66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0062 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0062  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
386 aa  792  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.629057  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0598  uroporphyrinogen decarboxylase  29.11 
 
 
335 aa  123  5e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1305  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  28.16 
 
 
337 aa  116  7e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.536887  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2785  MtaA/CmuA family methyltransferase  25.86 
 
 
372 aa  104  3e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.271038  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0417  uroporphyrinogen decarboxylase  25.36 
 
 
357 aa  100  5e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1826  uroporphyrinogen decarboxylase  24.28 
 
 
363 aa  90.5  5e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0839  uroporphyrinogen decarboxylase  24.28 
 
 
363 aa  89.7  7e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0076  uroporphyrinogen decarboxylase  23.99 
 
 
363 aa  89.4  9e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.541731  normal  0.38624 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  25.65 
 
 
375 aa  89.4  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0731  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  23.6 
 
 
319 aa  85.1  2e-15  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.20168  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2346  methyltransferase MtaA/CmuA  23.38 
 
 
349 aa  84.7  3e-15  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.189161 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0386  hypothetical protein  28.63 
 
 
389 aa  83.2  8e-15  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.33173  normal  0.334793 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0077  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.42 
 
 
342 aa  80.5  5e-14  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.268466 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2102  methyltransferase MtaA/CmuA  24.57 
 
 
338 aa  80.5  5e-14  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0838  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.42 
 
 
342 aa  78.2  3e-13  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1317  hypothetical protein  25.65 
 
 
390 aa  75.5  1e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.600188 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0196  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  25.43 
 
 
335 aa  74.3  3e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.343296  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2069  methyltransferase MtaA/CmuA family  24.28 
 
 
348 aa  74.7  3e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.096371  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1825  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.86 
 
 
342 aa  73.9  4e-12  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2786  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.33 
 
 
355 aa  73.6  5e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5697  methyltransferase MtaA/CmuA family  24.57 
 
 
617 aa  73.2  7e-12  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19560  uroporphyrinogen-III decarboxylase  23.14 
 
 
363 aa  71.2  2e-11  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  2.89502e-05 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3639  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  22.45 
 
 
339 aa  71.2  3e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.739876  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15330  methylamine-specific methylcobalamin coenzyme M methyltransferase  24.21 
 
 
448 aa  70.5  5e-11  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1005  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  24.71 
 
 
345 aa  70.1  6e-11  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18310  uroporphyrinogen-III decarboxylase  23.16 
 
 
358 aa  68.9  1e-10  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0808  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.57 
 
 
338 aa  66.6  7e-10  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0452  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.62 
 
 
310 aa  66.2  8e-10  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0721  hypothetical protein  25.33 
 
 
391 aa  65.5  1e-09  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2082  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.22 
 
 
344 aa  64.7  3e-09  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2100  methyltransferase MtaA/CmuA  21.47 
 
 
350 aa  62.4  1e-08  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1688  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  25.07 
 
 
341 aa  61.6  2e-08  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.967324  normal  0.14364 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19550  uroporphyrinogen-III decarboxylase  27.49 
 
 
373 aa  62  2e-08  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.288142  hitchhiker  6.6757e-06 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2932  hypothetical protein  22.12 
 
 
397 aa  58.5  2e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1836  hypothetical protein  23.99 
 
 
388 aa  58.5  2e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2569  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  26.78 
 
 
371 aa  56.6  7e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  2.62106e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5441  uroporphyrinogen decarboxylase  23.7 
 
 
334 aa  56.6  7e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.104198  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0023  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  21.43 
 
 
337 aa  55.8  1e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1054  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  23.24 
 
 
339 aa  55.5  2e-06  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0957  uroporphyrinogen decarboxylase  22.13 
 
 
348 aa  54.3  4e-06  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2957  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  26.22 
 
 
408 aa  53.1  8e-06  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1604  hypothetical protein  22.33 
 
 
414 aa  52  2e-05  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000195543  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1314  hypothetical protein  23.08 
 
 
438 aa  51.6  2e-05  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.42967 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1713  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  21.57 
 
 
349 aa  51.2  3e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00218554  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2887  uroporphyrinogen decarboxylase  27.69 
 
 
354 aa  50.8  4e-05  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.242767  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  23.92 
 
 
343 aa  50.4  5e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.49218e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2963  hypothetical protein  24.44 
 
 
369 aa  49.7  8e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0734649  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25860  uroporphyrinogen-III decarboxylase  20.06 
 
 
343 aa  48.9  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2111  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like  28.68 
 
 
339 aa  48.9  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4642  Uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  21.37 
 
 
382 aa  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26140  methylcobalamin:coenzyme M methyltransferase  21.34 
 
 
341 aa  47.4  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3885  hypothetical protein  24.87 
 
 
381 aa  47.4  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00209227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2344  uroporphyrinogen decarboxylase  24.67 
 
 
352 aa  46.6  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.198374 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31578  predicted protein  23.14 
 
 
362 aa  46.6  0.0007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.667857  normal  0.0330818 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  21.69 
 
 
354 aa  46.2  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2590  uroporphyrinogen decarboxylase  26.91 
 
 
360 aa  45.4  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1447  cobalamin B12-binding  22.06 
 
 
556 aa  45.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0642463 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0634  uroporphyrinogen decarboxylase  21.38 
 
 
343 aa  44.3  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  1.86369e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0332  uroporphyrinogen decarboxylase  22.39 
 
 
350 aa  44.7  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0475139  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0599  uroporphyrinogen-III decarboxylase-like protein  24.24 
 
 
267 aa  44.7  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0174  uroporphyrinogen decarboxylase  24.63 
 
 
351 aa  44.7  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2260  Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D)  23.61 
 
 
330 aa  44.3  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  3.13707e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1430  uroporphyrinogen decarboxylase  22.47 
 
 
345 aa  43.9  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  8.52244e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0425  uroporphyrinogen decarboxylase  25.25 
 
 
343 aa  43.9  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0329871 
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_18446  predicted protein  22.71 
 
 
321 aa  43.5  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1040  hypothetical protein  23.28 
 
 
418 aa  43.1  0.007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.582207  normal  0.497226 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>