB  42.91 
 
 		 812 aa  518  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0579093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3335  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.67 
 
 		 834 aa  516  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.825067  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3111  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.51 
 
 		 820 aa  510  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1167  ATP-dependent RNA helicase HrpB  41.58 
 
 		 814 aa  511  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1306  ATP-dependent helicase HrpB  42.5 
 
 		 900 aa  498  1e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.493804  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0488  ATP-dependent helicase HrpB  36.46 
 
 		 823 aa  496  1e-139  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.531683  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0632  ATP-dependent helicase HrpB  38.74 
 
 		 835 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3869  ATP-dependent helicase HrpB  38.19 
 
 		 849 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3124  ATP-dependent helicase HrpB  38.99 
 
 		 843 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000637258 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4194  ATP-dependent helicase HrpB  35.44 
 
 		 823 aa  494  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0582  ATP-dependent helicase HrpB  38.13 
 
 		 854 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3743  ATP-dependent helicase HrpB  37.87 
 
 		 856 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3407  ATP-dependent helicase HrpB  38.5 
 
 		 835 aa  491  1e-137  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.982669  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>