292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_1183 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 		 373 aa  767    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  57.94 
 
 		 359 aa  447  1.0000000000000001e-124  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  53.48 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  46.88 
 
 		 367 aa  359  3e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  45.96 
 
 		 365 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  45.11 
 
 		 368 aa  324  2e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  43.89 
 
 		 360 aa  308  8e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  41.6 
 
 		 370 aa  301  2e-80  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  40.72 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  41.4 
 
 		 377 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  34.97 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  33.24 
 
 		 387 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.51 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.71 
 
 		 375 aa  193  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.23 
 
 		 360 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  34.38 
 
 		 362 aa  189  9e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  34.49 
 
 		 368 aa  187  2e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  32.18 
 
 		 370 aa  182  9.000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  33.8 
 
 		 369 aa  182  9.000000000000001e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  32.18 
 
 		 370 aa  182  9.000000000000001e-45  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  34.37 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  32.23 
 
 		 374 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  30.43 
 
 		 361 aa  177  4e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  30.43 
 
 		 361 aa  177  4e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  30.95 
 
 		 370 aa  176  6e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.81 
 
 		 371 aa  175  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.97 
 
 		 370 aa  171  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.83 
 
 		 372 aa  171  2e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  33.72 
 
 		 365 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  31.15 
 
 		 364 aa  169  7e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.46 
 
 		 369 aa  169  8e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.75 
 
 		 365 aa  169  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  34.68 
 
 		 369 aa  167  2e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.26 
 
 		 364 aa  167  4e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  31.64 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 		 382 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.48 
 
 		 365 aa  164  3e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.37 
 
 		 363 aa  162  6e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.6 
 
 		 373 aa  162  6e-39  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  29.97 
 
 		 364 aa  162  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  33.33 
 
 		 375 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  1e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  32.38 
 
 		 365 aa  161  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  33.05 
 
 		 375 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31 
 
 		 359 aa  161  2e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.01 
 
 		 369 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  33.9 
 
 		 375 aa  159  5e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.83 
 
 		 359 aa  159  8e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.29 
 
 		 373 aa  158  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  33.24 
 
 		 363 aa  157  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.65 
 
 		 371 aa  157  4e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.86 
 
 		 386 aa  156  5.0000000000000005e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  29.34 
 
 		 371 aa  156  6e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  29.54 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  31.61 
 
 		 357 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  31.34 
 
 		 374 aa  154  2.9999999999999998e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  29.41 
 
 		 369 aa  153  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.62 
 
 		 377 aa  153  5e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  31.61 
 
 		 357 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  28.18 
 
 		 361 aa  152  7e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  28.18 
 
 		 361 aa  152  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4121  recombination protein F  31 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.976477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4170  recombination protein F  31 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0248786  normal  0.357156 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  31 
 
 		 357 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  31 
 
 		 357 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  31 
 
 		 357 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  28.46 
 
 		 361 aa  151  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.4 
 
 		 372 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  29.7 
 
 		 371 aa  150  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  28.65 
 
 		 390 aa  150  4e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.68 
 
 		 372 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  28.18 
 
 		 361 aa  150  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.97 
 
 		 376 aa  149  6e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.86 
 
 		 371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  31.27 
 
 		 366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.26 
 
 		 358 aa  147  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  26.56 
 
 		 374 aa  147  3e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  26.83 
 
 		 361 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  30.4 
 
 		 357 aa  146  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4175  recombination protein F  27.35 
 
 		 361 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0239408  normal  0.0132322 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0003  recombination protein F  27.35 
 
 		 361 aa  145  8.000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  30.35 
 
 		 392 aa  145  8.000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  30.11 
 
 		 374 aa  145  1e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4151  recombination protein F  27.35 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000332755  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.93 
 
 		 362 aa  144  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.97 
 
 		 378 aa  144  4e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0940  DNA replication and repair protein RecF  28.21 
 
 		 355 aa  143  5e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>